學校辦學條件優越，教學實驗室和專業實驗室設施齊全。擁有水產種質資源創新與利用教育部重點實驗室、海洋漁業資源可持續發展教育部重點實驗室、農業部水產種質資源與利用重點開放實驗室、農業部漁業動植物病源與魚類營養與環境生態研究中心、農業部中國漁業發展戰略研究中心、 農業部冷藏冷凍設備質量監督檢驗測試中心、農業部海洋漁業培訓中心。 擁有上海水產養殖工程技術研究中心、上海大學水產養殖電子研究所、上海大學海洋生物資源開發利用重點實驗室、上海大學水環境生態工程研究中心。建成了中美(SHOU-NOAA)海洋遙感與漁業信息研究中心、淡水漁業加工利用研究室等壹批特色專業實驗室。學校擁有上海海洋大學海洋科學研究所，下設數字海洋研究生院、海洋藥物系統與神經科學研究所、海洋藥物與健康食品研究所、海洋政策與法律研究所、海洋漁業遙感GIS技術實驗室、海洋生態系統與環境實驗室、中美海洋遙感與漁業信息研究中心、海洋經濟研究中心、海洋文化研究中心。學校還設有農業研究所、公共管理研究所、中國魚文化研究所、外語研究所、中國魚文化博物館。擁有國內外著名的魚類研究室和標本室以及亞洲最大的專業鯨魚博物館。同時，學校在全國擁有50多個教學實習基地。該圖書館擁有超過260萬冊以水產、海洋和食品為特色的書籍和電子書。擁有現代化的校園網，建成了服務中國水產行業的“中國水產網”網站平臺。我校主辦的《中國水產報》、《上海海洋大學學報》被列為中文核心期刊、全國核心期刊、全國科技論文統計源期刊，《中國水產報》獲得第壹屆、第二屆“全國百種優秀學術期刊”稱號。學校隸屬於上海市水產學會、上海市食品學會、上海市漁業經濟研究會、上海市延安精神研究會。
學校教育體系完整，優勢學科明顯。設有研究生教育、普通本科教育、成人教育和留學生教育。有2個博士後科研流動站，1個壹級學科博士學位授權點，7個二級學科博士學位授權點，2個壹級學科碩士學位授權點，23個二級學科碩士學位授權點，2個專業學位，8個領域授權點，46個本科專業和方向，10個高職專業。目前擁有1個國家重點學科、12個省部級重點學科、5個國家級特色專業、3門國家級精品課程、14門上海市精品課程、1個國家級教學團隊、2個上海市教學團隊、15個上海市教育高地、1。目前在校本科生12000余人，研究生近1800人。
學校現有教職工1000余人，其中教學科研人員近800人，高級專業技術職務400余人，博士生、碩士生導師300余人。學校擁有兩名雙聘院士，擁有以國家科技進步獎獲得者、國務院學位委員會學科評估組成員、國家百千萬人才工程獲得者、國家級有突出貢獻中青年專家、上海市首批優秀學科帶頭人、上海市領軍人才、上海市高校東方學者特聘教授、上海市名師和中青年教授為骨幹的教學團隊。
“十壹五”以來，學校50余項科技成果達到國際領先和先進水平，90余項國內首創和先進，40余項獲得國家科研項目或成果獎，50余項獲得省部級獎勵，30余項獲得專利。我校在環境保護、物種保護、遺傳育種、食品加工、海洋資源開發利用、水產養殖、農業經濟與管理等領域做出了重大貢獻。
學校與美國、日本、俄羅斯、澳大利亞、韓國等國家和臺灣省、香港地區的大學以及多個國際組織有著密切的交流與合作，與多所大學互派留學生，長期參與中美海洋生物資源合作計劃，與聯合國糧農組織、亞洲漁業學會、國際水生生物資源管理中心建立了長期友好合作關系。
學校校園文化豐富多彩，邀請著名表演藝術家秦怡、閔惠芬，指揮家曹丁、作曲家陳剛等擔任我校藝術類兼職教授。有90多個各種風格和技術的學生社團，如大學生藝術團。中共宣傳部、教育部、共青團中央、全國學聯連續多年被授予“大學生暑期社會實踐先進單位”。
新時期的辦學目標:到2020年，把學校建設成為海洋、水產、食品等學科優勢明顯，理、工、農、經、文、管、法協調發展，教學與科研並重的高水平國際化、開放型大學。