成功破案後，心怡跟蹤到兩名神秘黑衣男子，目睹了壹名黑衣男子的現金交易場景。正當他全神貫註的時候，沒想到，另壹名黑衣男子突然從後面出現，將他打倒在地，並潑下了該組織新研制的毒藥。辛屹覺得自己的骨頭快要裂開了...
002董事長女兒被綁架案被警方驚醒後，新壹發現自己的身體已經退化到童年。
新壹在家裏見到了阿笠博士，並讓他相信自己是壹個更小的新壹。
為了隱瞞新壹還活著的事實，也為了不連累周圍的人，新壹聽從了醫生的建議，決定匿名。
偏偏這時候小蘭來訪了。被問到名字時，她靈機壹動，給自己取名江戶川柯南。為了得到黑組織的信息，柯南把小蘭的父親當成了偵探，住在小蘭家裏寄養。
誰知毛利小五郎是個糊塗偵探，好久沒做生意了，還抱怨新壹搶了他的風頭。
碰巧有人來報告說董事長的女兒被壹個穿黑衣服的人綁架了。柯南立刻跟了過去，暗中幫助小五郎破案，卻發現與黑組織無關。
005新幹線爆炸案中，柯南在火車上遇到兩名黑衣男子，阻止了他們引爆新幹線列車殺人，並成功得知他們的代號——杜松子酒和伏特加。
013離奇命案，該組織成員宮野明美(化名廣田亞米)策劃了壹場價值十億美元的搶劫，以幫助妹妹宮野誌保脫離該組織，但在得手後不幸被琴酒射殺。她臨死前向柯南透露，那是壹個籠罩在濃霧中的龐大組織，組織的顏色是黑色的。
043年，柯南在江戶川被綁架，新壹的父母從醫生那裏得知事情變小了，他的母親偽裝成江戶川·戴文，父親偽裝成暗夜公爵，假扮成黑暗組織的成員和柯南開玩笑。
054電子遊戲公司謀殺案，柯南在參加滿天堂遊戲公司新作發布會時，偶然聽到黑組織成員之壹的龍舌蘭酒叫伏特加。然而龍舌蘭酒馬上就被誤殺了。
118連環殺手怒馬元出現，後來得知他只是組織中的小角色，是組織培養殺手的失敗之作。
128黑暗組織10億元的搶劫案，因為漫畫對應的“013怪殺親人”被改編，所以動畫在這裏加了壹集，敘述了足原君的姐姐宮野明美被琴酒殺死的情節，為後來足原君的出現做了鋪墊。從金和宮野明美的對話中，我們知道宮野誌保是組織中為數不多的有腦子的人，這和她姐姐只是組織小卒不同。
129壹個來自黑暗組織的女子大學教授參與了這起謀殺案。組織代碼為SHERRY的宮野誌保以停止APTX4869的研究來表示抗議，因為她的姐姐被殺了。結果，她被囚禁在毒氣室。絕望的她拿著隱藏的APTX4869想自殺。沒想到的是，她和新壹壹樣，沒有中毒身體萎縮成小時候的樣子，還能從垃圾通道逃出來。
170-171在黑暗的角落裏，新出智明的父親被繼母殺害，小五郎在柯南的幫助下破案。乍壹看，與主線無關，但隨後的劇情表明，這是青山兩年來的壹大伏筆，也是三方對決前真正的新出智明唯壹壹次亮相。
為了保護無辜的女傭，警方修改了案件的記錄，隱瞞了真正的作案手法，只有真正的新人知道，後來被朱迪用來指證貝爾摩是新出智明。
這時候的新球員還只是迪丹高中籃球隊的臨時教練，並不是校醫。這位新球員本應該在青森的醫院工作，而不是當校醫。校醫應該是苦艾酒冒充新隊員進行調查。這壹點可以從柯南在《361狄丹高中鬧鬼學校(上)》中的話得到證明。
176-178告別黑暗組織，柯南和蘆原偶然發現了GIN停在路邊的車，於是柯南在車上安裝了發射器和竊聽器，以獲取組織的信息。雖然他得知黑人組織成員皮斯科將在河口酒店暗殺議員吞口，但竊聽器被琴酒發現並銷毀，他還將雪莉與留在車內的棕色頭發聯系起來，對她予以肯定。在這壹集裏，我們真的獲得了很多信息。通過皮斯科的話，我們真正了解到阿沙拉研究的藥不是簡單的毒藥(“已經進展到這個階段”)，她繼承了父母的研究。
從後來杜松子酒和苦艾酒的對話中，我們比柯南更早地了解到，苦艾酒就是當時在場的美國超人氣女演員克裏斯·賓亞德(Chris Binyard)，她給了皮斯科壹塊紫色的手帕來掩蓋他的罪行。後來柯南懷疑皮斯科當時有幫兇，也是基於此。事發後苦艾酒消失，隱居日本。但從她的言語中，並不能明顯看出她接受了組織尋找阿舍的任務，而是想“弄清楚她壹直擔心的事情”。。。。。
雖然苦艾酒在組織裏很受老板喜愛，但她卻厭倦了長期生活在冰冷的黑裏。其實她心裏壹直期待著有美好的東西出現，壹顆劃破黑暗的銀彈，能讓她擺脫這種黑暗的生活。
在紐約事件中，味美思遇到了聰明勇敢的心怡和陽光善良的蘭，兩人都給她留下了深刻的印象。純潔善良的蘭重燃希望，相信世間真、善、美，從此稱蘭為安格爾。
新壹自信的眼神和無所不能的睿智洞察力讓她相信新壹是可以終結黑暗組織的銀彈。苦艾酒很珍惜他們純真的感情，所以從那以後他壹直不願意傷害他們，也多次試圖保護他們，即使柯南不走，他也不會去攻擊蘆原。
188-193的復活，在這個系列中，味美思的新冒名頂替成為了迪丹高中和迪丹小學的校醫。
柯南在吃了足原研制的解藥後，短暫變回了新壹，裝扮成黑騎士去見蘭，卻被發現是新苦艾酒，並被苦艾酒偷偷拍下，這壹點可以從後來朱迪老師復制的照片中得到證明。
苦艾酒在這壹刻確認了新壹沒有死，但是因為喬裝成足原誠司的柯南當時也在場，所以還沒有猜到柯南=新壹。
222-224美人魚失蹤的故事與主線無關。然而，宮野誌保的名字竟然出現在了這個人魚島上的簽名簿上，這說明APTX4869並不是簡單的毒藥，它的研究無疑與長生不老有著千絲萬縷的聯系。
在226-227格鬥遊戲的陷阱中，朱迪遇到了柯南，並註意到他在花園的幫助下破案。於是，她發現柯南不簡單，臨走的時候在抄照片的家夥裏給柯南抄了苦艾酒的名字。
230-231粉絲，壹開始，苦艾酒和杜松子酒之間的壹場戲，說明這壹集和主線有關。我們不僅得到了苦艾酒善於變臉的信息，還知道了她在日本找誰，她的口頭禪是秘密使女人成為女人。
233不能消失。柯南和足原回憶起那天的公交車事件。足原很擔心，但是柯南肯定說她的身份沒有暴露，因為像足原可以感覺到組織成員壹樣，偵探也有感覺到殺人的能力。
253-254犯罪愛情的故事ⅳ，佐藤警官去和白鳥相親，但是柯南成功阻止了那個假扮高木的新來的女生，發現她的演技高超，於是大概開始對她產生了懷疑。
秀吉看著苦艾酒，小蘭壹看到就覺得似曾相識。
258-259壹個來自芝加哥的人，美國聯邦調查局的頭，出現了。柯南等人遇到了來自芝加哥的老人“詹姆斯·布萊克”。後來被誤認為名人，被綁架了。事實上，他只是玩玩，試試柯南的技巧。柯南破解了熊貓車的密碼，救出了布萊克。
269-270，犯罪紀念品，從高木那裏得知，在巴士劫持的當天，毛利小五郎的相關檔案被盜，然後被送回，暗示有人在調查他們，這讓柯南相當緊張。
(後來，據苦艾酒說，偷走了所有與毛利小五郎有關的文件，讓人不知道她其實是在尋找壹個新案件的記錄。她在尋找壹個新案件的信息，以躲避柯南和其他人。雖然美國聯邦調查局已經知道了自己的真實身份，但為了不暴露自己與小蘭、柯南等經歷過此案的人的接觸，她還是想掌握案件的信息，但沒想到還是被改變了。把它送回去是在誤導美國聯邦調查局認為她在日本逗留的目的與毛利偵探有關，這樣美國聯邦調查局就可以監視毛利人的事務所來暴露她的身份。)
271-272匆忙掩飾疏忽，柯南再次在朱迪面前破案。從朱迪警告說蘭沒有被跟蹤來看，案卷失竊引起了的警覺，朱迪懷疑這個黑人組織會對毛利人不利。
274-275鬼屋的真相，味美思在這壹集開頭假裝是新電影。情節表明他所有的仆人和親戚都失蹤了。他說他去了青森，回憶說新壹知道電擊案的真相，留下來出庭作證。
277-278英語老師VS西方某著名偵探。醫生得知毛利小五郎的相關檔案被盜後送回，於是邀請平姬幫助柯南。
他們分析偷案卷的人是壹個引誘人出來的陷阱，然後柯南回顧了皮斯科的案子，懷疑克裏斯是他的幫兇，進壹步懷疑朱迪=克裏斯。雖然他們看起來完全不同，但柯南知道克裏斯擅長化妝。
279-280迷宮的黑暗，在柯南的要求下，醫生查看了克裏斯網站上的信息，發現她是已故美國明星莎倫·賓亞德的女兒。
她第壹次面對媒體是在她母親的葬禮上。面對記者的追問，克裏斯神秘地回答:秘密讓女人變得女人。
此外，這位日本前超人氣女明星也出現在了莎朗的葬禮上，從畫面上看是Hiko。
中國街284-285號，雨中似曾相識，紐約事件286-288號，繼前面藍回憶的“戴黑針織帽的男人”之後，通過藍發燒病倒時的回憶，講述了金蘋果在紐約的遭遇。
他還講述了心怡與蘭、莎倫的第壹次相遇，以及他們對銀發殺手的救命之恩。
307-308沒有留下聲音的證據。小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓。從當事人的談話中，柯南得知他是龍舌蘭酒的聯系對象，是在電子遊戲公司遇害的組織成員。最後，通過追查案情，柯南獲得了該組織的線索——板倉日記。
309-311與黑暗組織有聯系。在案件開始的時候，柯南和蘭認識了。在交談中，赤井提到了壹個表面堅強的女生，暗自落淚。宮野明美，他的女朋友。)
312布偶感染夕陽，悼念第壹次提到自己的人生經歷。她提到她的父親名叫宮野厚司，曾經是化學領域非常著名的科學家，但她被稱為“被科學界流放的瘋狂科學家”，她的母親是壹個非常神秘的女人。
335-336杜東開發院的秘密是Hiko回到日本，帶著偵探隊去杜東開發院看電影。在路上，習字和柯南發現他們被跟蹤了。柯南認為跟蹤者要麽是沖著他來的，要麽是沖著灰原來的，很可能是黑組織的人。
340-341藏在廁所裏的秘密柯南、足原和博士來到足原父親宮野博士工作的辦公室，想得到壹些關於黑組織的信息和足原父母的下落。結果，他們在廁所裏發現了宮野明美母親留下的帶子。
在便利店343-344的劇情中，柯南發現了有人來工藤屋的痕跡，而且不是小蘭。
345在月圓之夜直接對抗黑組織的二元推理。
柯南收到了壹封來自苦艾酒的信，邀請新壹參加化妝舞會，稱他為江戶川柯南！柯南知道自己的身份暴露了，決定采取行動。他壹方面邀請服部哲假扮新壹參加化妝舞會，另壹方面用麻醉針麻醉阿沙拉，假扮成她為自己的組織做準備。來接他的不是苦艾酒的假新人，而是朱迪！事實證明，美國聯邦調查局也有自己的計劃。他們準備靠苦艾酒壹步壹步走下灰平原，引誘苦艾酒跟著它到碼頭，然後逮捕它。(柯南這時應該還不能確定朱迪和新來的誰是苦艾酒，他們可能是壹夥的，所以他裝上了竊聽器。)朱迪在車上表明了美國聯邦調查局的身份後，柯南告訴她新案件的真相(170-171)，並讓她用它來揭露苦艾酒，以此來為自己謀利。朱迪暴露了苦艾酒既是克裏斯·賓亞德又是莎倫·賓亞德，但當她叫她的同伴去逮捕苦艾酒時，她被埋伏的卡爾瓦多斯省打傷了。
就在朱迪處境危險的時候，另壹邊的化妝部門在舞會上破案，扯下了偽裝。柯南還撕下面具，用麻醉針控制了苦艾酒。柯南的策劃終於笑到了最後。。。
346-347尋找屁股上的印記，案件最後壹集結束。朱迪在被綁架的柯南和蕭艾的幫助下隱藏了這場驚心動魄的對抗。經過布美等人的間接鼓勵，艾終於鼓起勇氣面對自己的命運，決定與黑暗組織作鬥爭，並拒絕了的證人保護計劃。
361迪丹高中的鬧鬼學校，貝爾摩的身份曝光後，為了不引起大家的註意，真正的新老師又回到學校上班了。柯南回憶起苦艾酒潛入學校時的情景，奇怪她為什麽沒有在小學早期發現阿沙拉的身份。
385-387斯特拉迪瓦裏小提琴的不協和音，通過對前兩個熟悉的電話鍵的分析，柯南確認了組織頭目的前四個郵箱地址與鳥取縣的區號相同，都是0858。柯南問了對音樂有絕對感的羽賀響輔後，得知這首曲子是《七個孩子》！
394怪屋歷險記壹開始，柯南分析黑組織通過兒歌記住了BOSS的郵箱地址，使其無法存儲在手機中，並推斷出黑組織BOSS的真實郵箱地址，被阿沙拉變成了潘多拉魔盒，卻因無法深入而被海原Ai阻止。
425黑撞擊！在被組織魔爪觸碰的瞬間，柯南通過忘記找回bug，發現了驚人的秘密！原來，電視主持人水無憐奈也是黑人組織的成員。柯南偷聽了她和金的暗殺計劃，並成功阻止了他們。
429-430回不到以前的兩個人了。小蘭的倒黴蛋同學應友出現在這個大廳裏，眼神和水的不太像。他好像註意到柯南是通過毛利語破案的，這讓柯南感到很不安，懷疑這個大廳的身份。
464黑組織神秘陰影重賞。我們學校的穎友故意引誘毛利人註意到壹件發生在孩子家裏的怪事。這個孩子目睹了水無憐奈受傷。他說，他的母親在去世前曾與陌生的外國女性交談，並詢問水無憐奈的下落。
465黑組織的暗影明珠流星，當孩子正要說是主持人水無憐奈從摩托車上摔下來的時候，柯南及時用壹個蒙面超人把話題岔開了。柯南通過外國女性對孩子的回答“分泌者使女人成為女人”，推斷這個女人是苦艾酒。
466形影不離的雪人，柯南壹開始就推測組織已經知道了水無傷住院的事實，並分析黑暗組織不會對孩子進行報復，對本堂的真實身份非常困惑。
479 * *與服部平次在壹起3天，柯南推測水月不可能殺了瀛友的親人並改變了她的容貌，於是讓服部哲調查水月年輕時在大阪發生的事情。
服部哲調查484-485的黑照下落無果，卻意外查出了唐唐和他父親在大阪的生活狀況，因為英佑小時候曾經和父親壹起去過大阪的燒烤屋，他父親和店長很合得來。然而，商店經理已經去世了，所以柯南，阿笠博士和足原決定去拜訪住在東京的商店經理的孫子的房子，希望從他那裏獲得壹些關於這個大廳和他父親的信息。沒想到的是，這位模型愛好者西郡的家中發生了壹起盜竊案。成功解決後，柯南終於無意間看到了應佑拍攝的照片，並在照片中見到了應佑的父親，得知應佑的父親經常穿著黑色西裝與外國人打交道，並在公司(=CIA)工作，還壹度進入了黑組織。
491-494紅黑的碰撞開始了，血緣關系絕對叫鬼土。蘭和去醫院看望他們的初中同學，見到了在醫院捧著水的本英友，沒有照片。他辯解說，他是在找和水很像的妹妹。
為了弄清楚我們的姐姐到底是不是水武，蘭找到了水武的超級粉絲，看了水武早期的視頻，得知水武的血型是AB型，但是穎友用姐姐給她輸過血的例子說明自己的血型和姐姐的血型都是O型，這讓柯南明白了水武和穎友的姐姐並不是壹個人。
為了證明自己的血型，英優帶著毛利等人來到了母親曾經服役的房子。看過母嬰健康手冊的柯南等人證實了穎佑的血型確實是O型，那麽為什麽這水看起來那麽像穎佑的姐姐呢？
495紅色和黑色的碰撞令人昏昏欲睡。蘭說，穎友突然失蹤了，失蹤前他說在醫院打聽妹妹的消息時，遇到了壹個疑似父親同事的人。辨別的方法是通過類似於他父親發郵件時的電話按鍵。
柯南斷定，潛入沒有水的醫院的不是中情局，而是該組織，於是他去醫院和美國聯邦調查局商量對策。通過詢問醫生，柯南確認了黑組織的人在醫院裏沒有發現水的痕跡，並鎖定了三名嫌疑人。
496紅黑碰撞入侵。通過柯南的探索，美國聯邦調查局找到了黑組織成員楠田陸道，並意外得知英佑接受了白血病手術。
為了搶救水屋，GIN策劃了集體食物中毒、怪味和火災引起人員騷動、大量病人壹次性湧向庫浦中心醫院等三大事件。
與此同時，在醫院的問訊處，我突然收到壹個由南天為詹姆斯簽名的包裹。這朵叫樓鬥草的花，其實就是“奪旗”的意思！但令人驚訝的不僅僅是這場宣戰。赤井還發現花盆裏放了炸彈！
499紅黑碰撞迷彩，美國聯邦調查局搜查人員在收集炸彈時發現，水無憐奈穿著病號服出現在電視上！搜查人員趕到惜奈的病房，卻看到惜奈靜靜地躺在床上。
原來電視上的圖像是由之前的數據編輯合成的，組織已經根據炸彈裏放的發射器鎖定了仁愛的病房。
500紅與黑碰撞的最後壹句話，面對琴酒和他所有手下的逼近，卡姆邁耶本打算憑借自己的駕駛技術擺脫賽道，卻突然遭到壹個裝滿炸彈的箱子的襲擊，三號車也撞上護欄停了下來，於是已經裝了睡眠的水在關鍵時刻沒有釋放出來。
就在基安蒂準備擺脫卡姆邁耶的時候，3號車突然爆炸了。
水屋和琴酒順利回歸組織。美國聯邦調查局和柯南精心策劃的計劃輸了嗎？
原來，柯南和阿凱早已發現水屋已經醒來，他們知道水屋的確是英佑的妹妹，中情局特工唐本·英海。英友曾患白血病，用了姐姐的造血幹細胞，做了骨髓移植，在不知情的情況下改變了血型。
柯南和赤井利用英佑的出現迫使水舞醒來並與美國聯邦調查局對話，他們的父親伊桑·唐本悲慘死亡的故事再次被提起。赤井、柯南和水沒有協議，水也沒有以Kir的身份回到組織，成為鋼楔。
504紅黑相撞死亡。阿凱和水武來在野山路相遇，水武先用手槍射穿了阿凱的肺。
通過攝像頭看著情況的金，直接用手槍向水屋下達了開槍爆頭的命令。
於是水屋笑著說“沒想到會這麽順利”，用手槍射中了赤井的額頭。
此時，由於警車的突然出現，水屋將阿凱的屍體橫放在車上，並用定時炸彈引爆了汽車。
508卡拉ok廳第三期大幕即將落下。本堂的應友也決定告別迪丹高中短暫的生活，去美國留學。他的夢想是成為像他父親和姐姐壹樣的中情局特工，打敗黑暗組織。
509紅白黃偵探隊，新危機！波旁，沖矢昴和黑白君，美國聯邦調查局的朱迪搜索官打電話給柯南，告訴他水無憐奈的最新信息——組織壹個新的強大成員代號波旁要正式出道了，而目標恐怕就是阿什哈拉，並叮囑柯南要小心。
510-511推理決鬥！心怡VS沖矢昴，小蘭和園子每個月都會去他們的新家打掃壹次，但他們不知道崇雅已經住進了心怡的家。可惜他被兩個人誤認為小偷，在空手道上被小蘭踢了壹腳，但他看似擅長，實際上並沒有被踢。
564-565偵探隊VS土匪隊，為了慶祝卡姆邁耶的生日，美國聯邦調查局三人組——詹姆士、朱迪和卡姆邁耶去酒店挑選好酒。
在此期間，大家都在談論之前的案例，並提到GIN在水無憐奈鞋底上發現的竊聽器(見第425集)與SHERRY在保時捷上安裝的竊聽器(見第176-178集)相同。
579黑13的提示
伏特加酒告訴金，他在關於銀行劫案的新聞裏看到壹個和阿開很像的人。金什麽也沒說。伏特加說那人應該不是赤井。畢竟他們親眼看到了赤井被曝光。
琴酒突然冷冷的說要伏特加叫基爾(不加水)，然後分析了最近發生的幾件事，比如雪莉的出現，阿凱的阻攔，基爾的躲藏，和阿凱長相相似的人。這些事件都發生在米花鎮附近。這是偶然嗎？！
580逼近黑色時刻
面對琴酒的槍，水舞很淡定，語氣也很平靜。他似乎並不擔心赤井不會死。琴酒反駁了她，但他沒有親眼看到，而是通過監視器，水屋冷靜地反駁，於是琴酒無法半信半疑，繼續在百貨大樓前觀望。這時，在門口負責監控的科恩發現多名警察已經進入大樓，並向金報告了這壹情況。從金疑惑的眼神中，他能猜到炸彈與組織無關。大叔和柯南還在推理。朱迪從正在與被困者進行視頻通話的人的手機上看到了她壹直想要的身影。柯南出去尋找線索，又轉了回來。站在他不遠處的是“阿凱”，但他沒有註意到，因為他全神貫註於案件。混在人群中的崇亞很快破案了。他拿起手機敲打了幾下，卻突然停了下來。原來他註意到了不遠處的“阿凱井”。阿凱井似乎也感覺到了有人在註意他，於是轉頭看過去，卻早已沒有了崇雅的身影。赤井四處尋找，沒有發現可疑的人，但他壹邊躲在暗處看著這壹切，壹邊得意地笑著。
581紅色遊蕩目標
看著窗外的黑色保時捷，他神色平靜，擡頭發現對面有狙擊手，這讓他有點意外，但隨之而來的是冷笑。
我累壞了。。。就是這樣，為了加分，