兩者都離不開壹個人——馬雲。
首先，馬雲的團隊先創立了阿裏巴巴。經過多年的努力，通過日本首富孫正義的軟銀、美國雅虎等國際資本的投資，逐漸發展成為中國乃至全球第壹電商巨頭。雖然馬雲團隊還是以合夥人制度控制阿裏巴巴的經理，但畢竟馬雲團隊的持股比例並不高。對阿裏巴巴獲利最大的是孫正義軟銀和美國雅虎等國際資本。參考阿裏巴巴在美國上市初期的IPO結構:軟銀集團持股32.4%，雅虎持股16.3%，馬雲持股7.8%，蔡崇信持股3.2%。
或許是出於國內支付安全和監管的考慮。為了更好地發展支付寶，2009年和2010年，馬雲共斥資3.3億元將支付寶從阿裏巴巴旗幟集團剝離出來，放入持股80%的浙江阿裏巴巴電子商務有限公司，專註於發展支付寶在國內支付市場的業務。2014 10浙江阿裏巴巴電子商務有限公司宣布成立以it為主體的螞蟻金服，並在隨後的A輪和B輪融資中引入了全國社保基金、國開金融、中國人壽(601628)、中國郵政集團等國家隊，螞蟻金服逐漸形成支付寶、余額寶、芝麻信用、借貸寶。
？目前他們之間沒有股權關系，但是有利益關系。
所以阿裏巴巴和螞蟻金服之間實際上不存在股權關系。但馬雲將支付寶從阿裏巴巴剝離時，簽署了壹份協議，約定支付寶在上市前每年要向阿裏巴巴支付49.9%的稅前凈利潤。如果支付寶上市，也要向阿裏巴巴集團支付上市時總市值的37.5%，規定不低於20億美元，不超過60億美元。
但按照螞蟻金服這幾年的發展趨勢，很明顯如果上市，37.5%的市值將遠遠超過60億美元，所以阿裏巴巴集團並不傻。2014年與螞蟻金服簽署新協議，約定在未來獲得監管批準的前提下，螞蟻金服可向阿裏巴巴集團增發33%的股份，由阿裏巴巴集團選擇認購。現在阿裏巴巴集團要去認購，也算是馬雲的回饋吧。畢竟沒有阿裏巴巴的放手，就沒有支付寶和螞蟻金服的強大。
目前螞蟻金服雖然還沒有IPO，但已經吸引了美國、香港和a股的邀請。2016年4月，螞蟻金服完成B輪融資，當時估值600億美元(折合人民幣約3800億)。現在估計螞蟻金服如果2018年IPO，估值會漲到7472.4億元，如果在206554年。