2011年12月26日，正在下鄉檢查工作的熊祖模接到了縣紀委書記的電話，說“有重要工作匯報”，他掉轉車頭往回趕，回到縣委辦公室時，幾名辦案人員已經等候多時了。
辦案人員要求熊祖模配合調查，在被沒收了手機和腰上的皮帶後，熊祖模被帶走。
16天後的2012年1月11日，熊祖模被道真縣公安局以涉嫌濫用職權、受賄罪刑事拘留，1月18日執行逮捕。7月17日，遵義市人民檢察院以涉嫌濫用職權罪、受賄罪對他提起公訴。
在2012年10月16日的公開開庭中，公訴方在濫用職權罪中指控，熊祖模在招商引資中違反規定造成國家586.3262萬元損失，在受賄罪中列舉了熊祖模收受5筆***計44萬元賄賂款。認定上述犯罪事實的證據為熊祖模的供述與辯解、證人證言和書證物證。
熊祖模當庭推翻自己的供述，表示自己的口供是在“生命安全、身心健康遭到嚴重威脅和極度摧殘下為了保命而作的虛假供詞”，同時，“口供筆錄與原始錄音錄像完全不同步，辦案人員偽造了證據”。
對於偵查機關取證的合法性問題，壹審判決認定偵查機關沒有對熊祖模實施刑訊逼供。
遵義市中級人民法院（以下簡稱“遵義中院”）壹審判決書中對公訴方的兩項指控沒有予以確認，壹項是起訴稱“2009年11月初熊祖模在辦公室收受李曉紅壹筆1.5萬元賄賂”，熊祖模和李曉紅的口供中對這壹賄賂事實的描述高度壹致，而熊祖模當庭出示的護照、機票、研修證書均顯示，2009年11月1日至17日自己因公出國，在日本培訓學習。
判決書中另壹項沒有確認的指控是熊祖模收受親弟弟熊飛20萬元賄賂，判決書中寫明：熊飛到庭作證，熊飛當庭否認其在檢察機關所作證言的真實性，本院對該項指控不予確認。
2012年12月17日，遵義中院作出壹審判決，認定熊祖模濫用職權致使國家遭受586.3262萬元損失，還利用職務上的便利，非法收受賄賂22.5萬元，最終判決執行有期徒刑11年。
壹審之後，“熊祖模案”迅速成為遵義市和道真縣的反腐典型案件，縣紀委的報告和全市幹部大會中，這壹懲治腐敗的案例被多次提及。
2013年5月29日，上訴至貴州省高級人民法院的“熊祖模案”有了終審裁定，貴州高院以“事實不清、證據不足”裁定撤銷遵義市中級人民法院的壹審判決，發回遵義中院重審。
2013年6月6日遵義召開全市黨風廉政“警示教育月”活動啟動大會，熊祖模受賄案作為典型案例被通報。遵義市紀檢監察網壹篇文章記錄了當時的情況：時任貴州省委常委、遵義市委書記廖少華要求“註重從反面典型中吸取教訓，以案為鑒”，4個多月後，中紀委宣布廖少華涉嫌嚴重違紀違法，接受組織調查。
遵義中院的重審“熊祖模案”於2013年11月19日開庭，這壹次庭審持續了3天。
法庭上，控辯雙方的焦點放在了熊祖模是否濫用職權和熊祖模是否收受了壹筆20萬元的賄賂。
公訴人關於濫用職權罪的指控稱，熊祖模擔任道真縣常務副縣長期間，道真縣政府同重慶商人李曉紅簽訂招商引資協議，利用19畝土地建設壹棟星級賓館。李曉紅的公司將協議中用於修建酒店附屬設施的13.27畝土地修建商住樓用於出售，熊祖模主持召開會議同意將這13.27畝土地用途變更，並依據土地掛牌價和土地出讓金對李曉紅的公司進行等額補助。
公訴方認為，此舉違反了國家相關部委“任何地區、部門和單位都不得以‘招商引資’名義減免土地出讓金，或者以先征後返、補貼等形式變相減免土地出讓金”的規定。
法庭上出示的證據顯示，與李曉紅公司簽訂招商引資協議的是時任道真縣縣長江某，2010年8月9日道真縣政府專題會議紀要顯示，研究賓館建設會議的召集人為時任縣長江某，這壹內容與起訴書上“熊祖模主持召開會議”並不符合。
8月9日後，時任縣長江某調任，熊祖模同時提供了自己11月召集縣政府領導開會研究對李曉紅公司補助事宜會前給縣委的請示報告，縣人大、縣政協領導的會議筆記作為新證據提交，熊祖模希望這能夠證明補助是集體決議的結果。
與此同時，壹筆20萬元的行賄指控正是來自李曉紅，公訴方指控李曉紅為感謝熊祖模在土地性質變更事情上給予關照，在熊祖模辦公室送給熊祖模20萬元。
壹審中認定了這筆行賄事實，重審的開庭現場，重要證人李小林（李小林系李曉紅的姐姐——記者註）出庭作證，指控中的20萬元行賄款是李曉紅向李小林借用的。
李小林在接受中國青年報記者采訪時說，自己在法庭上明確說明自己並沒有給李曉紅20萬元，借款和還款單都是造假的，賬戶中提取的20萬元用於自己供職的公司發放工資，造假的目的是怕弟弟李曉紅再次被抓走。
“他們逼李曉紅承認錢給了熊祖模，李曉紅找我幫他，我不幫他他又被抓走怎麽辦？”李小林說。
李小林同時向法庭提供了壹張20萬元工資發放的清單，希望證明這20萬元的去向。
3天案庭審後，熊祖模進入了焦急的等待，“我感覺這次庭審審判長會認真聽我和律師說的話，證人也提供了新證據，可能有希望。”熊祖模說，那段時間唯壹期待的就是判決結果。
2014年1月10日中午，熊祖模突然接到通知，自己被變更強制措施取保候審，緊接著，他走出看守所大門，看到了妻子。這壹天，距離他被刑事拘留整整兩年。
2014年5月7日，遵義中院向熊祖模發出刑事裁定書，裁定書寫明：在訴訟過程中，遵義市人民檢察院以證據發生變化為由，向本院申請撤回起訴。
遵義中院裁定，準許遵義市人民檢察院撤回起訴。
壹個多月後，遵義市人民檢察院向熊祖模送達了編號為遵市檢公壹刑不訴201401號不起訴決定書。