1.未造成稅收損失的，由稅務機關責令限期改正，可以並處二千元以下的罰款；
2、造成不繳稅款或少繳稅款的，由稅務機關追繳不繳稅款或少繳稅款，並處以罰款；
3.情節嚴重的，稅務機關將根據情節輕重處以更高的罰款；
4.公司偷稅，構成偷稅罪的，法院可以對公司判處罰金，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照個人偷稅的規定處罰。
個人稅收違規的後果:
1.滯納金:根據稅法規定，公司未按時申報個稅的，應繳納所欠稅款0.5%的滯納金；
2.罰款:公司未申報納稅，被稅務機關認定為偷稅的，可處以未繳稅款1%至5倍的罰款；
3.行政處罰:公司負責人可能受到行政處罰，包括警告、罰款甚至吊銷營業執照；
4.刑事責任:嚴重的偷稅案件，公司負責人可能面臨刑事責任，包括拘留、罰款甚至監禁；
5.信用記錄:公司未申報個稅會被記錄在納稅信用檔案中，影響公司的信用等級，可能會影響公司以後的貸款、投標等活動。
綜上所述，對於未申報個稅的公司，稅務機關將根據情節輕重，責令其改正並處以罰款，追繳未繳或少繳的稅款，並可根據情節輕重增加罰款金額。對於存在偷稅行為，構成偷稅犯罪的公司，法院可以依法處以罰款，並對直接責任人進行處罰。
法律依據:
中華人民共和國稅收征收管理法
第六十二條
納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料，或者扣繳義務人未按照規定的期限向稅務機關報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表及有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，可以處以二千元以上壹萬元以下的罰款。