母公司和子公司都是獨立法人，各公司根據自己的經營情況進行申報納稅。
增值稅小規模納稅人按收入申報，壹般納稅人按銷項稅和進項稅申報。
附加稅按增值稅申報，企業所得稅按收入、成本、利潤總額數據申報。
母公司和子公司的相關所得稅如何結算？
《企業所得稅法》第五十條規定:“居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構，合並計算繳納企業所得稅。”我國從2008年開始實施企業所得稅制度，強調法人企業或組織是企業所得稅的納稅人，非獨立核算的分支機構將在公司總部自動匯總繳納企業所得稅。因此，企業在設立分支機構時需要慎重選擇。
分支機構和子公司之間的權衡
《公司法》第十四條規定:“子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任；分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。”企業設立分支機構，使其不具有法人資格，不進行獨立核算的，可以由總機構繳納企業所得稅。這樣可以實現總公司調節損益，合理減輕企業所得稅負擔。當然，設立分支機構要綜合考慮三個因素:
首先是分支機構的盈虧。當總公司盈利，新成立的分公司可能虧損時，應選擇總公司模式。根據稅法規定，分支機構是非獨立納稅人，其虧損可以用總公司的利潤彌補。如果成立子公司，且子公司是獨立納稅人，其虧損只能用以後年度實現的利潤彌補，總公司不能彌補子公司的虧損，也不能減少對子公司投資的投資成本。
當總公司虧損，新成立的分公司可能盈利時，應選擇母子公司模式；子公司不需要承擔母公司的虧損，而是可以積累發展資金。總公司可以把自己的好資產轉讓給子公司，處置不良資產。
其次是享受稅收優惠的情況。根據稅法規定，當總公司享受稅收優惠而分公司沒有時，可以選擇總公司公司的模式，這樣分公司也可以享受稅收優惠。如果分支機構有稅收優惠，當分支機構開始盈利時，可以將其註冊的分支機構變更為子公司，享受當地稅收優惠政策，會收到更好的納稅效果。
第三，是分支機構的利潤分配形式和風險責任。因為分支機構沒有獨立的法人資格，不利於獨立的利潤分配。同時，如果分支機構有風險和相關法律責任，可能會牽連到總公司，而子公司沒有這種顧慮。