根據上述職責，省知識產權局設5個內設機構：
（壹）辦公室。
負責機關文秘、信息、機要、檔案、值班、保密、財務、資產管理以及重要會議的組織工作；負責機構編制、人事管理工作；負責知識產權培訓工作；負責離退休人員的管理工作。
（二）保護協調處。
組織協調全省保護知識產權的有關工作，推動全省保護知識產權工作體系建設；會同有關部門對全省重大經濟活動和科技項目的知識產權內容進行審查；調解專利糾紛、查處假冒專利行為；開展專利維權援助工作；指導各市、楊淩示範區專利行業執法工作；負責省知識產權協調領導小組辦公室日常工作。
（三）政策法規處。
負責草擬與《專利法》有關的地方性法規、規章，提出有關政策建議；組織實施全省知識產權戰略；組織開展知識產權軟科學研究；監督管理專利中介服務機構；研究國外知識產權發展動態，協調涉外知識產權事宜，參與知識產權涉外談判；負責專利工作的對外合作與交流；負責有關行政復議、行政應訴工作。
（四）專利管理處。
負責專利技術轉化實施工作；規範專利技術交易，指導和規範知識產權無形資產評估工作；負責進出口知識產權管理工作；指導各市、楊淩示範區以及院所、高校、企業知識產權工作；指導全省知識產權試點示範工作。
（五）規劃發展處。
組織制訂全省專利工作規劃和年度計劃；制訂專利信息發展規劃，負責全省專利信息公***服務體系建設；負責專利信息的統計分析、跟蹤服務；組織開展知識產權宣傳教育工作。
機關黨委負責機關和所屬單位的黨群工作。
紀檢組、監察室按有關規定設置。