管委會主要由地方政府和相關職能部門負責人組成。如深圳市創業投資引導基金管委會主任由分管科技工作的副市長擔任，市發改委、經信委、科技創新委、金融委、前海管理局為成員。各地引導基金管理委員會的成員構成和工作分配存在差異，因此其權利重心也有所不同。國家發改委、經信委、科技創新委、金融委、前海管理局等職能部門將在不同的引導基金中發揮不同的作用，並對引導基金的投資決策和管理模式產生影響。但總體來看，引導基金的管理主要歸於國家發改委和科技部。前者主要面向促進地方風險投資產業發展，後者主要致力於促進科技型中小企業融資。
對於日常管理和投資運作，各地引導基金的管理模式也有很大差異:有的會新設壹個引導基金管理機構，或者成立公司制，自己管理，有的則委托相關機構或外部機構管理。
中經未來產業研究中心認為，引導基金的管理方式主要包括以下幾種:
1.設立獨立法人機構作為基金管理機構。
如深圳市創業投資引導基金成立了深圳市創業投資引導基金管理委員會辦公室(市創投辦)，負責指導基金的日常管理工作；南京創業投資引導基金的日常管理和運營也由專門成立的南京創業投資發展中心負責。
2.委托地方國有資產管理公司或政府投資平臺公司指導基金的管理和運營。
如石景山區創業投資引導基金由石景山區國有資產經營公司管理，負責引導基金運作；石家莊創業投資引導基金委托石家莊發展投資有限公司負責具體投資運作。
3.委托地方國有創業投資企業指導基金管理和運營。
如蘇州工業園區創業投資引導基金由蘇州元和控股集團管理，上海創業投資引導基金由上海創業投資有限公司管理，廣州創業投資引導基金委托廣州科技創業投資公司管理。
4、設立引導基金管理公司或由該公司管理引導基金。
前者如北京股權投資發展基金管理有限公司、浙江創業投資引導基金管理有限公司等，不是引導基金的投資人，只是作為受托人管理基金；後者如上海浦東科技投資有限公司、成都尹柯創業投資有限公司等，由公司內部團隊管理運營，內部治理參照《公司法》執行。
5.委托外部專業管理機構指導資金管理。
如上海市楊浦區人民政府信托基金委托美國矽谷銀行，金山區、閔行區創業投資信托基金委托史聖投資，紹興市創業投資信托基金委托凱泰基金。此外，2009年成立的安徽創業投資引導基金和2012年成立的荊州創業投資引導基金均委托浦發科投作為其管理機構，也可視為專業機構委托的典型代表。
基金管理費方面，對於引導基金管理機構，壹般會拿到2%左右的固定管理費。因為大部分引導基金是政策性的，主要是以帶動社會資本參與風險投資為目的，沒有盈利要求，所以管理機構拿業績分成的情況並不常見。
少數引導基金會設立壹些激勵機制，鼓勵基金在本地投資。例如，深圳市創業投資引導基金規定，在各投資人按照市場規則向子基金回收實繳出資的前提下，子基金投資凈收益的20%獎勵給子基金管理機構，其余80%由各投資人按照出資比例進行分配。為鼓勵子基金更多投資深圳本地項目，子基金到期清算時，對於子基金在深圳本地初創項目的凈收入，引導基金對子基金管理機構的獎勵比例由20%提高至50%；對子基金來自深圳本地早中期項目的凈收益，引導基金對子基金管理機構的獎勵比例由20%提高到30%。
此外，壹些引導基金的決策機構通常會招標或指定壹家國內商業銀行作為引導基金的基金托管銀行，具體負責基金托管、撥付和結算等日常工作，對基金運作負有壹定的監管責任；引導基金的資金監管和撥付大部分放在地方財政局之下，引導基金管理機構的資金賬戶只起到資金劃轉的作用，如深圳市創業投資引導基金。此外，壹些引導基金董事會委托第三方機構對引導基金的績效進行評估，在日常運作中會聘請中介機構對其參與的創投機構進行盡職調查和各種審計。