1.公司申請高新技術企業的方式如下:
(1)網上申請。在高新技術企業認定管理網註冊，並向認定機構提交認定申請；
(2)網上申請通過後，企業向當地科技局提交相關申請的書面材料；
(3)評審機構收到企業申請材料後，應組織不少於5名專家進行評審；
(四)對申請企業的申請材料進行綜合審查，確定高新技術企業名單；
(5)認定備案企業名單已公示10個工作日。
2.法律依據:《高新技術企業認定管理辦法》第十三條。
獲得高新技術企業資格後，企業應於每年5月底前在“高新技術企業認定管理網”填報知識產權、科技人員、研究開發費用、營業收入等年度發展報告。
第十六條
對已認定的高新技術企業，有關部門在日常管理過程中發現不符合認定條件的，應當提交認定機構進行評審。經復核確認不符合認定條件的，認定機構應當取消其高新技術企業資格，並通知稅務機關追回其自不符合認定條件的年度起已享受的稅收優惠。
二、高新技術企業認定需要哪些材料？
高新技術企業認定所需材料:
1，企業營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證復印件；
2.最近三個會計年度的資產負債表、利潤及利潤分配表、現金流量表、R&D費用專用結構表和高新技術產品利潤表；
3、知識產權證明、獨占許可或購買知識產權備案。