(壹)資本市場的結構
1.投資主體結構不合理。
中國資本市場的投資主體結構不合理。目前投資者以個人投資者為主，機構投資者數量相對較少，差異較大。個人投資者的投資行為以投機為主，其投資行為取決於個人對證券產品的投資偏好，在市場中具有很大的隨機性，增加了不穩定性；而機構投資者更註重上市公司基本面分析，選擇戰略投資對象進行理性價值投資，是穩定資本市場的重要力量。但目前市場上養老基金、保險基金等機構投資者還比較薄弱，難以滿足投資機構化的需求，阻礙了這壹穩定資本市場的功能發揮。
2.上市公司結構不合理。
(1)上市公司股權結構不合理。主要體現在:①國家股、法人股等非流通股過於集中，導致“壹股獨大”現象；公眾流通股比例很低，大部分股份無法上市流通；③流通股過於分散，機構投資者比例小；④上市公司的第壹大股東不是自然人，通常是控股公司。上市公司股權結構不合理導致了很多問題:由於國家股和法人股不能上市流通，國家股和法人股始終占上市公司股份的主體部分。在這種情況下，國有企業雖然改制為股份公司，但本質上還是原來的國有企業，很難指望它們真正轉換經營機制。這樣，雖然上市有助於企業在市場上直接獲得資金，從而緩解經營困難，但從長遠來看，對其公司治理結構的影響可能並不理想。同時，在國有股和法人股始終占主導地位的情況下，流通股規模較小，容易形成大機構操縱市場的局面。而且，由於國有股不能自由交易和轉讓，由市場決定的資產兼並重組無法發生。股市的並購只能在政府部門的授意下發生，這就決定了中國股市的投機行為不可避免。
(2)上市公司的構成結構不合理。主要體現在:①國有企業比重大，非國有企業比重小；大中型企業比例大，小型企業比例小；(3)國有控股上市公司多，但整個企業上市公司少；④傳統行業上市公司多，高科技行業上市公司少。例如，在滬深兩市1200多家上市公司中，通過直接上市和買殼上市的民營企業比例僅為16%左右；行業分布存在較大缺陷，如傳統行業上市公司過多，競爭性領域企業超過85%；超過65%的股份不能流動，這是對社會資源的極大浪費。
3.金融產品結構不合理。
(1)傳統金融服務產品結構單壹。在銀行業，業務集中在信貸等傳統零售業務領域。即使在傳統零售業務中，也缺乏為企業提供全方位金融服務的系列產品，金融中介等批發業務嚴重不足；然而，外資銀行會在整個發展期、成熟期甚至二次創業期間提供壹系列金融服務。在證券市場上，我國股票市場相對於債券市場發展迅速，也存在法人股和國有股流通以及a股和b股合並的問題。
(2)金融衍生品發展滯後。衍生工具是企業規避或分散經營和投資風險的重要手段之壹。1991年，我國建立了期貨市場，但交易品種僅限於綠豆、有色金屬等商品期貨。到目前為止，還沒有推出利率、匯率、股指期貨、期權、貨幣互換、股權互換來規避金融風險。由於缺乏組合投資所必需的金融衍生品，各類投資者的行為傾向於壹致，容易形成市場的單邊操作，並可能在宏觀經濟運行和金融監管方向發生變化時導致風險積累。
(3)金融工具創新不足。在金融業全球化和壹體化的發展趨勢下，各國金融業隨著電子技術的發展，迅速實現了金融業的電子化和網絡化，以提高競爭力，在日益激烈的國際競爭中拓展生存和發展空間。我國銀行業和證券業已基本實現電子化，銀行和證券業務的網絡化也已起步，但與國外發達水平相比仍有較大差距。與此同時，由於體制問題，金融機構在電子化、網絡化過程中各自為戰。比如銀行的自動取款系統和結算系統各自獨立運行，互不兼容，增加了金融業電子化、網絡化的發展成本，也因規模不經濟、便利性不足而抑制了其快速發展。
4.資本市場的層級結構不合理。
中國資本市場體系結構單壹，缺乏層次性。首先，僅從便於監管和防範風險的角度來看，已經形成了以滬深交易所為中心的單壹資本市場，沒有多層次的市場體系來滿足市場需求。目前國內只有主板市場。雖然中小企業板已經推出，但距離真正的二板市場還有相當大的距離。三板市場遠未形成氣候，資本市場缺乏層級性，無法滿足投資者和籌資者多元化的投融資要求。產權交易制度不健全，資本市場體系發展不完善。
(二)資本市場體系存在的問題
1，體制問題
中國資本市場體系的問題主要是體制問題。由於政府和行政機構的幹預，中國的資本市場是壹個“計劃的”資本市場。首先，資本壹級市場受到行政壟斷，影響了市場融資體系的社會化和融資渠道的開放。地方政府為了保證地方財政收入，很少考慮上市公司的成長性。所以企業會把精力放在“政府公關”和“包裝上市”上，而不是放在生產經營和結構調整上。很多上市公司在上市前並沒有進行實質性的重組。主要目的是“圈錢”，未能有效利用這筆錢。此外，發行市盈率也有限。券商無法履行職責的原因之壹是壹級市場以“保本不賠”的方式運作，投資者的利益得不到保護。1999之前，嚴格限制股票發行市盈率。即使後來市盈率限制放寬，壹級市場收益率雖然下降，但並沒有改變“保本無賠”的現實。其次，二級資本市場存在“政策市”的畸形現象。在中國資本市場上，政府對企業的保護色彩濃厚，導致股票市場無法形成優勝劣汰的市場機制。“政策市”的存在使得股市隨著政府態度的變化而變化。
2.機制上的問題。
從某種程度上說，制度問題是中國資本市場發展緩慢的主要原因。正是由於制度的滯後，我國資本市場存在競爭機制失效、約束機制弱化、激勵機制不完善等問題。
(1)競爭機制失效。在上市公司中，壹是缺乏產權關系清晰的市場主體，二是缺乏競爭機制形成的市場價格，導致資本市場未能形成有效的資源配置機制，行政機制在壹定程度上替代了市場機制。
(2)約束機制弱化。我國上市公司大多由國企轉型而來，存在不轉型就“轉型”的現象。主要表現在:壹、“翻牌”。將未進行根本改革的原名稱企業變更為股份有限公司，並建立相應的組織機構。二是“圈錢”。在上市中溢價募集資金，保證配股資格，達到圈錢的目的。在上市公司中，國有股處於控股地位，處於“虛擬產權”狀態。上市公司原主管部門作為國有股代表幹預企業，對後果不負責任；而且董事會成員大多來自大股東和企業，很難真正起到監督作用。
(3)激勵機制不完善。發達國家上市公司經營者實行即期薪酬和長期薪酬相結合的收入形式，激勵作用大；而在中國，只有即期薪酬的激勵方式，上市公司股價的變動與公司的決策和經營沒有利益關系。導致經營者很少關註企業的長遠發展，往往為了眼前利益而犧牲長遠利益。
3、規則的問題
資本市場的正常運行必須遵循市場經濟規律，建立在健全的法律制度基礎上。我國目前還沒有真正建立起完善的法律體系，缺乏完整有效的市場監管體系和制度化的溝通協調機制。
各級監管部門的職能和層級不明確，沒有壹套嚴格有效的措施保證其履行職能並使其承擔相應的責任，造成大量的事後監管，降低了監管效率。隨著證券市場的發展，證券管理機構的管理權限和效率有待加強，監管所依據的法律法規尚不完善，滯後於證券市場的快速發展，增加了監管的難度。比如《證券法》已經頒布，但缺乏相應的實施細則和相關法律；《證券交易法》和《證券信用評級法》尚未頒布。此外，證券法的制定、頒布和實施過於緩慢，影響了證券市場的發展。