這是在職研究生和全日制研究生最明顯也最容易理解的區別。全日制研究生需要全日制，周壹至周五在校完成學業。在職研究生的學習時間全部安排在周末或節假日，甚至有些課程是通過網絡直接遠程授課，沒有面授。相比較而言，在職研究生的課更靈活。
第二，註冊形式的不同。
全日制研究生入學考試每年舉行壹次。對於考生來說，把握不了唯壹的考試機會，只能等待來年。在職研究生壹年報考壹次以上。改革後，申請表減少了，只剩下5月份同等學力的申碩和考研的雙證研究生。但是在職員工面臨的選擇還是比較靈活的。如果想拿學術型碩士，就申請May，如果想拿專業型碩士，就申請雙證。
第三，考生之間的差異。
在職研究生主要是在職人員，尤其是以同等學力申請碩士的形式。考生獲得學士學位滿三年，才有資格獲得碩士學位。在職研究生雙證專業中，部分專業與全日制研究生要求相同，也允許本科生報考，但大部分專業對報考人員也有畢業年限。比如MBA要求大專畢業五年，本科畢業三年，碩士和博士畢業生有兩年工作經驗才可以報考。
第四，錄取方式和考試難度的區別。
全日制研究生入學前需要參加考試，雙證專業與此相同，屬於選拔淘汰制。只有經過初試和復試被錄取的，畢業時才能取得相關證書，考試難度較大。但如果選擇同等學力申請碩士的形式，符合條件的申請人可以免試。學完課程，保持多次考試的機會，通過考試就是通過了全國統考，完成論文階段就可以畢業了。