壹是主體資質和設立資金來源不同。
從法律上講，事業單位屬於事業單位，企業(包括公司)屬於企業法人。正因為這種性質，決定了事業單位的編制經費主要由國家撥款或由國有企事業單位籌集。創辦企業(包括公司)的資金由投資者投入。
第二，設立主體和設立目的不同
大部分事業單位是國家(包括國家機關和地方政府)建立的，也有壹部分是國有企業建立的，比如原來大型國企的醫院、學校等。
國家為國家管理或者社會公共利益的需要設立事業單位，事業單位的工作和服務不以營利為目的。
是出資人設立企業(包括公司)，國家設立企業，也應該是出資人。創辦企業的目的是通過經營盈利，國企也是如此。
第三，管理主體和管理方式不同。
事業單位的管理主要是政府主管部門的責任。機構往往有其下屬的政府部門。政府部門主要依靠行政法規、規章、條例、命令和政策來領導和管理事業單位。
四、企業(包括公司)在經營過程中，需要向國家納稅，而事業單位不需要納稅。
五:分類不同
1)公司分類:
根據《中華人民共和國公司法》的規定，公司的主要形式是無限責任公司、有限責任公司、股份公司、股份公司，不同於非營利性的社會團體和事業單位。我國現行公司法規定的公司分為有限責任公司和股份有限公司。
1.無限責任公司:指全體股東對公司債務承擔連帶責任的公司。
2.有限責任公司:指公司全體股東僅以各自出資額為限對公司債務承擔責任的公司。
3.股份公司:指部分股東對公司債務承擔無限連帶責任，其他股東僅以其出資額為限對公司債務承擔有限責任的公司。
4.股份有限公司:是指資本分為等額股份的公司，全體股東僅以各自股份為限對公司債務承擔責任。
5.股份公司:指公司的資本劃分為等額股份，部分股東對公司債務承擔連帶責任，部分股東僅以其股份為限對公司債務承擔責任的公司。
2)機構分類:
1，教育機構
高等教育機構、中等教育機構和基礎教育機構。
成人教育機構、特殊教育機構和其他教育機構。
2、科技機構
自然科學研究機構和社會科學研究機構
綜合性科研機構和其他科技機構
3.文化機構
表演機構、藝術創作機構、圖書文獻機構
文物機構、群眾文化機構、廣播電視機構
報紙、雜誌、機構、編輯機構、新聞出版機構
其他文化機構
4.衛生機構
醫療機構、衛生、防疫檢疫機構、血液機構
計劃生育機構、健康檢查機構和其他衛生機構。
5.社會福利機構
寄養福利機構、康復機構、殯葬機構
其他社會福利機構
6.體育機構
體育競賽機構、體育設施、機關和其他體育機構
7.運輸機構
公路養護監察機構、公路運輸管理機構、交通規費征收機構
航運機構和其他運輸機構
8.城市公用事業
園林綠化機構、城市環衛機構、市政維護管理機構
房地產服務機構、市政設施維護管理機構和其他城市公共機構。
9、農、林、牧、漁、水事業單位
技術推廣機構、良種培育機構、綜合服務機構
動植物防疫檢疫機構、水文機構和其他農、林、牧、漁、水機構
10，信息咨詢機構
信息中心咨詢服務中心(站)計算機應用中心價格信息處
農村社會經濟調查隊企業經濟調查隊城市社會經濟調查隊
11，中介服務機構
技術咨詢機構、職業介紹(人才交流)機構
法律服務機構、經濟監督服務機構和其他中介服務機構。
12，勘察設計機構
勘察機構、設計機構、勘探機構和其他勘察設計機構。
13，地震監測與預防機構
地震監測預防管理機構、地震預報機構和其他地震監測預防機構。
14，海事機構
海洋管理機構、海洋保護機構和其他海洋機構。
15，環保機構
環境標準機構、環境監測機構等環境保護機構。
16，檢驗檢測機構
標準計量機構、技術監督機構、質量檢驗機構
出入境檢驗檢疫機構和其他檢驗檢測機構
17，知識產權機構
專利機構、商標機構和版權機構。
其他知識產權機構
18，物流服務機構
19，其他類
比如環保機構，某某項目指揮部等等。
3)企業分類
1.根據投資者的出資方式和責任，可以分為個人獨資企業、合夥企業和公司制企業。公司制企業分為有限責任公司和股份公司。
2.根據投資者地域的不同，可分為內資企業、外資企業和港澳臺商投資企業。
3.按所有制結構可分為全民所有制企業、集體所有制企業、私營企業和外資企業。
4.根據股東對公司承擔責任的不同，分為:無限責任公司、有限責任公司和股份有限公司。
5.按信用等級可分為:合資公司、聯營公司、聯營公司。
6.按公司地位類型可分為:母公司和子公司。
7.按規模可分為:超大型企業、大型企業、中型企業、小型企業、微型企業。
8.按經濟部門可分為農業企業、工業企業和服務業企業。
9.按照企業的健康程度，可以分為:相對健康的隨機應變型企業、軍工企業、韌性調整型企業，以及相對不健康的被動進取型企業、走走停停型企業、過度擴張型企業、過度管理型企業。
擴展數據:
大部分事業單位是國家(包括國家機關和地方政府)建立的，也有壹部分是國有企業建立的，比如原來大型國企的醫院、學校等。國家為國家管理或者社會公共利益的需要設立事業單位，事業單位的工作和服務不以營利為目的。比如學校，公立非營利性醫院(當然現實也不完全如此)。
參考資料:
機構-百度百科