1.上市條件和審核標準不同:相比核準制，註冊制的條件會更寬泛。根據板塊定位和科創企業特點，註冊制允許符合科創板定位、尚未盈利或累計未彌補虧損的企業在科創板上市，允許特殊股權結構企業和符合相關要求的紅籌企業在科創板上市。
2.發行審核制度不同:按照監管要求，註冊制只要求公司提供的資料真實有效，公司治理和運營監管機構不需要過多幹預，讓市場去檢驗和判斷。但核準制不僅要求提供真實有效的信息，而且對公司的實際經營等方面有管轄權，符合相關規章制度的標準才能上市。
3.定價方式不同:註冊制下，新股發行節奏、規模、價格由市場化決定。發行價格既要符合市場規律，又要考慮中介機構的探索判斷能力。壹般是機構投資者參與詢價、定價和配售機制。而獲批的股票發行價格空間相對較窄，市場機構判斷和參與較少，主要由發行人和承銷的證券公司商定。
4.註冊制與核準制的主要區別在於審核機關、審核條件、形式、規章制度等方面。對於註冊制，證券發行審核機構只對註冊公司提交的材料和報表進行形式審查，不做具體的實質性判斷。主要的判斷留給市場和參與者去探索。核準制在公司上市時需要經過證券監管機構的審核，審核通過後才能上市。
5.註冊制和核準制的重要特點是註冊制只是形式上的審核，而核準制是實質上的審核。兩者的重要區別在於審計機構對公司價值做出實質性判斷。壹種是審批機構對披露信息的真實性進行核實和判斷，另壹種是審批機構對披露內容的投資價值進行判斷。在股票發行中界定核準制時，壹般采取實質審查，而登記機構則檢查披露的內容是否完整，格式是否符合要求。同時，堅持市場經濟的交易自由原則，不禁止或限制行政機關發行a證券，主張事後控制。核準制不僅要求行政機關檢查和判斷披露的真實性，還要求行政機關判斷披露的投資價值，對發行人是否符合發行條件進行實質性審核，主張事前控制。
6.由於註冊制的發行成本和相關要求會低很多，風險也更大，因此科創板參與註冊制的門檻也更高，需要有2年及以上的投資經驗，並保證20個交易日內賬戶日均資產在50萬元以上。