青山仍在，事業巔峰期被中斷的10年卻再也尋不回來，焦占軍向對他作出錯誤判決的河北安國市法院提出6981萬余元的國家賠償申請。這壹數字創下刑事案件申請國家賠償的最高紀錄。2012年11月21日，保定市中院對這起國家賠償案舉行了聽證會。
現在焦占軍精神很正常而且還可以邏輯清晰地向法院遞交國家賠償申請，因此此案並沒有給焦占軍精神上造成嚴重後果。 2011年年底，無罪判決生效後，焦占軍先向安國市法院提交了刑事國家賠償申請書，壹如既往未得到回應。
2012年8月，焦占軍向其上級人民法院保定中院的賠償委員會提出申請。2012年11月2日，保定中院的3名法官組成合議庭，對此案召開聽證會，焦占軍和兩名律師出庭，安國市法院則派出兩名工作人員參加了聽證。 由於安國市法院當年判決焦占軍和他領導的大仁藥業公司均犯有偷稅罪，焦占軍提出的賠償申請包括個人和企業兩部分，其中12項是他個人索賠3782萬余元，其中要求賠償侵犯身體健康損失1298萬余元。另外，焦占軍有壹棟價值3000多萬的天元酒店，被實施拍賣長達8年的時間內，停業損失、貸款損失等接近2000萬。
焦占軍說，遭遇錯案後，法院每年幾十次對他進行傳訊、經營的酒店和住所多次被砸、債主動輒上門吵罵，由於賬戶被封，為了上訪借遍了親戚朋友，連家人存入銀行的治病錢也被凍結，讓全家人都陷入惶恐不安的生活，因此索賠精神損失撫慰金100萬元，並要求安國市法院賠禮道歉，為他恢復名譽、消除錯案為他和公司帶來的影響。
另外6項則是以大仁藥業公司提出3198萬余元索賠。焦占軍說，案發前，大仁藥業與北京同仁堂是16年的合作夥伴，稅案發生後，致使雙方業務中斷，大仁藥業公司也隨即倒閉。他被羈押期間，倉庫價值上千萬的大量存藥全部過期失效。由於公司賬目、賬戶被查封，導致外部欠款無法追回，還有公司工人的工資損失等。