2.權限不同:免予刑事處罰由法院作出，不起訴決定由檢察院作出。
免予刑事處罰與不起訴的主要區別是:性質不同，免予刑事處罰的對象是已經構成犯罪的人，而起訴的對象是不構成犯罪，指控犯罪的證據不足或者存疑，犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的人。根據作出決定的機關，免除刑事處罰由法院作出，而不起訴的決定由檢察院作出。
不起訴算不算刑事處罰？
不起訴不被視為刑事處罰。公安機關偵查結束後，要將案件移送檢察院，由檢察院審查起訴，決定是否提起公訴，追究犯罪嫌疑人的刑事責任。不需要起訴的，可以作出不起訴決定。刑事處罰只能由法院作出，不起訴決定由檢察院作出，不屬於刑事處罰。
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法律依據:《中華人民共和國刑事訴訟法》第壹百七十五條，人民檢察院審查案件時，可以要求公安機關提供庭審所必需的證據材料。有本法第五十六條規定的以非法手段收集證據的可能的，可以要求其說明收集證據的合法性。人民檢察院審查案件，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。