工資分兩次發放，處理方式如下:
1，確認是否真的多付:首先要核實實際工資與應付工資是否壹致，核對是否計入個人收入，是否有其他錯誤；
2.通知財務部門:如果確認確實多發了工資，要及時通知財務部門，讓他們了解情況，采取相應措施；
3.與財務部門協商:如果財務部門同意退還多發的工資，需要協商具體的退還方式和時間；
4.按照約定的方式退款:退款方式壹旦確定，要按照約定的時間和方式及時退款，保證問題的及時解決；
5.防止重復發放工資:為避免類似問題的再次發生，應檢查工資發放程序並加強內部控制，加強對工資發放的管理和監督。
財務工資單的註意事項如下:
1，確認員工的工資、獎金、補貼等收入；
2.要計算員工個人所得稅，確保個人所得稅按照稅法規定扣除；
3、檢查員工的社保、公積金等社會保險繳納情況；
4.確認員工銀行卡信息，避免工資匯到錯誤賬戶；
5.按照公司規定的發薪日和支付方式進行支付；
6.記錄並歸檔已支付的工資，以備日後參考和檢查。
綜上，公司多發了工資，員工應該退回工資。如果不歸還，公司可以提起民事訴訟。
法律依據:
《中華人民共和國勞動合同法》第77條
勞動者合法權益受到侵害的，有權要求有關部門依法處理，或者依法申請仲裁或者提起訴訟。
第七十八條
工會依法維護勞動者的合法權益，監督用人單位履行勞動合同和集體合同。用人單位違反勞動法律法規、勞動合同和集體合同的，工會有權提出意見或者要求改正；勞動者申請仲裁或者提起訴訟的，工會應當依法給予支持和幫助。