2016年4月5日，內蒙古自治區巴彥淖爾市臨河區人民法院以被告人王立軍未取得糧食經營許可證和工商營業執照從事糧食收購活動，違反《糧食流通管理條例》的有關規定，以非法經營罪判處王立軍有期徒刑壹年，緩刑二年，並處罰金2萬元。
2016 12 16最高法院對本案作出再審決定，指令巴彥淖爾市中級人民法院再審本案。根據刑事訴訟法第二百零五條的規定，最高人民法院對各級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，如果發現確有錯誤，有權發回重審或者指令下級人民法院重新審判。
據《人民法院報》報道，最高法認為，就本案而言，王立軍從糧農辦購買玉米並出售給糧庫，在糧農和糧庫之間起到了橋梁作用，沒有破壞糧食流通主渠道，嚴重擾亂了市場秩序， 且不具有刑法第二百二十五條規定的非法經營罪前三種行為相當的社會危害性，不具有刑事處罰的必要性。
王立軍案再審辯護律師王薛顛對新京報記者表示，王立軍案壹審適用法律錯誤非常明顯。壹審時，很多國家機關沒有按照最高法院的司法解釋辦案，也沒有遵循刑法中的謙抑性原則，人為擴大了全包條款的適用條件。他將為王立軍申辯無罪。
王立軍:如果我被判無罪，我以後還會繼續收玉米等農副產品。我不能讓我的車和機械爛在院子裏，賺點錢養家糊口，讓生活輕松壹點。