隨後幾年，在國內房地產行業相對穩定、協調發展的情況下，於發祥帶領團隊往返海口、深圳、紹興、嵊州等地，主持或參與了“香園”、“匯園商住區”、“紹興金色港灣”等多個房地產項目的開發建設，努力改善區域人居環境，推動城市化進程。隨著房地產業務的不斷拓展，2002年成立了浙江祥源投資集團有限公司，正式成立了以房地產投資開發為主的集團公司。
在做大實業投資的同時，於發祥開始涉足資本市場。2001年4月，斥資近億收購上市公司“瓊海德”。這次收購無疑是壹次生動的資本運作啟蒙課，讓他清醒地認識到，產業投資只有插上資本的翅膀才能騰飛。這壹理念深刻影響著祥源的可持續發展和再次騰飛。2002年，余發祥憑借敏銳的商業和創新意識，再次緊跟時代步伐，抓住中部地區巨大的潛在商機，憑借自己在東部地區發展中積累的優質資產和經驗，成功落戶安徽進行二次創業。
進入安徽後，於發祥先後投資開發了合肥最大的合瓦路舊城改造項目，成功打造了聞名合肥的大型成熟人文社區——香園上城國際，投資開發了五河縣何穗河舊城改造及綜合治理項目，香園廣場項目；安徽首家壹站式購物中心——六安市西毒時代廣場；歐麗工業園，年產654.38+0.2萬臺出口冰箱基地，占地面積654.38+0.8萬平方米；收購重組安徽交通建設有限公司，積極參與市政基礎設施建設，為合肥現代化大都市建設貢獻力量；整體收購安徽祁門紅茶廠，成立祥源茶業集團，傳承中國茶文化。經過短短幾年的快速發展，祥源已經從單壹的房地產投資開發型集團公司發展成為以投資運營為主的多元化產業集團。
隨著企業的壯大和多元化發展，俞發祥深刻認識到單靠商業直覺無法保證企業的長遠發展，於是來到了中國頂級商學院——中歐國際工商學院。經過兩年的學習，他認識到，只有理性思考企業的戰略方向和核心競爭力，規範公司治理結構，建設有凝聚力的企業文化，建立專業的團隊，才能實現可持續發展。為此，於發祥請來以賴、黃華、張長元、鄧增勇為代表的壹批優秀職業經理人，極大地促進了整個集團的專業化、規範化運作，提升了整體的職業運營能力。2008年，經同學介紹，余發祥被武當山“大山大水大人物”的資源稟賦深深吸引。聯合國內知名企業發起成立太極湖集團，投資“太極湖新區開發及生態旅遊項目”。至此，襄垣與旅遊產業結緣。2010依托雲起的地理和資源優勢，祥源投資開發了雲起山生態文化旅遊區。2012新疆天山天池項目成功簽約。於發祥聚焦旅遊產業，做大做強旅遊目的地的大幕正式拉開。
文化景點不可復制的資源，豐富的歷史文化底蘊，國家戰略支柱產業的政策優勢，是余發祥熱愛旅遊行業的客觀原因。然而，更重要的是，旅遊目的地的投資和發展可以有效地與現有的產業部門相呼應，旅遊項目的擴展可以為現有產業的發展帶來更多的機會。2012，俞發祥進壹步明確，以城市運營產業鏈為基礎，以茶產業為補充，掌握價值鏈關鍵環節，打造卓越體驗的可持續消費平臺，是祥源堅定不移的戰略使命。
至此，壹家以打造旅遊目的地產業集群為核心，包括文化旅遊、城市運營、茶產業等在內的全國性綜合控股集團正式誕生。