據“水利部中國科學院水工程生態研究所”網站資料：設有4個管理部門，4個科研部門，3個技術支撐與咨詢服務部門。 水利部水工程生態效應與生態修復重點實驗室
水利部水工程生態效應與生態修復重點實驗室 (以下簡稱實驗室)是經水利部評審認定的部級重點實驗室（水國科2011677號文），依托單位水利部中國科學院水工程生態研究所。實驗室以水利事業發展需求為目標，以水利水電工程建設生態與環境問題及其相關減緩措施的基礎及應用研究為主攻方向，旨在揭示水利工程對自然水文過程的影響及生態後效，構建河湖健康與生態安全評價體系，探尋受損生態系統恢復、重建對策，發展生態水利及水生態修復的新途徑，建立水生態規劃與生態系統管理的理論和技術體系，為實現我國水利科技事業的可持續發展提供理論、技術和人才支撐。
至2014年，實驗室有固定人員30人（含2名雙聘專家），其中正高級職稱人員13人；副高級職稱人員8人；中級職稱人員9人。客座人員26人，其中正高級職稱人員15人、副高級職稱人員9人、中級職稱人員2人。固定人員中擁有國家傑出青年基金獲得者1人，中國科學院“百人計劃”引進人才2人，國務院政府特殊津貼獲得者3人，在國際學術組織任職和擔任國際期刊的主編或編委14人次。目前實驗室承擔省部級以上科研項目63項，其中固定人員主持的項目有國家自然科學基金17項，水利部公益性行業科研專項經費項目3項，科技部國家科技支撐計劃項目及課題各1項，***計經費5546萬元。自2011年底以來，以實驗室為產權單位***在國內外重要刊物上發表學術論文42篇,其中被SCI收錄13篇；獲國家授權專利5項。實驗室設立了開放基金，目前擬資助第壹批課題，經費***計50萬元。（數據統計截至2012.12.27） 辦公室（人事處）
職責：協助所領導組織制定並執行全所性規章制度，組織制定與本部門職能相關的管理制度，協助所領導組織所辦公會議、年終工作會議等行政性會議的會務工作及會議相關決議的督辦；負責研究所人事檔案管理、職工培訓、工資審核調整、單位職工社會保險類的管理、專業技術人員任職資格評審和報審、崗位聘用及考核等工作；負責研究所信訪、國家安全、保密、安全保衛、安全生產工作，根據研究所的授權，負責組織本所的政務信息及對外宣傳管理工作等。
黨委辦公室（監察審計處）
職責：協助所黨委制訂黨務、紀檢、監察等方面的管理制度，並監督執行；負責組織宣傳學習和督促執行黨的路線、方針、政策及上級黨組織的決議決定，組織安排所黨委各種會議、學習和重要活動；負責黨風廉政建設工作，對黨員進行管理，督促黨員履行義務，保障黨員的權利不受侵犯，對黨員進行監督等。
科研計劃處
職責：協助所領導進行研究所中長期發展規劃的制訂、科研工作相關管理制度的制定工作；組織科研計劃的編報和科研項目的申報工作，負責研究所科研工作年報的編制；負責科研外事計劃、學術交流、科普宣傳的組織工作，水工程生態講壇、中國水利學會水生態專業委員會的日常工作，研究所參與相關學術團體活動的管理工作等。
財務資產處
職責：協助所領導根據國家財經政策和上級有關規定，研究確定合理的經濟運行模式；負責組織編制單位年度經費預、決算報表和年度經費收支計劃，並監督和控制預算和計劃的實施等。 水生生物學研究室（水生態評價處）
主要開展 水生態監測、水生態評價和水生態保護研究、相關規劃及新技術示範與推廣工作，針對當前存在的水生態問題，主要利用水生生物開展診斷河流、湖泊和水庫健康工作，通過研究生態系統食物網結構，提出河流、湖泊和水庫生態系統健康技術指標及生態預警對策，為國家實施可持續發展戰略提供理論與技術支撐。
保護生物學研究室（瀕危物種與資源保護處）
以受水利工程影響的重點或典型水域生境為研究範圍，以在生態系統結構和功能上占據關鍵生態位的重要水生生物物種為研究對象，開展自然及工程脅迫背景下的重要水生生物生物多樣性的保護、維持和可持續利用研究。具體研究方向如下： （壹）分子生態學與重要水生生物的監測和評估 （二）生物多樣性與水生種質資源保護 （三）水庫生態學與生物資源利用 （四）魚類育種學與遺傳資源利用
應用生態學研究室（水生態保護與修復處）
致力於運用生態學、工程學原理和技術，研究解決我國面臨的水環境汙染和水生態退化問題，維護區域生態可持續發展。關註重點區域的生態環境問題，協調社會經濟發展特別是水資源開發利用與流域生態環境保護間的關系，提出針對性的生態環境保護與建設方案、管理對策；研究濕地、水域生態系統退化原因，開發濕地生態修復、水汙染治理、水華控制等關鍵技術，恢復與重建良性生態系統；開展生態調查與監測，建立適合我國水環境特點的生物早期預警技術，建立生態系統健康評價的生物指數評價體系；開發水庫規模化健康養殖、有機漁業等關鍵技術，協調漁業發展與環境保護間的矛盾，促進漁業的可持續發展。設有生態規劃、恢復生態學、水汙染防治、水華控制等4個學科組。至2014年 ，有科研人員16人，其中高級職稱8人；具博士學位6人、碩士學位6人。
生態水文學研究室（水生態規劃與法規處）
主要針對 水利工程建設對內陸水域生態系統的影響機理與減緩對策開展基礎與應用基礎研究。以魚類生態學與水文水力學相關理論與實踐為基礎，以魚類與魚類集合為對象，通過生態學及水文學的知識整合研究水域生態系統的變動規律與驅動因子，為實現水域生態系統服務功能最大化與可持續利用，以及水域生態系統的適應性管理服務。***承擔各類項目與任務70余項，初步形成學科方向明確並具備相關基礎能力的研究團隊。至2014年，研究室有研究人員25人，其中高級職稱3人，中級職稱人員13人，初級職稱人員9人；魚類馴育實驗室與魚類行為實驗室各壹處；陸續添置了便攜式科研型回聲探測儀EY60、多波束剖面流速儀、多功能水質分析儀、便攜式顯微成像分析系統等野外調查設備。 信息中心
職責：負責《水生態學雜誌》的編輯出版及其相關工作；負責研究所圖書、雜誌、文獻、資料的采編、閱覽和館藏；負責研究所信息化建設規劃和實施的技術支撐，以及網絡和通訊系統的維護和管理等工作。
實驗中心（水生態監測中心）
職責 ：負責研究所科研項目中水生態監測樣品的檢測分析，提交檢測數據或分析報告；參與協調水生態監測和檢測相關項目的野外調查任務，協助完善采樣設計（樣點布設、采樣頻次和采樣方法的確定），並制定年度和季度調查工作計劃；承擔水利部及長江委水生態監測網絡的規劃與建設任務等。
生態技術工程中心
職責：在系統研究水工程建設和運行的生態學效應基礎上，預測評估水工程對水生態的影響，研究集成水生態保護的最新成果，制定水生態保護規劃，設計建設並運行管理水生態保護工程，通過實驗研究、技術示範、技術咨詢、技術指導等研究推廣方式，為水工程建設、管理單位提供水生態保護技術支持，為政府決策提供科技支撐 。