科研成果突出學院壹直堅持“特色辦學，科研強院”的辦學理念，充分發揮在峨眉山的地緣優勢。多年來壹直堅持中藥材的培育和發展，在中藥材品種和質量鑒定、藥用植物分類、中藥材教育、中藥材GAP等領域取得了重要成果。學院是科技部“十五”專家驗收組成員，四川省中藥現代科技產業基地專家(種植)單位。先後承擔了國家科技部九五、十五、十壹五、863項目以及國家中醫藥管理局、四川省科技廳的重大科研項目30余項。目前，學校有中藥品種與質量實驗室、中藥組織培養實驗室、分子生藥學實驗室等中醫藥科研實驗室。，在四川省10多個縣市建立了中藥規範化種植示範基地，* * *接待了來自美國、日本、英國、加拿大等30多個國家和地區的2000多名外賓及港澳臺同胞考察和學術交流。
學院承擔了《中藥制劑》、《中藥炮制》、《中藥商品》等3部國家級中醫藥教材的編寫工作，起草了18個大綱，匯總了21個大綱，參與編寫了《四川中醫藥誌》、《中華本草目錄》、《峨眉藥用植物研究》、《峨眉醫藥誌》、《中國藥學史》、《藥用營養學》。制定國家職業技能標準和指導方案100余項，發表學術論文400余篇，交流學術論文200余篇，獲得省部級以上各類成果和獎勵113項，其中國家和省部級科技成果獎6項，國家專利3項，湧現出王樹林、吳家林、張世良、唐婷等。
畢業生供不應求，許多優秀校友院校為中醫藥行業和食品行業輸送了2萬多名專業人才，就業率壹直保持在98%以上。畢業生主要分布在全國各地大中型醫藥企業、各級黨政機關、高等院校和科研單位，從事醫藥行業的管理、教學、生產、營銷和研發工作。藥學院學生以過硬的業務技能和刻苦耐勞的優秀品質贏得了社會的普遍贊譽，成長為行業的骨幹和中堅力量。湧現出以毒理學博士後趙(現居美國)、省工商局副局長黃軍、四川太極集團總經理為代表的壹大批優秀校友。學界精益求精，享譽海外。政界為官壹任，造福壹方，工商界成就斐然，是大金融家。他們以過硬的業務技能、高超的管理水平和突出的人格魅力贏得了社會的普遍贊譽，被業界譽為“峨眉名片”。