公司合並涉及公司、股東和債權人等相關當事人的利益，應當依法進行。根據《公司法》的規定，公司合並的程序通常如下:
1.董事會制定合並計劃。
2.簽署公司合並協議。
公司合並協議是指兩個或兩個以上公司就公司合並事宜達成的書面協議。協議內容應明確法律法規規定的事項和雙方約定的事項，壹般應包括以下內容:
(1)公司名稱和住所。這裏所說的公司名稱和住所，包括合並前公司的名稱和住所，合並後存續公司或者新設公司的名稱和住所。公司名稱應與公司註冊時的名稱壹致，名稱應為公司全稱。公司的住所應當是公司的實際住所，即總公司所在地。
(二)因合並而存續或新設公司發行的股份總數、種類、數量，或投資總額，各投資者占投資總額的比例等。
(3)各方現有資本的合並及現有資本的處理方法。
(四)合並各方全部債權債務的處理方法。
(五)存續公司章程是否變更，變更後的內容，新設公司章程的訂立方式及其主要內容。
(六)公司合並各方認為應當說明的其他事項。
3.準備資產負債表和財產清單。
資產負債表是反映公司資產負債、股東權益的重要會計報表，在會計合並中必須編制。合並各方應當真實、全面地反映公司財產，不得隱瞞公司的債權債務。此外，公司還應編制財產清單，清楚地反映公司的財產狀況。財產清單應準確無誤。
4.合並決議的形成。
公司合並應當經股東會或者股東大會決定後，再進行其他工作。公司合並會影響股東的利益，比如股權結構的變化。根據《公司法》第四十四條、第六十條、第壹百零三條的規定，有限責任公司的合並，應當由股東會作出特別決議，即代表三分之二以上表決權的股東通過，方可進行。股份有限公司的合並，應當由股東會作出特別決議，即經出席會議的股東所持表決權的三分之二以上通過，方可進行。其合並必須由國有資產監督管理機構決定。其中，重要的國有獨資公司合並，應當經國有資產監督管理機構審查，報同級人民政府批準後方可進行。
5.對債權人的通知和公告。
公司應當自作出合並決議之日起10日內通知債權人，並於30日在報紙上公告。壹般來說，應當通知所有已知的債權人，只有那些不知道或者普通通知無法通知的債權人才可以公告通知。通知和公告的目的主要是通知公司的債權人，使其作出是否反對公司合並的決定。此外，公告還可以起到通知未出席股東大會的股東的作用。
6.統壹註冊。
合並登記分為解散登記和變更登記。合並後，解散的公司應當到工商登記機關辦理註銷登記手續，延續的公司應當到登記機關辦理變更登記手續。設立的公司應當向登記機關辦理設立登記手續。公司合並登記後才能得到法律認可。
法律依據:
中華人民共和國公司法
第三十七條股東會行使下列職權: (壹)決定公司的經營方針和投資計劃；(二)選舉和更換非職工代表擔任的董事、監事，決定董事、監事的報酬事項；(三)審議批準董事會的報告；(四)審議批準監事會或監事的報告；(五)審議批準公司的年度財務預算方案、決算方案；(六)審議批準公司的利潤分配方案和彌補虧損方案；(七)對公司增加或者減少註冊資本作出決議；(八)對發行公司債券作出決議。(九)對公司合並、分立、解散、清算或者變更公司形式作出決議；(十)修改公司章程。(十壹)章程規定的其他職權。股東以書面形式壹致同意前款所列事項的，可以不召開股東大會，直接作出決定，並由全體股東在決定文件上簽名、蓋章。
第四十三條股東大會的議事方式和表決程序由公司章程規定，本法另有規定的除外。股東會對修改公司章程、增加或者減少註冊資本作出決議，對公司合並、分立、解散或者變更公司形式作出決議，必須經代表三分之二以上表決權的股東通過。
第四十六條董事會對股東會負責，行使下列職權: (壹)召集股東會並向股東會報告工作；(二)執行股東大會的決議。(三)決定公司的經營計劃和投資方案；(四)制定公司的年度財務預算、決算方案；(五)制定公司的利潤分配方案和彌補虧損方案；(六)制定公司增加或者減少註冊資本以及發行公司債券的方案；(七)制定公司合並、分立、解散或者變更公司形式的方案；(八)決定公司內部管理機構的設置；(九)決定聘任或者解聘公司經理及其報酬，根據經理的提名，決定聘任或者解聘公司副經理、財務負責人及其報酬；(十)制定公司的基本管理制度；(十壹)章程規定的其他職權。
第六十六條國有獨資公司不設股東會，由國有資產監督管理機構行使職權。國有資產監督管理機構可以授權公司董事會行使股東大會的部分職權，決定公司的重大事項，但公司的合並、分立、解散、增減註冊資本和發行公司債券必須由國有資產監督管理機構決定；其中，重要國有獨資公司的合並、分立、解散和破產申請，應當經國有資產監督管理機構審核，報同級人民政府批準。前款所稱重要的國有獨資公司，按照國務院的規定確定。