1.公司合並和股權收購的主體不同。公司合並是公司間的行為，主體是參與合並的公司。公司合並由參與合並的公司決定，並由參與合並的公司簽訂協議。
2.公司合並和股權收購的效果是不同的。公司合並的效力使公司實體發生變化，被合並公司解散，喪失法人資格。
公司合並的好處:
1.與收購相比，企業合並主要通過換股進行，不支付現金或少支付現金。主合並方避免巨大的融資壓力和現金流出，在不影響被合並企業資金周轉和經營的情況下，將由此產生的現金流投入被合並企業的重點發展領域。目標公司的股東可以自動成為存續公司或新設公司的股東，保證了企業經營的連續性和穩定性，有利於被並購企業的整合和經營。
2.企業兼並協議是兼並雙方在充分協商的基礎上達成的自願聯盟。與敵意收購相比，操作簡單，避免了敵意收購可能造成雙方損失的風險。
3.對於參與合並的股東來說，由於合並主要不進行現金交易，可以享受延期納稅的稅收優惠待遇。
綜上所述，合並是指兩個以上公司依照《公司法》規定的條件和程序，通過訂立合並協議，組成壹個公司的法律行為。收購是指壹家公司通過產權交易獲得另壹家公司壹定程度的控制權。
法律依據:
《中華人民共和國公司法》第壹百四十二條
公司不得購買本公司的股份。但是，有下列情形之壹的除外:
(壹)減少公司註冊資本。
(二)與持有本公司股份的其他公司合並；
(3)用股份進行員工持股計劃或股權激勵；
(四)股東因不同意股東會作出的合並或者分立的決議，要求公司收購其股份；
(五)將股份用於上市公司可轉換為股份的公司債券的轉換。
(六)上市公司維護自身價值和股東權益的需要。
公司在前款第(壹)項、第(二)項情形下收購其股份的，應當由股東大會作出決議。公司因前款第(三)項、第(五)項、第(六)項規定的情形收購其股份的，可以按照公司章程的規定或者股東大會的授權，經三分之二以上董事出席的董事會會議作出決議。