法律咨詢公司可以代理案件收費，但是需要遵守相關法律法規。代理案件收費應該依據國家發改委的行業價格指導，收費過高或收費不透明都會有相應的法律風險。
代理案件的收費方式有以下幾種：
1、按固定金額收費：律師和客戶在協商後確定壹個固定的費用，不管案件需要多少工作量，律師都會收取相同的費用。這種方式適用於案件工作量較容易估算的情況；
2、按工作量收費：律師根據案件所需的工作時間和復雜性來計算費用。律師通常會在開始工作前與客戶商定費率，並跟蹤他們在案件上所花費的時間，以便確定最終的費用；
3、按結果收費：律師可能按案件結果計費，例如成功解決糾紛或得到賠償等。如果案件沒有成功，律師可能不會收取費用或只收取壹部分費用；
4、按小時收費：律師通常會根據每小時的費率收費。在這種方式下，律師會與客戶商定費率，並向客戶提供詳細的費用清單，以記錄他們為解決案件所花費的每個小時數和費用。
綜上所述，在代理案件收費過程中，應當尊重法律程序、保護當事人合法權益，不得違反法律、法規、其他規定，確保合法、公正、透明。
法律依據：
《律師服務收費管理辦法》第五條
律師事務所依法提供下列法律服務實行政府指導價：
（壹）代理民事訴訟案件；
（二）代理行政訴訟案件；
（三）代理國家賠償案件；
（四）為刑事案件犯罪嫌疑人提供法律咨詢、代理申訴和控告、申請取保候審，擔任被告人的辯護人或自訴人、被害人的訴訟代理人；
（五）代理各類訴訟案件的申訴。律師事務所提供其他法律服務的收費實行市場調節價。