1.由陳亞珠院士領銜的“電液沖擊波體外腎結石碎石機”臨床療效達到國際先進水平，使成千上萬的腎結石患者獲得了無創治療，取得了巨大的社會效益和經濟效益。獲得1986國家科技進步壹等獎。近五年來，生物醫學儀器研究所在陳亞珠院士的帶領下，致力於腫瘤物理治療的研究，特別是利用熱的生物效應，在腫瘤醫學超聲治療領域提出了相控聚焦超聲多模式組合的新概念，為腫瘤熱療提供了新的思路和方法，具有創新性和前瞻性。獲國家發明專利18項，實用新型專利8項，在國內外發表論文300余篇。
2.上海交通大學作為主辦方之壹，於2005年在上海舉辦了IEEE國際生物醫學工程第27屆年會，這是IEEE生物醫學工程在中國的首次年會。由教授擔任會議技術方案主席，莊教授擔任會議副主席。這是國際生物醫學工程最高級別的年會，首次在中國舉行。並且參會人數超過2000人，創下年會紀錄。
3.“高強度聚焦超聲腫瘤治療設備”獲得五部委新產品證書並成功產業化。
4.上海交通大學生物醫學工程學科與兩家跨國公司的R&D中心聯合培養研究生。壹個是摩托羅拉中國研究中心，另壹個是柯達全球數字醫療R&D中心。此外，該學科還與霍普金斯醫學院、海德堡大學、拉夫堡大學和亞利桑那州立大學簽署了合作協議。在國內同學中，是與國際壹流大學合作比較廣泛的壹個。
5.上海交通大學已經培養和正在培養生物醫學工程博士後50余名，在國內同類學科中位居前列。由於壹批博士後的突出成績，2005年被授予上海市優秀博士後科研流動站稱號。
6.2008年，上海交通大學生物醫學工程專業被列為教育部特色專業建設點。