崇禎十壹年(1638)，以“文武全才第壹”被推薦到禮部。但朱之瑜看到“世風日下，國不日化”，“官得財，政受賄”，政事混亂。他不能被海關容忍，於是放棄了仕途，專心學習。他曾對妻子說:“如果我是狀元，做了縣令，早些年就要被抓起來；此後三年，百姓誦經德，上官褒之時，必學理學，道學。如果妳由此提出建議，妳會得到壹個大罪，失去妳的生活。我如此淺薄激烈，不忍慷慨，所以立誌上進。“朱舜水不求名利，卻熱衷於關心民生，並經常告訴人們:“世俗之人樂於升官發財，聖人君子樂於言出必行。言傳身教，道本身。蓋世俗情懷、智慧與周易及其後代。官位高則身榮，祿位厚則利後人，願遂而止。大人，君子能想到世間的壹切。天下之大，妳憂天下，壹國之大，妳憂壹國，唯恐民生不繼。至於全身的榮耀，菜的厚薄無所謂，只為開心就好。"
崇禎十七年(1644)，朱舜水四十五歲時，李自成攻陷北京，崇禎皇帝在景山公園(今景山)上吊自殺。不久，朱友松，斧王，設在南京，並改為弘光。這時江南的連長方國安推薦了朱之瑜，他是皇帝聖旨特聘的。他拒絕就職。弘光元年(1645)正月，皇帝下令再次征召他，但他仍然拒絕就職。四月，在景公方國安的推薦下，朝廷任命他為江西省提審調查司侍郎，兼兵部大夫，兼方國安軍監，但他仍不肯上任。他壹年內三次拒絕入伍，因此嫉妒奸臣。次年，以“不服從朝鮮命令，無人獻殷勤”罪被追捕。朱之瑜星夜逃往舟山，行商掩護。
郭健魯王
魯王，監國，下令龔升朱之瑜。過去，宋朝的宰相陳下令占領這座城市，但他離開了，再也沒有回來。雖然無法蓋時，但知聖人之道者，當盡回天之力，以平衡人生。如果他們走了，誰將對世界上正在發生的事情負責？為國運九，行與脈猶存，光可見。先人之功，民心所向，回潮之勢，應該遠不止晉宋。而且現在陜西、四川、貴州、楚國都入了境，粵西長期尊鄭朔，也就是福建、廣東、江蘇、浙江，也在變化。如果不是京燕之輩，境遇不佳，適可而止，不知有命喚回。我是正確的，但我遠沒有忘記我的家。還是值得再試壹次的。怎樣才能忘記最後軍隊邀請後的感受？以夢求才，以待延宕，特此呼召，但可說來輔助，以復事業。當我是壹篇正義的文章，我媽就免於在其他國家停滯不前。我太感動了。
弘光元年(1645)五月，清軍攻陷南靖，洪光皇帝離開，方國安、阮大鋮向清軍投降。洪光倒臺後，明朝出現了兩股主導力量，即明朝乾隆皇帝(唐朝國王朱)的政權和魯建國國王(朱彜海)的政權。不久，清兵攻占福建，殺了隆武帝。此時魯王率領部下占領南澳島，進而攻占舟山群島。當時朱之瑜第壹次去日本籌款，想借日本援軍資助舟山守將和兵部左侍郎王緒，以恢復中原。因為日本實行海禁，不允許外人停留，只好返回舟山。李詠四年(1650)，朱之瑜再次在東海漂到日本，不料被清兵發現。清寇，被白汾包圍，逼他投降，他卻哈哈大笑，誓不投降。劉文等人被他的義舉感動，偷偷把他坐船回舟山。次年，朱之瑜又去了日本，再從日本去安南。在他即將動身前往舟山時，舟山和四明山村雙雙被清軍攻占。魯王避過夏門，朱之瑜最好的老師和朋友，如王毅、朱、吳中鸞等，都為國捐軀，尤其是王毅。朱之瑜在海外聽說後，痛心疾首地說:“中秋對王侍郎這位朋友來說，是節末，比柴市還不如，比文山還不如。仆至，必悲，終身廢此節。”
由於國家大事日益危急，八年(1654)，魯王下詔征召55歲的朱之瑜。然而，由於他四處漂泊，住處不定，蘇夕直到兩年後才找到他。魯王在書中指責他“詔取城池，去而不回，拒不歸陛下，為史所譏笑。”希望他盡快回國。手裏拿著聖旨的朱舜水慷慨解囊，想立即轉道思明(今廈門)返回舟山，卻沒有交通工具，滯留在安南。他不得不先回復王毅的信，陳述自己這些年在海外經營、籌款報銷的苦心。他在丁酉《謝恩書》中說:“去年我作了妥協，請求幫助，所以附了壹條船。意思是秋末冬初，可以期待祭拜童的靈柩，發自內心的歌。我在海外經營了幾年，也就是說我可以適當的向法院舉報。當我和我的封臣討論的時候，我並不指望壹個叛徒會是那個梗。我的船出海口，出故障半個月。安南復交後，我傷心欲絕。”“經過十年的籌劃，方希已經成功了，他打算擴大他的祖先的事業，以獎勵他的父親和協助他的部長。”
渴望早日回國忠心報國的朱舜水終於在李詠十壹年(1657)正月抵達，準備渡海回國。但沒想到，2月，他被安南強制服役，被拘留了50多天。安南王知道他是中國學者，就把他留住，拜他為官，逼他向朝臣俯首稱臣。朱之瑜不肯下跪。軍官舉起杖在沙上畫了壹個“拜”字，朱之瑜用杖在“拜”字上加了壹個“不”字。安南王當著朱之瑜的面殺了很多人，還威脅他。朱之瑜從不低頭，真正做到了威武不屈。那年朱之瑜58歲。為了記住這個晚年的艱難，他壹篇篇記日記，取“庶人應戰去服役”之意，命名為安南服役編年史。
李詠十四年(1660)，受鄭成功、張煌言之邀回國抗清，於是立即出發，於十月十九日返廈。李勇十五年夏(1661)，鄭成功與張煌言聯手北伐，收復瓜州，攻克鎮江，朱之瑜兩人都見證了這場戰役。北伐軍壹度順利行軍，收復四州二州二十四縣，直抵南京郊區，軍權震動東南。但是，由於鄭成功的短視，他盲目地在南京城下駐軍，貽誤戰機，疏於法紀。到7月，北伐軍在南京城外被擊潰。鄭成功退到福建沿海，然後出海，不得不去臺灣省。幾年後，張煌言被捕並被殺害。鑒於重見光明無望，朱之瑜發誓不再剃頭。“第壹次跟海全節的野心。”他從呂忠廉那裏得知自己不尊秦，又壹次悲天憫人地過了日子，再也沒有回到故國。今年冬天，我最後壹次穿越到日本，不準上岸，被困在船上。當時日本實行閉關鎖國政策，“三四十年不留壹個唐人。”日本學者安東信守諾言，經定居日本的陳明德介紹。他向朱知予請教書法方面的知識，並舉行了收徒儀式。朱之瑜被安東對他信守諾言的尊重和他的優秀學識所感動，於是回信給安東，讓他信守諾言。在信中，朱悲喜交加，悲則亡國。所以國家的“學術蒙昧，師德廢已久”；喜的是“孔顏獨在中國，堯舜無窮在外國”，表達了他要把聖賢修行的知識傳播給這個外國弟子的意圖。正如梁啟超所說，這是“講學的開始”。安東遵守了他的諾言，其他人也為他在日本定居而奔走。最後，經日本政府批準，他打破日本幕府40年的禁令，讓他在長崎租房，從而結束了朱之瑜十幾年的海上漂泊生活。朱之瑜在日本定居時，壹再強調不想在異國提倡儒家思想，只想在大海裏跳全節舞。李詠十九年(公元1665年)準備在長崎買地耕田時，日本副將軍(德川將軍家綱之叔)、水戶侯德川光國欲推廣教急令(急令，原名地方學校)，派儒生到長崎聘朱為佛學老師。朱之瑜極力謙讓。但在聽了安東等人介紹“公好學，宜不占其意”後，同意了德川光州的請求，稱“若欲招仆，不必計較禮”。次年六月(李詠二十年，公元1666年)，朱之瑜到達江戶。德川護熙親自舉行了收徒儀式，並致以誠摯的敬意。德川護熙覺得朱之瑜年紀大了，不能直接叫他的名字，讓他取個名字來叫他。朱之瑜以家鄉“順水”為名，寓意“順水是我們城市的名字”，以示對故土的眷戀。“順水先生”這個名字就是從這個時候開始的。為了蓋新房，德川光國做了四次演講:“恥未滅，痛有所欠缺，若住富宅，非吾誌也。“在德川護熙的影響下，日本的學者、達官貴人也紛紛上門求教，或舉行弟子儀式，或聽其講學。從那以後，朱之瑜往返於江戶和米托之間，公開演講。他曾寫信給柳川的安東，約好見面，介紹講學的盛況。
李詠二十四年(公元1670)，日本人首建龔雪，朱之瑜繪制圖紙，測量尺寸，親自指導工地，事後撰寫《龔雪畫報》。他還制作了古代的祭祀器皿，如蘆葦、飯碗、豆子、木板等，並帶領學生學習解讀奠酒儀式，改變樂器音符，詳細講解禮儀。李詠二十六年(公元1672年)，德川光州設立彰試堂，以朱知予的得意門生安繼覺為主編，以朱知予為指導編撰《大日本史》，主張“尊君大壹統”，其影響壹直持續到200年後的明治維新。德川國深愛朱之瑜，當他成為諸侯時，朱舜水也去了江戶。朱之瑜與安吉戴博、木下順實和盧杉蘇航成為朋友，他們也是編纂《大日本史》的同壹個德川國郭，並對有絲分裂思想產生了很大影響。李詠三十五年(公元1681)，朱之瑜因水土不服，渾身疥瘡，臥床不起。朱知予於次年(李詠三十六年，公元1682年)四月，即顧去世三個月後，在日本大阪逝世，享年83歲。埋葬在瑞龍山(茨城縣路暢太田市)，歷代米托領主的墓地。為了紀念他的祖國，陵墓特意按照明代風格建造，題寫“明代君子朱子墓”，“文公先生”為其私人特使。德川國國帶領官員們去安葬他們。朱舜水臨終前的遺言:“我再也不在中國生活了，我要重操舊業。死了以後去了海外幾十年，也沒有得到壹個師跟滿洲打仗，也沒有臉報國。從今以後，我再也沒有對皇帝和漢朝的心滿意足過。見葬於地下之人，謂之‘明末朱之瑜之墓’，甚幸。”朱之瑜壹直期待著中原能光復的那壹天。所以他在日本期間生活非常節儉，甚至死時還存了3000多元。這是他希望恢復國家的基金。
它的日本學者今井廣司和安居美次為他們的中國老師寫了壹篇悼詞:“唉，明朝遺民胡先生。去避難，去阻止秋瑾。我擔心我的國家，我的眼睛被毛巾蒙住了。恒門總累，妳窮。韜光養晦，德必有鄰。世人敬仰，群星閃耀。看到朝聖，真的希望世界。溫暖的聲音，就像他的身體。牛逼又優雅。今昔之學，思之塵。道德借用，親情保護，國寶。信為師，禮為客……”在他去世的周年紀念日，安東信守承諾，在悼詞中痛哭:“唉先生，妳知道我看著我。今天也沒了，學習也落下了。誰問妳有沒有疑問？誰在那裏？誰在乎會不會出事？誰懷孕了？”
朱之瑜去世後，德川光國派人整理了他的手稿，並於鄭德五年(公元1715)出版了《順水先生文集》28卷。至今，東京大學農學院裏還有壹塊石碑，是朱舜水先生(朱舜水先生)的最後歸宿。日本漢詩前輩小野湖山，在青年時代遊覽朱舜水墓時，曾寫下壹首詩《朱舜水先生之墓》:
安全的成敗在天，下海求援是偶然。
壹塊單鑫的空白骨頭，兩行悲傷的眼淚流下了黃色。
碑上還記著讀書人，優待有過偉大的人。
不恨埋在孤棺裏，九州疆域滿是魚腥味。