企業應當按照獨立核算的原則進行會計核算。而跨省分行與總公司的業務往來通常比較復雜，涉及資金、物資、人員等多個方面。如果不按照獨立核算的原則進行核算，可能會導致會計數據混亂、財務風險加大、企業經營困難等問題。因此，跨省分支機構壹般應按照獨立核算的原則進行核算。
但在實踐中，由於跨省分支機構的經營範圍、行業特點、地域差異等不同，企業可以根據自身情況選擇合適的核算方法，如獨立核算、分部核算、統壹核算等。選擇非獨立核算方法時，應當符合國家有關規定，遵循真實、公平、合法的原則，保證會計數據的準確、合規。
跨省分支機構的獨立核算應註意以下事項:
1.註冊:跨省分支機構需要在當地工商行政管理部門註冊，取得企業法人營業執照，按照獨立法人原則進行管理；
2.會計:跨省分行需要按照中華人民共和國(中國)企業會計準則進行會計核算，以確保會計數據的真實、準確和完整；
3.納稅申報:跨省分支機構需要按照國家稅收法律法規按期申報企業所得稅等稅款，遵守稅收管理規定，保證納稅申報的準確性和合規性；
4.財務管理:跨省分行需要建立健全財務管理制度，規範財務收支、資產負債、成本費用管理，加強內部風險控制，防範操作風險；
5.人力資源管理:跨省分行需要建立和完善人力資源管理制度，包括招聘、培訓、績效考核、勞動合同管理、社會保險和福利等。，確保員工的權益和企業運營的穩定；
6.合法合規:跨省分支機構必須遵守國家法律法規及相關規定，不得從事偷稅漏稅、做假賬等非法經營活動，以免涉及法律風險和經濟損失。
綜上所述，跨省分支機構獨立核算需要註意以上事項，建立健全制度，加強內部管理和風險控制，確保企業合規經營，規避經營風險和法律責任。
法律依據:
《中華人民共和國公司法》第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。