黨委辦公室:負責本院黨委和紀委的日常工作。
人力資源部:負責我院的人力資源規劃和管理。
財務部:負責本公司的財務管理。
審計部:負責事務所的內部審計。
法律部:負責本事務所的法律事務。
公司管理部:負責本所主板上市公司信息披露的日常監管。
市場監管部:負責深圳證券市場交易活動的日常監管。
會員管理部:負責會員的日常運營監管、會員及席位管理。
基金管理部:負責上市基金、債券的日常服務和監管，以及深證基金、債券的市場拓展。
信息管理部:負責我院信息資源的組織、開發和管理。
系統運營部:負責交易系統、監控系統、中心數據庫、業務管理系統、互聯網站、辦公系統的日常運營。
計算機工程部:負責本所交易、監控、中央數據庫和業務管理系統的研究、規劃、開發和維護。
規劃國際部:負責組織協調發展戰略規劃、政策研究、產品創新，編輯《證券市場導報》和《深圳證券交易所》，開展國際交流與合作。
上市推廣部:負責市場推廣和保薦人監管。
綜合研究所:研究所下屬機構，成立於4月，1997，主要從事研究所、證券監管機構、證券市場關註的各類課題研究，為研究所跟蹤國際證券市場發展趨勢、開發新產品、進行決策前論證提供智力支持。綜合研究所還負責我院博士後工作站的管理。
創業企業培訓中心:研究所下屬機構，成立於2001年4月。中心以促進創業型企業的基礎管理和可持續發展為宗旨，以“誠信、守法、創新”為主線，組織實施對創業型企業和上市企業的培訓。
深圳證券交易所行政服務有限公司:深圳證券交易所的子公司，成立於2003年6月5438+2月，負責後勤服務、技術支持、設備采購和管理。
深圳證券通信有限公司:本所下屬公司，成立於8月1993，是壹家為證券市場提供數據通信服務的專業通信公司。公司擁有深圳證券通信網，由衛星通信網和地面通信網組成，是當時國內最大的專用證券通信網，承擔著事務所與全國各地證券營業部之間的全部證券信息傳輸任務。
深圳證券信息有限公司:本所下屬公司，成立於1994，負責深圳上市公司實時股市交易和信息公告的發布、運營和管理。公司致力於推動中國證券信息產業的發展，運用高科技信息技術，通過各種媒體向社會提供專業化、個性化、智能化的證券信息服務。