水環境保護研究所
飲用水安全研究所
地下水和土壤環境研究所
空氣汙染與控制研究所
固體廢物控制研究所
環境工程設計研究所
環境化學研究所
環境生物學研究所
環境系統分析研究所
環境管理和政策研究所
國家科研平臺:
環境模擬與汙染控制國家重點聯合實驗室
國家新能源與環境國際研究開發中心(科技部)
省部級科研平臺:
聯合國環境規劃署巴塞爾公約亞太區域協調中心
聯合國環境規劃署持久性有機汙染物公約區域中心
固體廢物處理與環境安全教育部重點實驗室
大學研究平臺
清華大學環境科學與工程研究所
清華大學全球環境研究中心
清華大學持久性有機汙染物研究中心
清華大學循環經濟研究院
清華大學戰略環境評價研究中心
清華大學環境質量檢測中心
清華大學環境影響評價室
清華大學汙染物總量與環境質量控制技術政策研究中心
聯合研究機構
清華大學-豐田汽車公司研究中心
清華大學(環境學院)-三洋電機(研發總部)環境技術聯合研究中心
清華大學(環境學院)-美國哈希水質監測研究中心
清華大學(環境學院)-威立雅環境集團先進環境技術聯合研究中心
清華大學(環境學院)-北京碧水園科技有限公司環境膜技術研發中心
清華大學(環境學院)-北京健坤偉華新能源科技有限公司廢物回收與能源技術研發中心
清華大學(環境學院)-山東什邡環境與生物能源工程研發中心
清華大學(環境學院)-國策投資有限公司中國循環經濟產業研究中心
清華大學(環境學院)-北京石鼎建築工程有限公司汙染場地綜合治理聯合研究中心
清華大學(環境學院)-深圳東江環保有限公司重金屬資源利用與控制技術聯合研究中心
清華大學(環境學院)-北京建工環境發展有限公司汙染場地修復聯合研究中心
清華大學(環境學院)-中國宜興環保科技產業園和江蘇桓伊集團有限公司環保新技術應用聯合研究中心
清華大學(環境學院)-北控環境產業聯合研究院