公安機關、檢察機關依照法律規定的程序檢查通信時，除因國家安全或者偵查刑事犯罪的需要外，任何組織或者個人不得以任何理由侵犯公民的通信自由和通信秘密。
刑事訴訟法
第壹百四十八條公安機關立案後，根據偵查犯罪的需要，經過嚴格的批準程序，可以對危害國家安全犯罪、恐怖活動、黑社會性質組織犯罪、重大毒品犯罪或者其他嚴重危害社會的犯罪采取技術偵查措施。
技術偵察措施包括電子監聽、電話監聽、電子監控、秘密攝影、錄像、郵件檢查等秘密特殊技術手段，自然也可以進行短信查詢。