申請專利要花費相當的人力、財力，而且即使取得了專利權，專利權保護也有地域性、時間性的限制，即專利保護只在授予專利權的國家和地區有效，而且是在專利法規定的保護期限內有效。另外，有些專利申請有被駁回的風險，即時被授予了專利權，也有被無效的風險。
技術訣竅又稱技術秘密，顧名思義，技術訣竅不屬於公開的技術範疇，不宜申請專利，需要采取各密措施來加以保護。采取技術訣竅保護方式的優點是：不存在各種申請、審查、繳費的手續；缺點是保護力比較弱，主要通過簽訂許可合同使被許可人負保密義務，如果保密不嚴，被第三人獲得了該技術，只能追究合同當事方的責任，不能追究第三者。如果第三人獨立開發了同樣的技術不但不能禁止使用，而且他人掌握了同樣的技術竅申請了專利，獲得專利權後，還會反過來約束原擁有技術訣竅的企業。
由於采取技術訣竅的保護方式存在上述弱點，這就要求企業與個人在對采取技術訣竅還是專利保護方式未做出抉擇之前，要充分考慮采取技術訣竅的保護方式是不是能夠保住密。如果能保密，那應可以考慮用技術訣竅的方式保護，不必申請專利。這不但會省去申請專利的繁瑣手續，而且還可能給予企業帶來比申請專利更大的經濟效益。眾所周知，美國可口可樂飲料的配方，采取技術訣竅的方式保護。可口可樂至今已有100多個的歷史了，其原液配方迄今仍舊是保密的。世界各地的分銷店只負責最後的裝瓶，原液都由可口可樂總公司提供，據說，今天知道其配方的，全世界也不超過10個人。假如可木可樂公司申請並取得了原液配和制作方法的專利，將其秘密全部公開，那麽，在距發明時間已有百余年的現在，肯定誰都可以制作可口可樂了。不為原液配方申請專利，而作為技術訣竅加以保護，正是可口可樂公司能夠建立起世界上最大的飲料生產銷售王國，長時間獨霸市場的奧秘所在。
所以，如果所完成的發明創造在實施之後他人仍不可能了解該項發明創造的實質內容，用技術秘密的方式保護該項發明創造便是可取的方式之壹，甚至可能是最佳方式。舉例來說，中草藥的配方和泡制工藝，金屬材料的冶煉和熱處理工藝等類發膽創造，在這些發明創造所涉及的中草藥和金屬材料制品投入商業領域之後，他人仍無法分析出加工工藝的關鍵點。
有壹點需要指出的，構成商業秘密的要件是采取了必要保密措施，沒有內部報名措施的技術不被視為商業秘密。
但是，對於通常的技術，發明創造的核心技術很可能通過各種途徑被別人知悉，無法做到保密，這種情況就不能以技術秘密的方式來保護技術成果了。這時申請專利保護會比技術秘密保護的方式更好。申請專利的風險在於公開發明內容，也就是常說的“以公開換保護”。
專利法規定，發明創造取得了專利權後，未經專利權人的許可，任何單位或個人都不得實施其專利，即不得為生產經營目的制造、使用或銷售其專利產品，或者使用其專利方法；發明專利申請公布後，申請人可以請求實施其發明的單位或者個人支付適當的費用。如果實施單位以該專利授予後就此請求專利管理機關調處或直接向法院提起訴訟。
申請人在決定是申請專利還是作為商業秘密保護時，需要綜合考慮上述各因素。