1、專利申請權糾紛；
2、使用發明創造的費用糾紛；
3、關於實施強制許可使用費的糾紛；
4、專利侵權糾紛；
5、專利權歸屬糾紛。
壹、專利糾紛是指有關當事人之間關於專利的權利義務所發生的爭議。專利糾紛的種類很多，概括而言，主要有以下六類：
（壹）專利申請權糾紛
專利申請權糾紛是專利糾紛中的壹類，主要包括：壹是關於職務發明創造還是非職務發明創造的糾紛；二是關於誰是發明創造的發明人或設計人的糾紛；三是關於協作(合作)完成或者接受委托完成的發明創造，誰有權申請專利的糾紛。
（二）使用發明創造的費用糾紛
專利申請公布或公告後專利權授予前使用發明創造的費用糾紛。根據我國專利法規的規定，從公布專利申請起，到授予專利權止這段時間內，如果有人使用該項已經申請專利的發明，申請人有權要求取得報酬，或者保留在專利權被批準後補收專利使用費的權利。有關當事人如果因此發生糾紛，專利權人可以請求專利管理機關進行調處，也可以直接向人民法院提起訴訟，
（三）關於實施強制許可使用費的糾紛
強制許可就是非自願許可，是指國家的專利主管機關不經專利權人的同意，經過行政程序允許符合條件的第三人利用該項發明專利或者實用新型專利，並向其頒發強制許可證，目的是限制專利權人壟斷專利權。但是，被許可使用人應當向專利權支付使用費。有關當事人因此引起糾紛，可向人民法院起訴。
（四）專利侵權糾紛
該類糾紛較多，主要包括未經專利權人許可，非法實施他人專利權的糾紛；假冒他人專利的糾紛；專利行政侵權糾紛，即專利機關作出了不符合專利法規定的專利實施強制許可決定和宣告專利權無效的決定，侵犯甚至剝奪了專利權人合法權利而引起的糾紛。
（五）專利權歸屬糾紛
是指發明創造在被授予專利權之後，有關當事人之間就誰應當是真正的權利人所發生的確權糾紛。專利權屬糾紛最常見的是職務發明還是非職務發明的爭議，以及某項專利權是否屬於***有而產生的爭議。此類糾紛既可以由專利機關調處，也可以直接向人民法院起訴。這類糾紛只解決權屬糾紛，即只解決專利權的主體，誰是專利權人，而不審查專利權的客體問題。
專利權歸屬糾紛與專利申請權糾紛有相似之處，即爭議的焦點都是誰應真正持有專利技術。但是，專利權歸屬糾紛與專利申請權糾紛卻是兩類不同的糾紛。主要區別是：第壹，從時間上看，專利申請權糾紛發生在專利權授予之前，而專利權歸屬糾紛是專利權被授予以後的糾紛；第二，從內容上看，專利申請權糾紛爭議的焦點是誰對發明創造有權申請專利，而專利權歸屬糾紛是對已確定為專利的發明創造重新提出誰是專利權人；第三，從形態上看，專利申請權爭議的標的能否被授予專利尚處於未決狀態，而專利權屆糾紛爭議的標的則是實際存在的壹項已經專利機關確認的專利；第四，從處理結果上看，專利申請權糾紛的處理不涉及專利權的歸屬，而專利權歸屬糾紛則必須明確判定誰是已被授予專利權的壹項發明創造的真正權利人。
（六）專利許可或專利轉讓合同糾紛
專利許可合同是指專利權人允許他人使用其專利發明或者實用新型的合同；專利轉讓合同，是指轉讓專利所有權的合同。轉讓後，專利權人即喪失了專有權，而受讓人即成為新的專利專有權人。當事人之間所發生的這種專利合同糾紛，實踐中正在增多。
二、專利權糾紛的妥善處理還要明確以下幾點：
（壹）專利權是指依據專利法的規定，權利人對獲得專利的發明創造，在法定期限內享有的專有權。專利法規定，專利權人對其獲得專利的發明創造，享有專有和獨占的權利，除非法律另有規定，任何人不得為生產經營目的制造、使用、許諾銷售、銷售、進口其專利產品，或者使用其專利方法，以及使用、銷售、進口依照該專利方法直接獲得的產品。否則就構成侵權行為。
（二）專利權是壹種民事權利，民事權利受到侵害，可以由當事人自主選擇維權方式。我國專利法規定了三種方式：第壹是協商解決，即侵權糾紛發生時，由當事人協商解決；第二是提起訴訟，即當事人不願協商或者協商不成時，專利權人或者利害關系人可以向人民法院起訴；第三種是請求管理專利工作的部門處理，管理專利的部門是指省、自治區、直轄市的專利行政管理部門和承擔專利管理的其他政府部門和組織。
（三）管理專利部門的行政處理。專利侵權糾紛發生後，如果當事人請求管理專利的部門來處理時，則管理專利的部門必須處理，依據事實和法律做出判斷，認定侵權行為成立的，可以責令侵權人立即停止侵權行為，當事人不服的可以向人民法院起訴；侵權人期滿不起訴又不停止侵權行為的，管理專利工作的部門可以申請人民法院強制執行。
（四）管理專利部門的行政調解。專利侵權糾紛發生後，管理專利的部門應當事人請求，在對糾紛進行處理時，可應當事人的請求，就侵犯專利權的賠償數額進行調解。
（五）專利侵權糾紛中的證據問題。無論是人民法院還是管理專利工作的部門在處理專利侵權糾紛時，均要求有關人員和單位提供有關證據。專利法規定，對於涉及新產品制造方法的發明專利的，制造同樣產品的單位或者個人應當提供其產品制造方法不同於專利方法的證明，即被訴侵權人承擔舉證責任；涉及實用新型專利的，人民法院或者管理專利工作的部門可以要求專利權人出具由國務院專利行政部門作出的檢索報告，以方便對是否侵權作出判斷，準確及時地處理糾紛。
三、解決方式
（壹）協商。未經專利權人許可，實施其專利，即侵犯其專利權，引起糾紛的，由當事人協商解決。
（二）訴訟。專利糾紛當事人不願協商或者協商不成的，專利權人或者利害關系人可以向人民法院起訴。
（三）專利管理部門調處。專利糾紛當事人也可以請求管理專利工作的部門處理。專利管理機關，是指國務院有關主管部門或者地方人民政府設立的專利管理機關。國務院專利行政部門負責管理全國的專利工作；統壹受理和審查專利申請，依法授予專利權。省、自治區、直轄市人民政府管理專利工作的部門負責本行政區域內的專利管理工作。
法律依據：
《中華人民***和國專利法》
第六十壹條
專利侵權糾紛涉及新產品制造方法的發明專利的，制造同樣產品的單位或者個人應當提供其產品制造方法不同於專利方法的證明。 專利侵權糾紛涉及實用新型專利或者外觀設計專利的，人民法院或者管理專利工作的部門可以要求專利權人或者利害關系人出具由國務院專利行政部門對相關實用新型或者外觀設計進行檢索；分析和評價後作出的專利權評價報告，作為審理、處理專利侵權糾紛的證據。