司法會計鑒定的專業性非常強，它不僅對財會知識和審計技能提出了很高的要求，還是壹門實踐性和獨立性很強的法律訴訟業務活動。但由於我國至今還沒有壹部全國統壹的司法鑒定法，鑒定的管理也無統壹的主管部門，有時對於同壹案件的同壹財務事實，由於鑒定標準不具體，出現幾個不同甚至截然相反的鑒定結論，令法院無所適從，引發司法會計鑒定風險。
司法會計的跨學科性，導致司法會計鑒定風險與其他風險之間有著明顯的區別。與審計風險相比，司法會計鑒定牽涉到會計規則、證據規則、訴訟規則，是壹種精確度很高的確認工作。而審計主要牽涉到會計規則和企事業單位的內控制度，是壹種有合理模糊性的評估。因而，司法會計鑒定風險比審計風險形成因素更多，內容更復雜，責任更重大，對相關機構和人員的要求也更高。
司法會計鑒定風險與會計查賬風險也有明顯的不同。司法會計鑒定對被鑒定業務所牽涉的機構或人員而言，都是外來的，鑒定者與被鑒定者具有壹定對立性，過程的公正性、中立性比較突出；會計查賬主要是壹種企事業單位的內控行為，檢查者和被檢查者沒有根本利益的對立性，甚至為同壹主體，因而會計查賬風險較小，而且可能在內部化解。司法會計鑒定風險較大，且壹旦形成以後難以在本次司法會計鑒定過程之內化解。
此外，和文件檢驗鑒定風險相比，司法會計鑒定風險主要是因技術、手續、財務會計資料及相關信息條件而形成的風險，具有綜合性和復雜性，而文件檢驗鑒定風險主要是因設備、參照系條件而產生的風險，比較簡約、直觀。
司法會計鑒定風險控制和防範措施
鑒於司法會計鑒定存在的風險，從4個方面入手最大程度地加以防範和控制。
首先，急需從國家和全社會的角度規範司法會計鑒定工作，革新整個司法鑒定行業風氣，正確引導公眾和媒體輿論。可以由全國人大常委會牽頭，會同公安部門、司法行政部門、財政部門、最高人民檢察院、司法會計鑒定有關的行業協會、資深司法會計鑒定專家壹起，就司法會計鑒定的具體程序、形成結論的具體量化標準等形成規範化文件，這中間應當特別註意可操作性和標準的合理性。當然，在全國性的規範還沒有整體出臺之前，各地方也可以本著合法、審慎、周密的原則嘗試出臺壹些規章制度，合理規範司法會計鑒定工作。規範制定後既需要積極穩妥的實施，還需要在具體的實踐中不斷總結、論證和完善。
既要積極引導司法鑒定行業整體風氣向好的方向發展，促使包括司法會計鑒定人員在內的所有司法鑒定人員潔身自好、抵制侵蝕、公正鑒定、審慎作結；又要正確引導公眾和媒體輿論，防止對包括司法會計鑒定在內的各種訴訟活動造成不必要和不合理的壓力，影響其公正性。
其次要強化內部監督制約機制，理順司法會計行業整體的管理體制，消除或緩解個別單位對本機構的業務綁架現象。對於社會性的司法鑒定機構和人員來說，整體管理體制的行政化色彩非常突出，行業自律作用非常微弱，司法會計鑒定行業也不例外。
由於專業的障礙、利益的驅動和與社會各方面的關系等因素的影響，行政機關管理司法會計行業往往難以到位，這方面可以參照律師、註會行業管理的改革，逐步強化行業自律而弱化行政管理。
應完善針對個案的風險內控制度，降低因司法會計鑒定人員個人的肆意妄為帶來的風險。結合本地方的主要業務類型或者本單位、內部人員的特點合理規範具體的司法會計鑒定操作流程，強化業務過程中的審慎性和責任心，防止程序性風險。加強具體個案中參與的司法會計鑒定人員的隨機組合，甚至形成競爭機制以相互監督制約，防止互相串通；最後在內部亦加強對違反規則的公開處罰，起到既懲又防的效果。可以通過法律規定強行將司法會計鑒定業務比較多的經濟實體的具體業務拆分給不同的多家機構***同承擔，通過不同機構之間的制約降低風險。
再其次就是司法會計鑒定對於之間的證據提供的合法性依賴程度非常高，是基於之前所有證據都是合法的這壹邏輯假定而進行的，因為司法會計鑒定機構和人員通常是不收集證據的。三大訴訟尤其是刑事訴訟中，強化訴訟證據收集的合法性是降低公檢法機關的司法會計鑒定風險的重要保證。
在訴訟中應極力防止刑訊逼供，避免用利誘、欺騙等手段獲取證據並在審判中堅決排除非法證據采取等，能夠切實有效地降低錯案風險。
最後，當事人在訴訟中積極行使或履行自己的權利和義務。在涉訟並需要進行司法會計鑒定的情況下，當事人及相關人員需要充分行使知情權，過程參與權，對不法或不合理行為的異議權，對不科學不公正的鑒定結論的救濟權等，不能因為權利沒有行使而使自己蒙受冤屈；但對於自己應依法承擔的義務和責任，也應當切實積極履行，積極運用各種途徑收集和保存相關憑據以維護自身權益。