清算是指因企業破產、解散、撤銷，終止正常經營活動，依照法定程序收回債權、清償債務、分配剩余財產的行為。根據稅法規定，納稅人依法進行清算時，應當照章繳納企業所得稅。此時，企業會計部門應及時處理相關稅務問題。
1，銷售商品收入。
按實際收回的金額和收取的增值稅，借記“銀行存款”科目；根據賬面價值與銷售收入的差額，借記(或貸記)“清算損益”科目；根據賬面價值，貸記“材料”、“產成品”等科目；根據征收的增值稅，貸記“應交稅金-應交增值稅(銷項稅額)”科目(小規模納稅人企業貸記“應交稅金-應交增值稅”科目)。
對因破產、關閉、解散等原因停止購買商品而僅銷售存貨的增值稅壹般納稅人，或為維持銷售存貨業務而僅購買水、電的，可按實際消耗扣除期初存貨的稅額。申請抵扣初始進項稅額，需提供有關部門批準破產、關閉、解散的文件和資料，並報稅務機關批準。
納稅人期初存貨未抵扣的稅款，進項稅額大於銷項稅額後未抵扣的部分，稅務機關不予退還。
2.破產費用的會計處理
支付的破產清算費用，如清算期間職工生活費、管理、變賣和分配破產財產所需的費用、破產案件的訴訟費用、清算期間企業設施設備的維護費用、審計和評估費用，以及為債權人的共同利益支付的其他費用(包括債權人會議費用、破產企業討債差旅費及其他費用)，應按實際發生額借記“清算費用”科目。
3、出售機器設備、房屋等固定資產和在建工程。
按實際銷售收入借記“銀行存款”等科目，按賬面價值借記(或貸記)“清算損益”，貸記“固定資產”、“在建工程”等科目。轉讓相關資產應支付的相關稅費，借記清算損益科目，貸記應交稅費科目。
轉讓使用過的固定資產時應繳納增值稅。這意味著，單位和個體經營者銷售其二手遊艇、摩托車和汽車要繳納消費稅。無論銷售方是否為壹般納稅人，均按簡易方式按4%的稅率征收繳納增值稅，且不允許開具專用發票，銷售其他屬於貨物的廢舊固定資產暫免征收增值稅。
4.加工銷售產品等應納的消費稅。
借記清算損益科目，貸記應交稅金科目。根據增值稅、消費稅等流轉稅計算應繳納的城市維護建設稅和教育費附加，借記清算損益科目，貸記應交稅金——應交城市維護建設稅和其他應付款——應交教育費附加科目。
5.清算期間取得的其他業務收入。
按照實際收入金額，借記“銀行存款”等科目，貸記“清算損益”科目；發生的稅金等費用，借記清算損益科目，貸記應交稅金科目。
6、商標權、專利權等資產的轉讓
按實際出售收入，借記“銀行存款”等科目，按資產賬面價值，借記(或貸記)“清算損益”，貸記“無形資產”等科目；轉讓相關資產應支付的相關稅費，借記清算損益科目，貸記應交稅費科目。
7.欠企業的稅款
應按照國家有關法律法規，積極納稅。破產企業財產的清算順序為:破產費用-職工安置費用-所欠職工工資和勞動保險費-所欠稅款-破產債權。
8.預扣所得稅
扣繳所得稅以實際收入為納稅人，以支付人為扣繳義務人。稅款由付款人從每次付款中扣繳。因此，納稅人在計算應付利潤(股息)、利息、租金、特許權使用費時，應按照應付全額借記利潤分配、財務費用、管理費用等相關科目，按照應付全額扣除預扣所得稅後的余額貸記應付利潤、預提費用、其他應付款等科目。費用實際支付時，借記“其他應付款”科目，貸記“銀行存款”科目。
9.(1)計算應納所得稅和清算收入納稅時，編制會計分錄。
借方:所得稅
貸:應交稅費-應交企業所得稅
借:應交稅費-應交企業所得稅
貸款:銀行存款
(2)所得稅結轉清算收入時，編制會計分錄。
借:清算收入
貸項:所得稅
10.自企業被宣告破產之日起15日內，持有關證件向原稅務登記機關申請辦理註銷稅務登記。同時向稅務機關結清應繳納的稅款、滯納金和罰款，退還已領購但未用完的發票和發票領購簿，以及稅務機關開具的所有單據。
關於企業清算業務中企業所得稅處理若幹問題的通知
財稅[2009]60號
各省、自治區、直轄市、計劃單列市財政廳(局)、國家稅務局、地方稅務局，新疆生產建設兵團財務局:
根據《中華人民共和國企業所得稅法》第五十三條、第五十五條和《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》(國務院令第512號)第十壹條規定，現就企業清算相關所得稅處理問題通知如下:
1.企業清算的所得稅處理，是指企業停止繼續經營，發生終止自身經營、處置資產、償還債務、向所有者分配剩余財產等經濟行為時，清算收入、清算所得稅、股利分配等事項的處理。
二、下列企業應進行清算所得稅處理:
(壹)根據《公司法》和《企業破產法》規定需要清算的企業；
(二)企業重組中需要清算的企業。
三。企業清算的所得稅處理包括以下內容:
(壹)所有資產應當按照可變現價值或交易價格確認，並確認資產轉讓的利得或損失；
(二)確認清理債權債務的利得或損失。
(三)變更持續經營會計原則，待攤或待攤費用的處理；
(四)依法彌補虧損，確定清算收入；
(五)計算繳納清算所得稅；
(六)決定可分配給股東的剩余財產和應付股利。
四、企業全部資產的可變現價值或交易價格，扣除資產計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益後的余額為清算收入。
企業在整個清算期間，應將清算收入作為壹個獨立的納稅年度計算。
5.企業全部資產的可變現價值或者交易價格，應當扣除清算費用、職工工資、社會保險費用和法定補償金，結清清算所得稅、以前年度欠稅和其他稅款，清償企業債務，按照規定計算可分配給所有者的剩余資產。
清算企業股東分配的剩余資產金額，相當於清算企業累計未分配資產。
按股東持股比例計算的分配利潤和累計盈余公積部分，確認為股息收入；剩余資產扣除股利後的余額，超過或者低於股東投資成本的，應當確認為股東投資轉讓的收益或者損失。
被清算企業股東從被清算企業分配的資產，應當按照可變現價值或者實際交易價格確定計稅依據。
六、本通知自2008年6月1日起執行。
中華人民共和國財政部國家稅務總局
2009年4月30日