納稅有不同的方式。分公司可以和企業壹起繳納企業所得稅，子公司做獨立核算。
區別二:
法律責任不同。子公司有問題自己承擔，分公司由總公司承擔。
區別三:
經營範圍不同，分公司的經營範圍不能大於總公司，而子公司在這方面沒有限制。
區別四:
分公司沒有股東，只有壹個負責人，子公司有獨立股東。區別四:分公司可以單獨貸款，子公司不能單獨貸款。
建立子公司的優勢
1.子公司為獨立法人，承擔有限債務責任；無論子公司欠多少，母公司僅以其出資額承擔責任。子公司破產不會影響母公司的安全。但是，分公司的所有負債都應由總公司承擔。
2.子公司實際上由母公司控制。所謂實際控制，是指母公司對子公司的所有重大事項，尤其是子公司董事會的構成，擁有實際的決策權。母公司可以不經他人同意，通過行使權力任命多名董事會董事。有些信托機構雖然擁有公司大量股份，但不參與公司事務的實際控制，因此不屬於母公司。
3.子公司是獨立法人，其所得稅獨立征收。子公司可享受所在省、直轄市、地級市提供給當地公司的各種稅收優惠待遇；因為分公司是作為總公司企業的壹部分派往外省的，大部分省份因為稅收轉移的問題，不願意為其提供更多的稅收優惠政策和其他扶持政策。
4.對於內部自主創業的公司，可以考慮采用子公司的形式，讓公司的所有骨幹都去子公司開發新市場。
設立分公司的優勢
分支機構壹般操作簡單，設立相對簡單，財務會計制度創業要求相對簡單；財務可以獨立核算，財務報表和總公司結合就夠了；成本低於子公司；
分公司不是獨立法人，增值稅需要在所在地繳納，所得稅由總公司繳納。省了不少稅。在分公司運營初期，分公司往往會出現虧損，但其虧損可以抵消總公司的利潤，降低集團企業的整體稅負；
分公司和總公司之間的資產轉移相對靈活，因為不涉及所有權變更，也不需要簽訂各種合同，繳納各種稅。人員流動也比較靈活，不需要重新簽訂勞動合同。但是子公司和母公司是不同的勞動合同主體，人員調動需要重新簽訂勞動合同；
分支機構不需要章程設計，三會壹層設計，設立股東會、董事會、監事會、經理層。只需要壹個負責人就是分公司的總經理。