(壹)由於報表編制的依據和方法不同，原有的單位會計報表常規審計程序已不能滿足審計合並會計報表的需要。賬簿是公司編制會計報表的基礎。審計機關通常在測試企業內部控制制度的基礎上，檢查原始憑證、會計憑證和賬簿記錄，以確定賬簿記錄是否完整、準確，進而核實會計報表與賬表是否相符，項目是否正確列示。因為會計報表的數據和賬簿的記錄是壹壹對應的，通過以上基本程序就可以達到復核的目的。合並會計報表以納入合並範圍的子公司和母公司的單位會計報表為基礎，通過編制合並工作底稿進行編制。因此，要完成合並報表的審計，必須補充常規的審計程序，即在審計單位會計報表的基礎上，必須審計合並工作底稿，包括合並範圍和抵銷項目是否正確，才能完成合並報表的審計程序。
(二)由於合並報表涉及多個企業獨立編制的會計報表，難以保證合並報表的審計質量。企業合並會計報表反映的會計信息是否真實準確，取決於合並範圍內母公司和子公司的單位會計報表是否真實準確。這就需要對合並基礎報表進行審計。壹般情況下，審計機關主要審計母公司總部和非獨立法人子公司。如果對獨立法人的全資子公司或控股子公司進行財務審計，需要為每個單位單獨設立項目，完成壹系列審計程序，包括發出審計通知書、實施審計、征求審計報告意見、作出審計意見書等。如果有很多子公司，那麽逐壹審計每個子公司需要很長時間。筆者認為，對子公司會計報表的審計，第壹，可以利用社會審計機構的審計結果。子公司會計報表已通過社會審計機構審計的，審計後可以采用。二是可以采取延伸審計的方法，根據重要性原則有重點地進行抽查，從重要方面驗證會計報表是否真實準確、會計處理是否符合有關規定。這樣，既能保證審計質量，又能提高審計效率。
(3)合並中需要抵銷的事項，如母子公司之間的投資、往來、交易等，涉及面廣，不易把握。對於母公司與子公司之間的投資、權益資本、債權債務等，只要妳在審計時有詳細的投資和當前項目的信息，就比較容易檢查核實。需要註意的是，部分企業在合並報表時仍采用匯總報表的方法，未能抵銷子公司或非獨立法人二級公司之間的抵銷項目，虛增資產負債，未能反映真實損益。因此，在審查合並工作底稿時，我們應重點關註它們是否抵消了上述項目。此外，對於內部交易的抵銷，由於其覆蓋面廣、變動性大、計算復雜，且需要同時從兩個或兩個以上公司獲取詳細信息，因此審計難度較大。例如，在內部銷售產品的業務中，除非對母公司和子公司的每筆銷售業務進行審計，否則不清楚是否所有內部交易收入和未實現的內部銷售利潤都已抵銷。筆者認為，對內部交易的審核應遵循重要性原則，重點關註大額交易，而不是小額交易。同時，從賣方出發，將關聯交易追溯到買方，審查是否都實現了對外銷售，從而相應沖減已實現或未實現的內部利潤或固定資產折舊。這種操作方法清晰簡單。
(四)在合並範圍發生變化的情況下，需要連續兩年對合並工作底稿進行審計。因為在合並範圍沒有發生變化的情況下，去年的合並報表期末數必須等於今年的合並報表期初數。如果上年合並抵銷的項目在本年沒有連續反映，通過報表的勾對關系很容易找到。但是如果合並範圍發生了變化，那麽今年報表中的數據和上壹年的數據就沒有對應關系了。如果企業對以前年度發生並影響到本年度的壹些合並事項進行隨機調整，不進行追溯審查，僅從當年報表或合並草案中很難發現問題。然而，在現行制度下，沒有關於匯編、記錄和儲存綜合工作文件的具體規定。因此，對於合並報表的編制是否遵循了壹致性原則，是否存在任意調整相關數據的情況，更難做出審計判斷。因此，如果合並範圍發生變化，就需要追溯審查上壹年度的合並工作底稿，重點關註上壹年度的內部交易，以判斷是否遵循了壹致性原則。
(五)母公司間接控制的子公司是否按規定納入合並範圍，審計難度較大，審查長期投資項目的賬目和合同文件尤為重要。根據現行規定，應納入合並範圍的被投資企業包括:1，擁有其壹半以上權益資本，包括直接所有權和間接所有權；2.雖然不擁有超過壹半的權益資本，但可以通過協議控制。對於應納入合並範圍的1企業，母公司直接擁有或通過子公司間接擁有50%以上股份的，可通過查閱合同、賬簿、單位會計報表附註等方式掌握情況，母公司壹般會按規定將其納入合並範圍。但如果是由兩個以上的子公司間接擁有，或者是母公司直接擁有，子公司間接擁有50%以上的股份，則需要查閱母公司和子公司的賬簿，並認真審閱本單位會計報表附註後才能收集資料。在審計中，要註意企業是否利用了這種相對隱蔽的情況，隨意調整合並範圍。例如，某企業集團直接擁有A公司30%的股權，通過其全資子公司擁有A公司10%的股權，通過其80%的子公司擁有A公司20%的股權。實際上其直接和間接擁有A公司56%的股權，而A公司並不是按規定不能合並的公司，因此應納入合並範圍。但由於A公司資產結構和財務狀況較差，且規模不小，壹旦合並，將對集團合並報表數據產生較大影響，不利於其企業形象，故不予合並，且在報表附註中未說明原因。這樣的合並報表會誤導報表的讀者。同理，企業也有可能將不應納入合並範圍的報表進行合並。因此，必須仔細審查投資項目的合同文件和賬目，以確定合並範圍。