1.上市公司通過關聯交易轉讓定價轉移稅負，降低了企業整體稅負，造成國家稅收流失。
2.上市公司通過轉讓定價操縱利潤，粉飾財務報表。為了獲得配股資格，避免被ST和PT退市，實現預定的盈利指標，以及其他經濟和政治原因，每年年末關聯交易都會大幅增加。上市公司經常通過不正當的關聯交易虛增利潤。盈余信息是財務報表的重點，是投資者進行決策的重要依據。大量的非正常關聯交易使得投資者無法區分優質公司和低質“檸檬”，導致社會資源配置效率低下。
3.定價異常的關聯交易可能使上市公司成為控股股東的提款機，損害中小股東的利益。相當壹部分上市公司控股股東利用關聯交易向母公司或其關聯企業轉移資金，如低價買入上市公司產品並以市場價格賣出獲取差價，高價向上市公司提供原材料，無償或低於正常利率占用上市公司資金，高價向上市公司轉移低質量資產等。這實際上吸幹了上市公司的經營能力、盈利能力和償債能力，侵蝕了小股東的利益。
4.定價異常的關聯交易是違背公平交易原則的。壹些關聯企業利用轉讓定價展開不正當競爭，壟斷市場，幹擾市場交易秩序。
5.壹些外資企業的外國投資者可能利用轉讓定價向其外國公司低價出售貨物或原材料，或從其外國公司高價進口原材料或機器設備，以轉移在中國賺取的利潤，達到少繳或不繳所得稅的目的。這嚴重損害了我們的國家利益。