壹、辯護權的強化與檢察職能的延伸
修正後的刑訴法賦予了犯罪嫌疑人偵查期間委托律師辯護的權利，檢察機關辦理自偵案件在第壹次訊問或對其采取強制措施時，應當告知其有權委托辯護人。律師偵查期間會見特別重大賄賂犯罪案件犯罪嫌疑人應經檢察機關批準，檢察機關應事先通知看守所。會見時不被監聽。
審查起訴之日起，辯護律師可以查閱、摘抄、復制本案的案卷材料。辯護人認為偵查、審查起訴期間公安機關、人民檢察院收集的證明犯罪嫌疑人、被告人無罪或罪輕的直接材料未提交的，可以申請人民檢察院調取。與此同時辯護人收集的有關犯罪嫌疑人不在犯罪現場、未達到刑事責任年齡、屬於依法不負刑事責任的精神病人的證據應當及時告知檢察機關。辦理自偵案件涉嫌律師偽證，應當由辦理辯護人所承辦案件的偵查機關以外的偵查機關辦理，是律師的還要及時通知其所在的律師事務所或者所屬的律師協會。
此次修改擴大了法律援助的範圍，在偵查、起訴期間都涉及檢察機關通知法律援助機構指派律師為其提供辯護。
二、賦予了檢察機關對偵查監督的投訴處理權
新刑訴法第115條首次建立了對各種違法偵查行為的投訴處理機制，其中規定人民檢察院為申訴或控告的處理機關，以及其他條文規定的檢察機關排除非法證據的環節，這都是對偵查監督程序的進壹步賦權與完善。此外還增加規定了人民檢察院對指定居所的監視居住進行監督的職責。
三、細化逮捕條件、完善批捕審查程序、建立羈押定期審查機制
新刑訴法第79條細化且降低了逮捕條件，除明確“社會危險性”條件的具體情形外，增加規定了應當逮捕的情形。同時為進壹步體現對剝奪公民自由權的審慎，參照近年來檢察機關的自身實踐探索經驗，完善了審查批準逮捕的程序，即規定了“必須”訊問犯罪嫌疑人的具體情形，包括對逮捕條件有疑問、嫌疑人要求當面陳述、偵查活動可能有重大違法行為的，且規定了聽取律師意見的環節。
此外新刑訴法第93條創設了逮捕後對羈押的必要性進行定期審查機制，雖然何為“定期”、如何審查等具體規定並未在法律中加以明確，但這壹新制度已經為檢察機關繼續探索羈押必要性審查機制奠定了良好的基礎。其中對於不需要繼續羈押的，應當建議予以釋放或者變更強制措施。如何理解這壹規定?筆者認為審查中的檢察機關不能直接決定釋放或變更，只能建議逮捕措施的提請機關或決定機關予以釋放或變更，這樣體現了訴訟職能和訴訟監督職能分離，利於辦案部門根據案件的具體情況作出相應的決定。
四、職務犯罪偵查權的完善
偵查章修改的主要意圖有二:壹是完善各項偵查手段、提高打擊犯罪的能力;二是增強偵查訊問程序的規範性，嚴防刑訊逼供。
從前壹方面來看，新刑事訴訟法延長了傳喚、拘傳的時間、新設了指定居所的監視居住，增加了詢問證人的地點、增加了強制采樣作為人身檢查的壹個子類、擴充了“查凍扣”的對象範圍;特別是授予了檢察機關辦理自偵案件過程中決定采取技偵手段的權力(但無執行權)，這些都有助於解決長期以來自偵案件偵查手段受限的實際困難。
從另壹方面來看，嚴格規範偵查訊問程序的相關修改也給自偵案件的辦理帶來新的挑戰:拘留或逮捕後應當立即送看守所羈押，至遲不得超過24小時;訊問必須在看守所內進行等，這些規定都對自偵部門偵查訊問的合法性提出了更高的要求。
五、證據制度中的職權變化
新刑訴法第49條規定，公訴案件中被告人有罪的舉證責任由人民檢察院承擔，從而明確了檢察機關公訴案件的舉證責任。
非法證據排除與檢察機關關系亦極為密切。在偵查、審查起訴時發現有應當排除的證據的，應依法排除，不得作為起訴意見、起訴決定的依據。另外賦予了對非法證據的調查核實權。非法證據的庭審調查由檢察機關承擔證據收集合法性的證明責任，證明的手段應結合“兩個證據規定”的內容。
第62條規定了危害國家安全犯罪、恐怖活動犯罪、黑社會性質組織犯罪、毒品犯罪四種案件的證人保護，在該條條文之後還有“等”字，對於檢察機關而言，所要予以重點探討的是在查辦職務犯罪中哪些案件、什麽情形需要證人保護，以及如何保護的問題。
六、公訴制度的修改
公訴程序主要有兩點修改，壹是把沒有犯罪事實作為法定不起訴的情形之壹，兩次補充偵查仍然證據不足，人民檢察院應當作出不起訴的決定;二是提起公訴須將案件材料、證據材料移送法院。
七、審判程序的調整對公訴職能的行使提出新挑戰
新刑訴法將簡易程序的適用範圍擴大至基層人民法院審理的案件事實清楚、證據充分、被告人認罪的案件，同時為保持合理的訴訟結構，要求檢察官在適用簡易程序審理的公訴案件中應當壹律到庭支持公訴;在壹審程序中還增加規定了“與量刑有關的程序”，即“法庭審理過程中，對與定罪、量刑有關的事實、證據都應當進行調查、辯論”。公訴部門應當總結前期量刑程序改革中的相關經驗，做好量刑建議、量刑辯論的相關工作;二審程序明確了“應當開庭”的範圍，特別是對於被告人壹方對壹審認定的事實、證據提出異議，可能影響定罪量刑的上訴案件，也應開庭審理，這壹變動將增加上級人民檢察院出席二審法庭的工作量;對於死刑復核，此次刑事訴訟法修改也強化了最高人民檢察院的監督職責，最高人民檢察院可以向最高人民法院提出意見，最高人民法院也應當將死刑復核結果通報最高人民檢察院，這是死刑復核程序提出的新挑戰，最高人民檢察院應當繼續探索有效表達監督意見、強化監督效果的路徑，以更好地履行新法所賦予的職責。此外，新刑事訴訟法還強化了檢察機關對再審案件的參與，規定對於開庭審理的再審案件，人民檢察院應當派員出庭。
八、加強對執行活動的監督
新刑訴法主要強調了對暫予監外執行以及減刑、假釋的監督。就對暫予監外執行的監督而言，以往只有在有關機關作出決定之後，才將暫予監外執行的決定抄送檢察機關，這是壹種事後的監督方式。此次刑訴法修改加強了監督的力度，要求監獄、看守所提出暫予監外執行的意見的，應當同時抄送人民檢察院。人民檢察院可以向批準或者決定機關提出書面意見。這就將人民檢察院的監督由事後監督擴展到了事中監督。與檢察機關對暫予監外執行的監督相同，新刑訴法要求檢察機關對減刑、假釋進行事中監督，執行機關提起減刑、假釋的，應當將建議書副本抄送人民檢察院，人民檢察院可以向人民法院提出書面意見。
九、特別程序中增加檢察機關法律監督的新內容
新增特別程序壹編是此次刑事訴訟法體例上的重大調整，四項特別程序均與檢察權的行使息息相關，比如未成年人刑事訴訟程序中的附條件不起訴制度，刑事和解制度，犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件違法所得的沒收程序，對強制醫療程序的參與與監督等都是新增的賦權規定。檢察機關需要厘清自己在這些特別程序中的角色、定位、職權和職能，特別是沒收程序與強制醫療程序過去實踐中沒有經驗基礎，立法中寫的又比較寬泛，需要檢察機關完善司法解釋、探索實施經驗