1.不同客戶:主板:主要針對1653類型的藍籌企業上市，分為上交所主板(股票代碼以60開頭)和深交所主板(股票代碼以000開頭)。新三板:主要服務於創新型、創業型、成長型中小企業的發展。這類企業普遍規模較小，尚未形成穩定的盈利模式。在準入條件上，沒有財務門檻，只要是股權結構清晰、經營合法規範、公司治理健全、業務清晰、履行信息披露義務的股份公司，經主辦券商推薦，均可申請在全國股份轉讓系統掛牌；
2.投資群體不同:主板:投資者結構以中小投資者為主，方式是買股票。新三板:目前只能成為上市公司，不能上市。
3.服務目的不同:主板:主要目的是炒股，同時也為企業提供融資和投資者退出提供便利；新三板是為中小企業和產業資本服務的市場，主要為企業發展、資本投入和退出服務。
新三板最早出現在2001年3月。最初叫股權代辦轉讓系統，是承接兩網公司和退市公司的地方。現在是未上市股份公司股權交易平臺，主要服務於中小企業。
1.新三板是上市公司嗎？
其實新三板的企業都不是上市公司。雖然普通投資者也可以購買新三板公司的股份，股份也可以流通，公司也可以融資，但是新三板的企業並不是上市公司。新三板不能公開發行股票，與上市公司募集資金的方式不同。新三板交易股票，掛牌公司交易證券。新三板只掛牌，不掛牌。
當然，新三板可以在二板上市，需要滿足主板或者創業板、科技創新板的上市條件。壹些優質企業也會以新三板為跳板，加快在a股市場上市。
二、新三板的掛牌條件
新三板的掛牌條件比較簡單，主要包括以下幾個條件:
1.業務得到確認，具有持續經營能力；
2.在工商局備案，公司經營兩年以上；
3.公司經營合法合規，治理機制健全；
4.需要主辦券商推薦並繼續監管；
5.股權清晰，股份的發行和轉讓需要符合法律規定；
6.規定的其他條件。
第三，新三板的作用
1.成為私募基金新的退出渠道。新三板的建設為私募基金投資新三板企業提供了退出渠道，也激發了私募基金投資新三板的熱情。
2.降低股權投資的風險。“新三板”制度的建立，使公司受到更嚴密的監管，降低了投資的風險。
3.提高公司的管理水平。新三板掛牌企業首先要進行股權改革，同時也需要進行信息披露，促進了企業的規範管理，提高了企業的管理水平。