辦公室
全面負責中心的日常行政、文秘等工作。編制中心行政工作計劃及指定管理措施，並負責落實執行。負責中心人力資源的研究、開發及管理；負責中心人事檔案的管理，專業技術職務的評審申報，檔案工資的管理核算，中心日常的黨務工作；兼管老幹部工作，婦女工作，計劃生育等工作並根據中心要求，協調各部門之間的關系，處理各項其他行政服務工作。
綜合部
負責研究中心及經濟信息系統的業務發展方向，制定中心及全省經濟信息系統的發展規劃和重要項目的建設方案，並組織實施。協助領導完成中心開展的各項業務工作，制定有關業務管理制度、標準、規定等，並負責監督、執行；負責組織、落實、完成國家中心、省發改委等有關部門下達的業務工作；負責中心技術資料、科技書刊、技術檔案、設備檔案的管理；負責中心有關技術設備及消耗材料的采購和管理；有關會議室及其內部設備的註冊登記和管理工作。
計財部
負責中心各項經費預算、決算及財務收支計劃的編制及執行；中心職工的工資發放；日貸項目還本付息費用的收繳管理工作；中心所屬公司實體財務的審計、監督工作；國家財務制度，方針政策的貫徹、落實工作；中心交辦的其他各項工作。
經濟預測部
負責編輯、出版、發行中心的內部經濟信息刊物；建立完善經濟計量模型，為經濟預測工作提供更直接、更科學的方法；收集整理各類經濟數據，做好月度、季度和年度經濟監測工作；緊緊圍繞經濟運行中的重點問題，開展監測預測和重大經濟問題研究；負責中心有關的專業經濟信息庫的維護和更新；按要求向國家信息中心報送各類信息；做好中心交辦的其他工作。
電子政務部
負責山東省電子政務外網的建設和規劃工作；負責構建省電子政務外網信息資源目錄體系與交換體系，建設外網數據交換中心，滿足與國家部委相對應的省級部門信息資源分類與交換等服務；負責省電子政務外網應用平臺的開發和運維工作；負責國家電子政務外網統壹部署的國家部委的業務應用系統在山東省電子政務外網上的實施；負責山東省電子政務外網認證體系的建立，根據國家電子政務外網的統壹部署，為省級電子政務外網承載的業務系統提供信息服務；負責省發改委電子政務系統和設備運行維護、系統縱向網和內、外網的正常運行維護；協助做好發改委系統辦公軟件的開發，協助省發改委辦公室進行需求分析、功能定位、測試和培訓；做好全省國民經濟動員系統的建設和數據采集。
電子商務部
制定山東省電子商務平臺市場推廣計劃，致力於提升山東省電子商務平臺在業界和相關行業的影響力，擴大山東省電子商務平臺的市場占有份額。負責平臺的數字認證、電子合同、支付網關和物流系統的建設以及平臺的市場咨詢服務、商務平臺項目鑒定和山東省電子商務平臺相關項目的申報工作。
信息資源開發部
將各相關部門、信息研究機構以及企業取得可公開發布信息，經分類、編輯、整理，作為信息產品建立信息資源庫，為相關各部門提供信息服務；根據發改委的需要，配合公***技術服務部，將各類信息在發改委內部辦公網上發布，並每日更新；配合各接入部門，把***享信息資源及時在在相關網上展現；根據中心各業務部門對相關網站規劃設計並建設維護；按照各網站的性質，對各網站等及時更新欄目信息，並做不定期改版維護；對所有需要發布的信息，嚴格按照國家及省有關保密的要求和管理辦法，經審核後方可發布；為中心領導和相關部門及時提供所需信息以及決策支持。。
網管中心
負責網絡中心的運行和管理，保證系統的正常運行和網絡的暢通；負責提供系統和網絡資源的分配，搞好網絡資源的管理，並建立完善的資源管理制度；負責提供聯網單位的我方接入方案，地址資源分配和技術參數設置;負責域名解析、電子郵件、IP地址分配、PPP撥號上網、專線上網、無線上網、虛擬主機、托管主機、VOD、WWW等各項服務，建立完善的用戶登記管理制度以及網管中心所有設備的運行、維護和保養，建立設備運行檔案和工作日誌以及全部設備的備案；及時處理、解決網絡運行中出現的各種故障，確保網絡運行暢通無阻。
信息化研究部
負責信息化發展戰略規劃研究以及信息化發展趨勢跟蹤、相關信息化項目的策劃與管理。重點研究信息化與經濟、信息化與社會發展的關系，信息化帶動工業化的相關問題、電子政務、電子商務管理化應用。還要做好全省經濟信息系統發展方向與發展規劃的研究，信息系統如何更加貼近各級政府部門及面向各級政府服務方式的研究。完成省發改委、省信息主管部門委托的各項研究業務。
培訓部
負責涉及中心工作的國際、國內技術培訓、項目考察、技術交流等活動；編制培訓教育計劃並組織實施；承擔中心各項重大技術項目的培訓工作及組織各項考察工作；中心職工的在職培訓工作，組織各項技術交流、技術講座及錄像教育活動；組織編寫各種培訓教育活動的教材。
公***技術服務部
負責發改委辦公網絡的運行、維護工作，配合發改委辦公室，做好辦公系統的維護、版本升級、數據備份等工作，保證整個辦公系統正常運行；對於出現故障的設備，及時維護、維修，確實不能處理的，及時向中心匯報，提出解決辦法，由中心指定相關部門配合公***技術服務部妥善處理；負責發改委相關處室的信息錄入、處理、編輯等工作；配合信息資源開發部，對發改委信息的采集工作，對於能夠公開發布的信息，經相關處室同意、發改委辦公室負責人簽字後，交信息資源開發部在相應網站發布；為發改委提供全方位的服務，涉及到的信息、文件，按照發改委對保密工作的有關要求進行嚴格管理，做到不失密、不泄密；針對發改委的需要，廣開思路，為發改委提供包括視頻、音頻等在內的各種實用服務。
服務中心
負責中心行政服務工作，辦公樓及附屬設施的安全管理、維護和維修以及辦公樓衛生的管理；負責中心安全消防器材的檢查及更換，負責與大院保衛部門及供電（水、暖）等部門工作的聯系工作；負責公務人員的車船機票訂購；負責采購、保管、發放中心辦公所需的物資；負責公車調度，並對車輛進行經常性的保養和維護，始終保持車輛處於良好狀態；按時交納養路費、進行車輛的年審，采購、保管、核算各種車輛所用的燃料；負責管理中心傳達室，做好外來人員的登記工作，嚴禁無關人員隨便進入辦公大樓，保證辦公樓、機房的安全；做到每天報紙、信件及時分發及重要信件的登記工作。
印務室
負責省發改委、省信息中心送交的文件、資料和刊物的印刷、復印任務；對印務室內錄入、排版、復印、印刷、裝訂等設備的維護、保養、使用、管理工作，定期對設備進行檢修保養，使設備處於正常運行狀態。
山東省信息協會
協調和促進部門、行業、地區之間的橫向聯合，實現信息資源***享；組織會員單位和社會力量開展各種形式的信息交流活動，促進信息溝通，加快信息的數字化、網絡化、社會化、商品化的進程；承辦國內外新技術、專利、翻譯、市場、商品、人才、資金、管理、政策、法律等方面的咨詢。