司法會計的職能是指司法會計的職能和作用。隨著我國社會主義市場經濟體制的建立和完善，經濟司法的加強，司法會計在打擊經濟犯罪、維護社會經濟秩序、保護當事人合法權益方面發揮著越來越重要的作用。具體來說，司法會計具有以下功能:
1.反映案件資金的運動規律，分析會計數據，為經濟案件的處理提供會計依據。大量司法實踐證明，任何經濟案件的發生，都與企業財務管理混亂、財務制度不嚴、管理制度不完善有關。無論是貪汙、挪用公款、行賄受賄、偷稅漏稅、走私等經濟犯罪，都會或多或少地在會計資料中留下痕跡。運用會計專業知識和方法，核對相關會計資料，查明資金來源和去向，跟蹤調查可疑線索，排除嫌疑，分清是非，為經濟案件的最終裁決提供有效有力的會計證據，已成為法務會計的主要職責。
2.客觀計量經濟案件造成的經濟損失，科學計量經濟糾紛中的債權債務和個人財產的數額，為訴訟當事人提供訴訟支持，保護訴訟當事人的合法權益，保護無辜者不受刑事處罰，維護法律的公正，是司法會計的另壹項重要職責。
3.打擊和預防經濟犯罪，維護社會經濟秩序，保障國家經濟建設的順利進行。隨著改革開放的深入，壹些不法分子千方百計鉆制度和法律的空子，大肆進行經濟犯罪，給國家、集體和企業帶來巨大的經濟損失，嚴重阻礙了我國市場經濟建設的順利發展。司法會計運用會計和司法的專業知識，從會計資料中發現、收集、判斷、分析、整理會計證據，對司法機關打擊經濟犯罪，挽回國家和集體的經濟損失，遏制經濟犯罪分子繼續犯罪具有重要作用。