水利建築工程學院 在科學研究方面取得了豐富的成果。近五年，學院***發表論文210篇，在學術刊物發表178篇，在學術會議發表32篇，被SCI、EI、ISTP錄入的為10篇，高級專業技術職務人員平均每年發表論文2篇。出版教材5部、學術專著***9部，、獲國家科技進步二等獎1項、省部級獎12項、發明專利2項、被采用的科研成果6項，產生直接經濟收入41370萬元，近三年科研經費合計479萬元，平均每年159.67萬元。可開展的技術服務、技術咨詢項目有：水力學模型試驗、農業節水灌溉工程設計及技術推廣、建築材料性能研究及技術檢測、材料力學性能研究、城鎮規劃及農田規劃和水利工程的測量巖土工程地基基礎勘察及設計。先後完成40余項科學研究和技術推廣項目，在節水灌溉技術、河流泥沙及渠系泥沙處理、水資源優化配置、水工建築物防凍脹技術、工業與民用建築等方面，取得了顯著的研究成果，產生了良好的經濟效益和社會效益。承擔的科研項目有18項。其中主要科研項目為：1.“瑪納斯河流域水資源安全與可持續利用模式研究”（國家十五科技攻關項目） 2.滴灌滴頭流量設計方法研究。（國家教育部科學技術研究重點項目） 3. 自壓軟管微灌系統水力性能研究（國家自然科學基金項目）4. “北方幹旱內陸河灌區節水農業綜合技術體系集成與示範”項目之子專題“高效輸配水技術集成”（國家863項目）等。
經過40多年的建設和發展，石河子大學水利建築工程學院在辦學條件和學科建設方面形成了自己的特色和優勢，各項工作不斷邁上新的臺階。 “農業水土工程” 學科是石河子大學歷史比較悠久的學科之壹，1991年獲得碩士學位授予權,1998年被遴選為“兵團重點學科”，2005年獲得了“農業工程”壹級學科碩士點。
學院充分利用新疆生產建設兵團和石河子大學的扶持政策，立足於服務地方經濟建設，緊緊抓住社會對農業工程人才與技術開發需求較大的機遇，努力改善教學科研基礎設施，註重培養和引進高層次人才，強化學術隊伍建設，使該學科的人才培養條件和科學研究等條件有了明顯改善。
該學科把握國內外學術前沿動態，致力於具有鮮明地域特色的科學研究，解決工程技術難題，完成了壹批國家、兵團以及企業的重點科技攻關項目，取得了壹批具有地域特色與優勢並在國內外有壹定影響的科研成果。如國家“九五” 重大科技產業工程項目“幹旱地區灌溉農業類型區農業高效用水模式與產業化示範” 、兵團“九五”重大科技攻關項目 “棉花膜下滴灌綜合配套技術研究與示範”、 新疆天業集團科技攻關項目“棉花甜菜噴滴灌模式研究”等課題，有部分成果已達到國內領先水平，為新疆以及兵團大力推廣節水農業的技術進步和經濟建設做出了積極貢獻，取得了較大的經濟效益和社會效益，使多年來形成的特色研究方向的學術競爭力得到進壹步增強。該學科已形成了農業高效用水新技術、農業水土環境、工程水力學和水資源優化配置等穩定的具有鮮明地區特色的研究方向，形成了以中青年學術帶頭人和骨幹為主的學術梯隊，在學科方向、學術隊伍、人才培養、科學研究、基礎條件、學術交流、管理水平等方面奠定了可持續發展的基礎，已發展成為在國內同行業中具有明顯地域特色優勢，在西北地區有壹定影響的學科，是自治區和兵團人才培養、科學研究和技術開發中心。