1，不同的建立時間
廣州海關成立於1950，1，31。其前身可以追溯到1685年清政府設立的廣東海關，總部設在廣州。
黃埔海關成立於1981。
2.不同的地址
廣州海關地址為廣州市天河區花城大道83號；黃埔海關的地址是廣州經濟技術開發區金寶路36號。
3.不同的管轄區
廣州海關管轄範圍包括廣州市(黃埔區、增城區除外)和深圳市佛山、肇慶、韶關、清遠、雲浮、河源、大山島以上7個行政市，約占廣東省行政區域的50%。
黃埔海關的管轄範圍主要集中在廣州的黃埔區、蘿崗區、天河區、增城市和東莞市的部分地區。
法律依據
第二條中華人民共和國和中華人民共和國海關是國家對進出境關境的監督管理機關。海關依照本法和其他有關法律、行政法規的規定，監管進出境運輸工具、貨物、行李物品、郵遞物品和其他物品(以下簡稱進出境運輸工具、貨物、物品)，征收關稅和其他稅費，查處走私，統計海關數據，辦理其他海關業務。
第三條國務院設立海關總署，統壹管理海關。
國家在對外開放的口岸和海關監管業務集中的地方設立海關。海關的隸屬關系不受行政區劃的限制。
海關依法獨立行使職權，對海關總署負責。
第四條國家在海關總署設立專門偵查走私犯罪的公安機關，配備專職緝私警察，負責管轄範圍內走私犯罪的偵查、拘留、逮捕和預審。
海關偵查走私犯罪公安機關應當依照《中華人民共和國刑事訴訟法》的規定履行偵查、拘留、執行逮捕和預審職責。
海關公安機關偵查走私犯罪，可以按照國家有關規定設立分支機構。各分局在辦理所管轄的走私犯罪案件時，應當依法移送有管轄權的人民檢察院起訴。
地方各級公安機關應當配合海關查處走私犯罪，依法履行職責。
第五條國家實行聯合反走私、統壹處理、綜合治理的反走私體制。海關負責組織、協調和管理打擊走私工作。有關規定由國務院另行制定。
有關行政執法部門查獲的走私案件，應當給予行政處罰的，移送海關依法處理；涉嫌犯罪的，應當按照管轄分工和法定程序，移送海關查緝走私犯罪的公安機關和當地公安機關處理。
第六條海關可以行使下列職權:
(壹)檢查進出境運輸工具，查驗進出境貨物、物品；違反本法或者其他有關法律、行政法規的，可以拘留。
(二)查閱出入境人員證件；訊問違反本法或者其他有關法律、行政法規的嫌疑人，調查其違法行為。
(三)查閱、復制與進出境運輸工具、貨物、物品有關的合同、發票、賬冊、單據、記錄、文件、業務函電、音像制品及其他資料；違反本法或者其他有關法律、行政法規的進出境運輸工具、貨物、物品，可以扣留。
(四)檢查海關監管區域和海關附近沿海地區涉嫌走私的運輸工具和涉嫌藏匿走私貨物、物品的場所，檢查走私嫌疑人的屍體；經直屬海關關長或者其授權的下級海關關長批準，可以扣留涉嫌走私的運輸工具、貨物、物品和走私嫌疑人；對走私嫌疑人的拘留時間不得超過24小時，在特殊情況下可以延長至48小時。
在海關監管區域外和海關附近沿海地區，海關調查走私案件時，經直屬海關關長或者其授權的下屬海關關長批準，可以對除公民住所以外的涉嫌走私的運輸工具和涉嫌藏匿走私貨物、物品的場所進行檢查，有關當事人應當在場；當事人不在場的，可以在有證人在場的情況下進行檢查；對有證據證明有走私嫌疑的運輸工具、貨物、物品，可以扣留。
海關附近沿海地區的範圍由海關總署、國務院公安部門會同有關省級人民政府確定。
(五)調查走私案件時，經直屬海關關長或者其授權的下級海關關長批準，可以查詢涉嫌單位和人員在金融機構、郵政企業的存款和匯款。
(六)進出境運輸工具或者個人違反海關監管逃逸的，海關可以在海關監管區域外和海關附近沿海、邊境地區連續追捕，帶回處理。
(7)海關可以配備武器履行職責。海關工作人員佩帶和使用武器的規則，由海關總署會同國務院公安部門制定，報國務院批準。
(八)法律、行政法規規定由海關行使的其他職權。
第七條各地區、各部門應當支持海關依法行使職權，不得非法幹預海關執法活動。