為了促進少數民族教育的發展，國家民族事務委員會有六所學院和大學。這些機構主要招收少數民族學生。同時也招收壹些漢族學生。國家民委所屬的中央民族管理幹部學院承擔了培養少數民族幹部的部分工作。
國家民委下轄部分企事業單位。如國家民委民族問題研究中心、中國少數民族古籍整理研究室、中國民族博物館、中國民族語言翻譯中心、民族團結雜誌社、民族出版社、民族畫報、中央民族歌舞團、民族文化宮、中國民族經濟發展服務總公司等。原屬國家民族事務委員會的中國民族國際信托投資公司和中國民族旅行社已與當局脫鉤。
國家民族事務委員會負責指導地方民族工作，並與全國人大民族事務委員會、中國人民政治協商會議民族宗教事務委員會和國家宗教事務局保持密切的工作聯系。辦公廳:協助委領導處理機關日常工作，協調安排委領導活動；承擔聯系兼職委員的具體工作；負責機關規章制度建設和國家民委相關綜合性文稿的起草；負責辦公室會議活動的管理和重要會議活動的組織協調；承辦委員會重要會議決定事項和委員會領導交辦事項的督辦，協調辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；承辦民族自治地方和民族自治地方成立10周年慶祝活動的相關工作；承辦少數民族重要學習、參觀、考察等事項及相關接待服務的具體工作；負責值班機關的工作；負責機關和指導京直屬單位的文電、應急、機要、檔案、保密、信訪工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
政策法規司:起草國家法律法規草案，制定政策措施，承擔國家法律法規宣傳教育工作；承擔民族識別、民族成分管理和民族團結進步表彰工作；處理與少數民族風俗習慣有關的事務；參與涉及中國少數民族人權的國際活動；配合有關部門開展涉及少數民族婦女兒童、人口和計劃生育、老齡、殘疾人、雙擁等工作；承擔行政復議工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
監督檢查司:負責對民族法律法規和民族政策的執行情況進行監督檢查；承擔協調和指導民族區域自治法實施的具體工作；研究民族關系重大突發事件的預警和應急機制，承擔相關協調和處理工作；研究提出協調民族關系的建議；參與協調民族地區社會穩定；推進民族事務服務體系和民族事務管理信息化建設；承辦委員會領導交辦的其他工作。
經濟發展部:研究提出少數民族和民族地區經濟發展的專項政策建議，協調或配合有關部門處理具體事宜；負責少數民族事業的規劃管理和專項規劃的制定，承擔監督檢查規劃實施的具體工作；參與制定民族地區經濟社會相關領域的發展規劃；承擔全國統計分析、綜合評價和監測系統的相關工作；參與協調民族地區的對口支援、經濟技術合作、民族貿易和民族特色商品生產；參與管理少數民族發展資金和扶貧工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
文化宣傳部門:研究提出少數民族和民族地區文化、衛生、體育、廣播影視、新聞出版發展的專項政策建議，協調配合有關部門開展相關工作；組織指導宣傳教育工作，承擔民族政策、民族工作成就、民族基本知識的宣傳教育和相關對外宣傳工作；承擔新聞發布的組織工作，負責重要會議和活動的新聞報道；承辦民族文化交流與合作，承辦重大民族文化體育活動的具體事務；指導民族古籍的收集、整理和出版，協助有關部門開展民族文物保護工作；指導直屬文化宣傳單位的業務工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
教育和科技司:研究提出少數民族和民族地區教育和科技發展的專項政策建議，協調或配合有關部門辦理具體事宜；合作處理有關支持和援助民族教育的事宜；承擔少數民族語言文字管理和翻譯工作，參與雙語教育協調工作；指導相關的科學技術研究工作；參與管理中央少數民族教育補助資金；指導民族語言文字機構和直屬民族院校的業務工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
國際交流司(港澳臺辦):研究制定民族事務國際交流與合作發展規劃；承辦對外和港澳臺民族工作領域的交流與合作；了解海外少數民族同胞的有關情況，承擔和協調處理少數民族涉外事務；參與涉及民族事務的對外宣傳工作；歸口管理民族事務委員會系統的外事和港澳臺事務；承辦委員會領導交辦的其他工作。
財務部:負責管理國家民委部門預算、本級機關財務收支和民族工作經費；承辦領導幹部經濟責任審計；承擔國家民委國有資產管理、基本建設、政府采購和住房制度改革工作；指導直屬單位的財務管理、內部審計、國有資產、基本建設、政府采購和住房制度改革；承辦委員會領導交辦的其他工作。
人事部門:參與少數民族人才隊伍建設規劃的制定和實施；承擔聯系少數民族幹部的具體工作，配合有關部門承擔少數民族幹部的培養、教育、選拔和推薦工作；負責機關及直屬單位的人事管理和機構編制；承擔直屬機構的管理工作；指導幹部教育培訓工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
黨委:負責宣傳貫徹黨的路線方針政策，執行黨中央、上級組織和本組織的決議；負責黨員的教育、管理、監督和服務；協助黨組管理機關黨組織和群眾團體的幹部，配合幹部人事部門對機關行政領導幹部進行考核和民主評議，對機關行政幹部的任免、調動和獎懲提出意見和建議；領導直屬機關的紀檢和反腐敗工作；領導機關、工人、青年婦女等群眾團體；承擔黨風廉政建設辦公室、糾風辦公室、精神文明建設協調領導小組辦公室、防範和處理邪教問題領導小組辦公室的日常工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
離退休幹部局:負責離退休幹部的思想政治工作，組織離退休幹部閱讀文件和參加學習及相關活動；負責離退休幹部的醫療、福利等服務工作；組織對離退休幹部的具體走訪慰問，承辦老年大學相關事宜，組織老年教育和文體活動；負責離休幹部的喪葬事宜；負責本局的財務工作；指導直屬單位離退休幹部工作；承辦委員會領導交辦的其他工作。
政策研究室(民族研究中心):起草有關民族工作和國家民族事務委員會綜合性的重要文件和文稿；組織研究民族理論、民族政策和民族工作的重大問題，以及世界民族問題、涉港澳臺民族問題和人權問題；組織協調國家民委重大研究活動相關工作，承擔民族問題研究項目的規劃、立項、驗收和獎勵；指導國家民委系統的民族研究工作，聯系有關民族研究機構、學術團體和專家學者，組織和參與有關學術交流活動和有關民族工作決策咨詢論證活動；整理匯編民族工作和國家民委的重要文獻，負責有關出版物和年鑒的匯編發行；承辦國家民委交辦的其他工作。
信息中心:承擔政府信息和政務公開工作，指導民委系統信息和政務公開工作；承擔政務和民族事務管理的信息化建設；承辦政府網站，協助有關部門宣傳國家法律法規、國家政策和國家基本知識；承辦國家民委交辦的其他工作。
國家少數民族古籍研究室:組織、協調、聯系和指導民族地區少數民族古籍的搶救、收集、整理和出版工作；起草少數民族古籍工作的相關政策法規；承擔少數民族古籍重點工程和國家重大項目的規劃和實施；承擔指導少數民族古籍人才培養和少數民族古籍信息管理工作；負責出版物《民族古籍》的編輯出版和民族古籍的宣傳交流；承辦國家民委交辦的其他工作。
機關服務中心(局):承擔機關後勤服務保障工作；承擔委托機關的安全保衛、人民防空、交通安全、綠化、計劃生育、愛國衛生運動和無償獻血工作，負責指導、監督、檢查和協調在京直屬單位的安全保衛和人民防空工作；承擔機關委托占有、使用的國有資產管理工作；指導和監督本單位管理的企業事業單位的經營管理；承辦國家民委交辦的其他工作。