長江南京航道工程局擁有荷蘭、日本、中國建造的大中型自航耙吸、絞吸、鏈鬥、抓鬥、挖泥船等疏浚吹填工程船16艘，用於疏浚吹填工程的輔助船40余艘，以及排泥管道等配套設備。主要承接沿海及內河航道、港口的疏浚、整治、疏浚、圍墾(含圍堰)、水下炸礁、清障、築壩、水陸勘測、打撈救援工程、船舶修理、排泥管道建設等業務。
在建設長江黃金水道國家戰略實施過程中，長江南京航道工程局積極參與南京以下12.5米深水航道工程壹期通州沙I標段、浦東機場外灘-3#圍擋工程等壹批國家重點工程建設。我局本著“服務長江航道、服務沿江經濟、服務流域人民”的宗旨，倡導“以人為本、忠誠真誠”的文化品牌和理念，廣泛參與航道維護、河床整治、丁壩建設、堤防加固、航道及碼頭工程建設，確保了世界貨運最繁忙的長江下遊800多公裏主航道(江西、安徽、江蘇、上海)上黃金水道的安全高效。