第二十九條違反規定，擅自跨越、破壞壹級保護區防護網的，由環境保護行政主管部門責令停止違法行為，對責任人處以20元以上1000元以下罰款。
第三十條違反本條例第十四條規定，有下列行為之壹的，由環境保護行政主管部門責令停止違法行為，限期改正或者采取其他補救措施，並對責任單位處以5000元至50000元罰款，對責任人處以1000元罰款:
(壹)直接或者間接向水體排放汙水、廢液，傾倒垃圾、渣土或者其他固體廢棄物；
(二)在海灘、岸坡堆放、貯存垃圾、渣土和其他固體廢棄物；
(三)在兩庫壹渠水面遊泳，進行水上訓練和其他水上運動娛樂活動；
(四)建立畜禽養殖場，直接在水體飼養牲畜；
(五)直接在水中清洗車輛、衣物等器具；
(六)施用有害魚藥和劇毒、高殘留農藥；
(七)露營、野炊等汙染水質的旅遊活動；
(八)使用騾、馬等牲畜進行旅客旅行；
(九)其他汙染水體的行為。
市水利管理部門有權責令前款第(三)、(五)、(七)項違法行為人停止違法行為，並對責任人處以1000元罰款。
未經市環境保護局批準，已下水或將被批準下水的船舶改變用途的，由環境保護行政主管部門沒收船舶或處以5000元至5萬元罰款。
第三十壹條違反本條例第十七條規定，有下列行為之壹的，由環境保護行政主管部門責令改正違法行為，采取補救措施，對責任單位處以65438元以上65438元以下罰款，對單位負責人處以200元以上65438元以下罰款:
(壹)未建立或者落實本單位水源保護責任制，未制定防止水汙染應急措施的；
(二)未經批準停止使用防治汙染的設備、設施或者將未經處理的汙水直接排入水體的；
(三)發生事故或者其他突發事件，造成或者可能造成水汙染時，未及時采取有效措施或者未及時向當地人民政府和環境保護行政主管部門報告的。
第三十二條違反本條例第十八條第二款規定，排放汙染物超過排放標準，逾期未完成限期治理的，由市環保局報請市人民政府決定，責令其停業或者搬遷，對責任單位處以1000元罰款，對單位負責人處以1000元罰款。
第三十三條違反本條例第二十條規定，未按照批準的規模和場所從事網箱養魚活動，未按照規定的要求和期限報告養魚情況的，由環境保護行政主管部門責令停止違法行為，限期改正，對責任單位處以5000元以上5萬元以下罰款，對責任人處以1元罰款。
第三十四條違反國家和本市建設項目環境保護管理條例及本條例的有關規定，在密雲水庫和懷柔水庫保護區內進行建設的，由環境保護行政主管部門責令立即停止建設或者使用，並按照國家和本市的有關規定予以處罰。
對違法審批的，由有關主管部門追究責任人員的行政責任。
第三十五條城市規劃、建設、水利、公用事業、林業、公安、衛生等行政管理部門違反本條例的，根據各自職責，依法予以處罰。
第三十六條區、縣環境保護局可以處5萬元以下罰款；超過5萬元的罰款，須報市環保局批準。
第三十七條當事人對行政處罰決定不服的，可以依法申請復議或者向人民法院提起訴訟。當事人逾期不申請復議、不提起訴訟又不履行處罰決定的，由作出處罰決定的機關申請人民法院強制執行。第三十八條違反規定，造成重大汙染事故，造成公私財產重大損失或者人身傷害嚴重後果的，對有關責任人員依法追究刑事責任。
第三十九條拒絕、阻礙兩庫壹渠管理人員依法執行職務或者侮辱、毆打管理人員的，由公安機關依照《中華人民共和國治安管理處罰條例》予以處罰；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第四十條兩庫壹渠管理人員應忠於職守，秉公執法，嚴格管理。玩忽職守、濫用職權、徇私舞弊的，由其所在單位或者上級主管機關給予行政處分，構成犯罪的，依法追究刑事責任。