需要行政處罰或者刑事處罰的，由相應的行政機關或者司法機關予以處罰。員工被依法追究刑事責任的，公司可以終止與員工的勞動關系。
違反公司紀律的員工，按公司規章制度處理；如果員工嚴重違反公司的規章制度，那麽單位可以給予員工辭退的處理，這種情況下，單位不需要支付勞動者經濟補償金。對違反公司紀律的員工，按照公司章程和公司規章制度進行處理。公司章程是指公司依法制定的規定公司名稱、住所、經營範圍、管理制度等重要事項的基本文件，也是規定公司組織和活動基本規則的必備書面文件。
員工違紀的處理方法如下:
1，行政處分。警告、記過、記大過、降級、撤職、留用察看、開除；
2.解除和終止勞動合同。立即免職、因嚴重違紀被免職、免職通知；
3.退市。僅適用於勞動者無故連續曠工15天或壹年內累計曠工30天的行政處理；
4.承擔經濟責任。工資扣除不得超過20%。
違紀行為發生後，及時收集證據，固定違紀證據。關於證據的收集和固定，雇主可以采取以下措施:
1.通過壹些文字記錄和電子設備收集、固定證據；
2.通過其他工作人員和其他設備的證人證言收集和固定證據；
3.通過與工人交談來記錄電話；
4.勞動者自己承認；
5.通過壹系列證據形成證據鏈。
如果員工違反了公司的規章制度，用人單位首先要聽取所在部門領導的意見，因為部門最了解員工，熟悉員工的情況，所在部門領導會根據公司的規章制度提出處理意見。與違紀員工談話，提出處理意見，聽取員工意見。用人單位作出處理意見後，不應直接公布。應該把處理意見告訴員工，聽取員工對處理意見的看法，給員工申辯的機會。如果員工有道理，公司應該修改處理意見。
綜上所述，用人單位最好公布對員工的處理情況，對其他員工也會起到警示和教育作用。同時，用人單位需要註意對違紀員工的處罰，最好是用人單位讓員工簽收保存。
法律依據:
《中華人民共和國勞動合同法》第三十九條
用人單位單方解除勞動合同(過失辭退)，有下列情形之壹的，用人單位可以解除勞動合同:
(壹)在試用期內，被證明不符合錄用條件的；
(二)嚴重違反用人單位規章制度的；
(三)嚴重失職、營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
(四)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出拒不改正的；
(五)因本法第二十六條第壹款第壹項規定的情形致使勞動合同無效的；
(六)被依法追究刑事責任的。