在鐵路建設的同時，地鐵公司與多家房地產開發商簽訂協議，參與地鐵站和車庫上層及附近的住宅和商業物業開發。地鐵公司從這些發展項目中獲得的利潤補充了相關的鐵路收入，從而增加了新鐵路線建設的投資回報。
地鐵公司在鐵路物業發展項目的規劃、設計和項目管理方面成績斐然。地鐵公司發展物業的原則是盡量減低物業發展的直接風險，從而減低集團在物業市場所面對的風險及相關風險。
香港特別行政區政府根據完全市場價值評估的土地價格(不考慮評估的土地位於鐵路沿線)授予地鐵公司開發用於房地產開發的土地的權利。地鐵公司在物業開發方面的做法是，按照地鐵公司的要求，安排第三方開發商進行實際開發項目。壹般來說，開發商負責支付所有開發成本(包括政府地價、建設和準備費用、營銷和銷售費用、專業費用、財務費用和其他費用)，並承擔所有開發風險。港鐵公司從物業開發中獲益，按約定比例分享出售或出租物業所得利潤(扣除開發成本後)，分享實物資產或開發商支付的預付款。物業租賃、管理及其他業務
目前，地鐵公司的投資物業組合越來越多，主要是商場和寫字樓，這些都是從其發展項目中精心挑選的。這些投資物業帶來經常性收入，並加強本集團的資產基礎。截至2006年底，地鐵公司在總投資物業組合中的份額包括可出租面積為65，438+033，927平方米的零售物業、可出租面積為39，529平方米的寫字樓以及可出租面積為65，438+0，460平方米的其他物業。港鐵公司投資物業組合包括國際金融中心二期12商場及18層寫字樓。
地鐵公司旗下擁有多個投資物業組合的大型購物中心包括:
德福廣場(九龍灣站)
綠羊坊(荃灣站)
興華新城(杏花村站)
青衣城(青衣站)
李連街(坑口站)
君匯坊(將軍澳站)
方圓(九龍站，80%由港鐵公司持有，其余由新鴻基地產持有)
連城廣場(沙田站)
海曲廣場(屯門碼頭站)
景俊廣場(火炭站)
新屯門商場(輕鐵車廠站)
恒福商場(三聖站)
日出康城區域開發的購物中心部分(康城站)
銀座商城(北京地鐵2號線東直門站)在物業業務方面，港鐵公司還提供港鐵物業管理、代理、港鐵八達通控制系統、樓宇環境衛生等服務。
截至2007年6月底，港鐵公司在香港擁有多份物業管理合約，共管理61，214個住宅單位及約583，372平方米的辦公室及零售空間。2000年，港鐵公司成立了新的服務品牌Premier Management Services，管理選定的高端物業，包括國際金融中心二期和凱旋門。地鐵公司現正發展內地的物業顧問及管理業務。目前內地共有七份物業管理合約，並已簽訂新合約，為中國不同地區的高端物業發展項目提供管理及顧問服務。2006年，SOHO中國有限公司簽訂了三份新的物業管理合同，委托港鐵公司管理位於北京中央商務區的豪華寫字樓/商業開發項目，包括SOHO尚都、建外SOHO七期和朝外SOHO。2007年上半年，雙方就北京兩個寫字樓和商業開發項目簽署了諒解備忘錄，壹個位於光華路，另壹個位於西單。地鐵公司還就北京銀座商城的運營和物業管理簽訂了長期租約，該購物中心的可出租面積為65，438+09，295平方米，於2007年6月開業。港鐵公司擁有的東湧纜車項目名為昂坪360，是壹條連接香港大嶼山東湧和昂坪的纜車(吊車)路線。該系統由港鐵公司的附屬公司昂坪360有限公司管理及營運。「昂坪360」於2006年9月18日啟用。2007年6月，非運營時間年檢時，壹輛纜車脫落。所幸並無涉及人身傷害，隨即終止纜車營運服務，並進行詳細調查及跟進。港鐵公司和香港特區政府機電工程署在對系統安全各方面完全滿意後，允許纜車恢復載客。
2008年，昂坪360纜車和昂坪市集為港鐵公司帶來654.38+0.56億港元的收入，超過654.38+0.6萬人次。港鐵公司還推出了包廂服務，並與方圓、青衣城、港鐵朋友會聯合推出促銷活動，吸引遊客。港鐵公司於1997推出八達通卡。此後，免接觸八達通卡在香港開始流行。目前，香港約有700萬人經常使用超過65，438+0870萬張八達通卡，平均每日交易額為8，980萬港元。八達通卡不僅被各種公共交通工具廣泛接受，還被壹些大型連鎖便利店、超市和快餐店接受。通過便攜式八達通處理器，八達通卡已將其業務擴展到中小型零售市場，吸引更多零售商采用八達通卡。
八達通卡由港鐵公司非控制及間接附屬公司八達通卡有限公司擁有，為最大股東。地鐵公司目前擁有八達通控股有限公司57.4%的已發行股本，而八達通控股有限公司則擁有八達通卡有限公司全部已發行股本。八達通控股有限公司余下42.6%已發行股本由九廣鐵路公司、九龍巴士控股有限公司、城巴有限公司及新世界第壹巴士服務有限公司擁有。雖然港鐵公司持有八達通控股有限公司57.4%的已發行股份，但該公司在八達通控股有限公司董事會會議上的投票權限制為49%，八達通控股有限公司的任何股東均不能單方面控制八達通控股有限公司董事會。兩鐵合並後，地鐵公司和九廣鐵路公司的股份維持不變。
八達通卡有限公司擴大了在香港的業務，並贏得了幾項合同，以擴大其在香港以外的業務，包括荷蘭和中國長沙。