辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、安全、信訪、保密、接待、行政後勤保障、國有資產管理和政府采購等機關日常運轉工作；
負責議案建議及提案辦理、政風評議、政務公開、重點工作、重要事項的催辦、督辦和督查工作，研究制定政務管理的相關規章制度並監督落實；
承擔預算編制、財務管理工作、專項經費使用情況的審計監督和檢查工作；
承擔日常文稿起草、公文處理和運轉管理工作；
負責局機構編制、人事管理、幹部教育培訓、紀檢監察、黨群等工作；
承擔局人員工資、考核、因公出國（境）、退休人員管理與服務及借聘用人員的日常管理工作；
承辦局領導交辦的其他工作。
專利管理處
負責專利的日常管理（申請、資助、優先審查、減繳等）工作；
研究擬定專利地方性法規、規章草案及相關知識產權工作政策，協調地方專利立法中的重要事項；
負責專利代理機構的審批及相關中介機構和專利代理人的管理工作；
負責全省專利工程師的職稱評審及能力提升工作；
負責全省專利行政執法工作，負責全省執法人員資格認證工作，開展執法維權績效考核；
負責全省知識產權維權援助、“12330”舉報投訴、“5.26”工程建設和預警工作；
負責組織推薦中國專利獎和評審安徽省專利獎；
承辦局領導交辦的其他工作。
協調指導處
協調省直各部門專利管理工作；
指導、協調本省各行業及各市、縣的專利管理工作；負責對市、縣知識產權局的年度考核工作；
指導企事業單位開展專利實施和專利技術產業化工作，組織實施專利產業化工程項目，貫徹落實促進專利發展的優惠政策和措施；
負責專利權質押的管理工作；
負責組織世界知識產權日和中國專利周（安徽地區）活動及有關大型會展工作；
負責知識產權人才工作，聯系知識產權專家講師團工作；
協調知識產權涉外工作；
承辦局領導交辦的其他工作。
規劃發展處
研究擬訂全省專利發展戰略以及有關政策、措施，編制全省專利發展規劃年度工作計劃及總結，並組織實施和監督檢查；
制定全省專利信息網絡發展規劃並組織實施；負責專利信息統計、分析、預測、編報和發布工作，會同有關部門推動專利信息的傳播利用；
制定全省知識產權服務業發展規劃，指導省專利信息服務中心建設； 負責局政府門戶網站及辦公自動化系統的建設、管理與維護；
承擔局重要文稿的起草工作及政務信息的收集、撰稿和報送工作； 負責知識產權軟科學研究計劃制定、實施組織和日常管理工作；
承辦局領導交辦的其他工作。
專利代辦處
受國家知識產權局委托，從事專利審查業務，以及基於審查的公***服務等工作；
承擔電子申請推廣工作；
承擔專利實施許可合同備案和專利權質押登記工作；
承辦局領導交辦的其他工作。
宣傳教育中心
負責並組織實施與專利工作有關的宣傳培訓工作；
負責組織局機關的新聞發布和宣傳工作；
負責全省企業專利聯絡員工作；
負責編印《安徽知識產權》刊物；
承辦局領導交辦的其他工作。
省知識產權研究會處室職能
積極宣傳普及知識產權知識，努力提高全社會的知識產權意識以及依法保護知識產權法制觀念；
組織開展學術活動，研究交流知識產權學術理論，並開展國際國內民間學術交流活動；
開展人員培訓工作，努力提高會員的學術水平和工作能力；
大力開展知識產權咨詢服務以及促進知識產權保護的各項運動
省發明協會
宣傳、貫徹國家有關發明創造的方針、政策、法令和條例，向省政府和有關部門反映意見和建議；
引導、鼓勵和扶植廣大會員及各界群眾從事發明創造活動，推動群眾性發明創造工作的廣泛開展；
評選、組織優秀發明創造成果參加國際國內發明展覽，執行中國發明協會會議決議，承擔中國發明協會、省知識產權局委托的工作；
維護發明者的正當權益，反映他們的呼聲和要求；
開展發明咨詢服務工作和多種形式的發明宣傳展覽浩劫，傳播信息，溝通渠道，促進發明成果的應用推廣；
推薦發明創造人才，宣傳表彰在發明創造、成果轉化活動中取得突出成績的發明者以及為支持、述活動做出重要貢獻的單位和個人；