1，缺乏合法身份
目前，電子票據尚未在比爾·勞確立其法律地位。在實際操作過程中，電子票據的發行和流轉、資金劃撥和結算都是在網上虛擬實現的，但我國“比爾·勞”並未認可通過數字簽名認證的非紙質電子票據支付結算方式。
2.對電子票據的接受度不是特別高。
另外，很多企業的管理人員和財務人員對電子票據的認知度還是有限的，適用範圍也不是很廣，所以電子票據的流動性會受到壹定的影響。
3.糾紛取證難。
由於電子票據的格式和收費方式由商業銀行自行決定，作為交易活動的委托人，無法掌握電子票據的真實性。壹旦客戶與銀行因泄密、被盜、被篡改等發生業務糾紛。
商業銀行利用自身在管理電子數據方面的優勢，提供對自己有利的證據，而客戶由於沒有電子數據管理權，獲取對商業銀行不利的網上銀行電子數據證據是不公平的。
對於使用電子票據的企業或個人來說，與商業銀行發生糾紛時，客戶取證困難，也增加了客戶的風險。
4.金融風險
財務上，電子票據可能需要轉換為紙質票據，但與直接背書的紙質票據轉讓相比，電子票據質押會同步增加客戶的應收應付票據，提高客戶的負債率，不利於財務報表的優化。
5.信息技術風險
對於電子票據，還面臨著電子載體的各種系統性風險。包括數據文件丟失、系統癱瘓、網絡攻擊風險等等，這也是電子載體安全問題的* * *本質。
6.道德風險
銀行內部人員不嚴格執行審計的道德風險問題。
擴展數據:
電子商業匯票相對於紙質匯票的六大優勢:
1.票據業務的交易效率更高。電子銀行承兌匯票要素全部電子化記錄，通過銀行的系統渠道進行流轉，傳輸沒有任何麻煩。為了防止丟失或損壞，紙質車票需要專人攜帶。
2.賬單的運營成本在下降。目前電子票的市場運營價格略高於紙質票，但隨著電子票的普及，銀行運營電子票的成本會逐漸降低，電子票的市場價格會低於紙質票。
而且使用電子票後，不需要承擔紙質票的郵寄和核對成本，節省了途中的傳輸成本、查詢成本和資金成本。
3.票據業務的操作風險接近於零。
電子銀行承兌匯票沒有實物，只有電子信息，全部存儲在系統中，保管無憂。電子票證的所有活動都在ECDS(電子商業票據系統)上記錄和生成。
ECDS是中國人民銀行主導的全國金融業務運營系統，具有金融系統安全和信息災難恢復保障，徹底杜絕克隆票、假票，以及紙質票流通中的壹切風險。
4.管理方便，所有信息都在網銀上，提高了銀企對票據的管理水平。電子銀行承兌匯票的所有信息都在系統裏，查找電子信息更方便。可以實現企業內部信息和資金管理與外部運營的無縫對接，管理更加高效。
5.便捷收款電子銀行承兌匯票到期後，簽發付款申請，資金可即時到賬，收款效率更高。
6、有助於形成全國統壹的票據市場，促進金融市場的互聯互通和發展，降低市場融資成本。
當然，相對而言，紙質支付有其唯壹的靈活性，電子票的流通首先要開通相應的電子票系統。但相比之下，電子票的優勢更明顯。
參考資料:
百度百科-電子銀行承兌匯票
人民網-電子匯票拯救票據風險