剛到索納的邁克爾立刻嗅到了死亡的氣息，目睹了囚犯之間的決鬥，這讓他更加不安。領事館的律師告訴林肯，他可以幫助邁克爾轉移到監獄，並提到了掉進河裏的裝有500萬元人民幣的背包。律師說“什麽都沒發現”。
巴裏克在監獄裏的日子很不好過，他成了囚犯們取笑的對象。馬宏沒有藥丸，只能靠思念家人來緩解毒癮的痛苦。
像往常壹樣，監獄裏的新人們來見索納的老板盧奇羅，他已經聽說了邁克爾的事跡。盧西亞諾時刻提防著邁克爾，擔心監獄的地位會因為越獄明星的到來而動搖，趁機讓邁克爾難堪。他命令壹個叫“金臂甲”的人去陷害邁克爾。試圖通過決鬥來解決這個眼中釘。馬宏暗中幫助邁可，並在他差點被對方暗殺時及時解救了他。邁克爾很體貼。
世界真的很小，“背包”被送到了索納。壹進監獄，他就忙著討好盧西亞諾，成了他的下屬。被迫打掃廁所的巴裏克被藏在通風管道裏的神秘人給了食物，代價是幫助神秘人傳遞紙條。
林肯接到警察局的電話，要求他去太平間辨認莎拉的屍體。原來是虛驚壹場。此時，林肯實際上接到了兒子LJ的電話，約他們見面。林肯準時赴約，卻發現壹位美女來看他，並用莎拉和LJ的性命威脅林肯。如果邁克爾不能在壹周內與壹名神秘男子在索納內越獄，他將殺死莎拉和LJ。
被美女點名要營救的犯人叫惠斯勒，就是藏在通風管道裏的神秘人。
2:
在索納監獄，每個囚犯都必須遵守盧西洛制定的遊戲規則。反對者必死。
在壹次戰鬥中，盧西亞諾的壹個追隨者打翻了供水缸。要知道，監獄發生暴亂後，獄警就停止了正常供水，每周換成固定的壹桶水。頓時，監獄沸騰了。壹個白人甚至試圖反抗。
巴裏克以喝水為條件，提供了惠斯勒的藏身之處——下水道。經過壹番秘密溝通，邁克爾答應把惠斯勒帶走，讓他暫時呆在下水道裏。
傷愈的蘇克雷買了壹把槍，怒氣沖沖地跑到索納監獄去除掉巴裏克，卻得到了壹個讓他大吃壹驚的答案。原來巴瑞克從未抓到馬庫茲，她目前安全地呆在芝加哥。蘇克雷意識到他會給馬庫茲帶來危險，並從中吸取了教訓。他不情願地在電話裏和馬庫茲道別。
這時，這個喜歡到處搭訕陌生人的小男孩告訴了馬宏壹個關於惠斯勒的秘密。原來是惠斯勒殺了市長的兒子，市長赦免了盧西亞諾。任何人只要能抓住並殺死惠斯勒，就能獲得壹次上法庭重審的機會。馬宏意識到邁克爾肯定也知道了這個消息，所以他立即采取了行動。
邁克爾找到盧西亞諾，告訴他監獄缺水造成的混亂可以解決。盧西亞諾不屑壹顧。聰明的邁克爾用林肯寄來的錢買了烈酒。他把蘸了酒的棉布扔進下水管，然後引爆了它。囚犯們看著源源不斷的幹凈水，監獄又沸騰了。就在這時，搶先壹步的馬宏把惠斯勒從下水道裏帶了出來，盧西亞諾的眼神中有壹絲殺意。
林肯跟著那個從屍體上拿走紙條的神秘女人來到壹家銀行，看到她拿走了壹本關於鳥類指南的小冊子。意識到這個女人是惠斯勒的女朋友，他立刻拿走了小冊子，並會見了再次威脅他的女人蘇珊。林肯順從地把神秘的小冊子遞給了蘇珊。蘇珊離開後，林肯拿出另壹本小冊子，沈思起來。原來牛哥林肯不傻，早就把這條珍貴的線索掉包了。
3:
林肯在他下榻的酒店房間裏收到了壹封神秘的信，信中附有被綁架的LJ和莎拉的最新照片。正當林肯想出去壹探究竟時，蘇克雷出現了。他希望林肯能幫助他找到失蹤的500萬英鎊，但他驚訝地得知LJ和莎拉被綁架了。
索納利、邁克爾、背包和馬宏之間的關系在無形中變得微妙起來。另外，邁克爾隨時都能感受到來自馬塞洛的死亡威脅。林肯帶著壹張照片來見邁克爾。兩人都發現莎拉拍照時的手勢似乎暗示了什麽。看到這種情況，邁克爾越來越想和薩拉取得聯系。他渴望擁有壹部電話，隨時與林肯保持聯系，但他得知壹個令人沮喪的消息，監獄裏唯壹的手機是盧西亞諾的獨家產品。
馬宏從律師處得知，他還得再忍壹年才有機會上法庭重審，毒癮發作後陷入絕望。邁可威脅背包幫他偷盧西亞諾的手機，否則他將揭露背包之前犯下的罪行。“背包”沒辦法，只好答應了。邁克爾立刻撥通了莎拉的電話，卻得到了壹個令人驚訝的答案——莎拉似乎在暗示邁克爾的壹切努力都將白費。在莎拉的建議下，邁克爾命令林肯去找她。
漁夫惠斯勒與邁克爾和馬宏進行了簡短的交流。他告訴邁克爾他是無辜的，那本鳥類指南就是他的旅行日記，裏面記錄了幾個重要的坐標，而所指的坐標與那個見證他無辜的神秘人息息相關。
聰明的林肯按照提示來到了莎拉的住處，但匆匆壹瞥之後，他無助地看著兒子和莎拉被抓進車裏帶走。狡猾的“背包”正在壹步步取得盧西亞諾的信任，而馬宏和邁克爾正在討論幕後“公司”和惠斯勒的關系，謹慎的邁克爾在四處尋找逃跑的路徑。
救人失敗的林肯再次接到蘇珊的電話。蘇珊在停車場留下了壹個神秘的包裹。壹種不祥的預感襲擊了林肯，他小心翼翼地走向包裹…
4:
邁克爾無時無刻不在想如何和惠斯勒壹起逃離索納的煉獄。他看著監獄外為死者掘墓的壯丁，似乎想到了什麽。
林肯拙劣的切換技術很快被蘇珊發現，於是他不得不交出真正的宣傳冊。蘇珊壹臉痛苦地告訴林肯，她只是壹枚棋子。林肯又壹次被噩夢般的回憶包圍了——停車場裏最初的包裹裏裝著莎拉被砍下的頭顱。為了不傷害哥哥，林肯沒有告訴邁克爾莎拉去世的噩耗，而是強忍悲痛。
邁克爾耍了些花招讓索納失去了權力。盧西亞諾不知道這是邁克爾的詭計，所以他把邁克爾帶出監獄去修理電纜。巴瑞克預料邁克爾會篡改電報，於是向盧西亞諾報告。邁克爾藏得很好。他又壹次在危機中化險為夷。可憐的巴裏克沒有得到盧西亞諾的青睞，反而被壹杯熱咖啡澆了個透濕。
蘇克雷決定與林肯分道揚鑣，自己去尋找丟失的巨款。這時，惠斯勒的女友索菲亞找上門來，希望與林肯合作，解救獄中的兩人。林肯和索菲婭找到了掘墓人，協商了報酬。不想交錢的時候，挖窗簾的突然開口，開了個價。蘇珊毫不猶豫地選擇向他開槍。
馬宏的毒癮越來越嚴重，他開始產生幻覺。我腦子裏的聲音壹直在慫恿他殺了邁克爾。沖動讓馬宏發瘋。他威脅邁克爾，如果他不真的在越獄計劃中逃脫，邁克爾將不能活著離開索納監獄。事後，他在監獄裏找到了毒販的幫助，獲得了片刻安寧。
林肯的鳥類指南被神秘地送給了惠斯勒，惠斯勒知道他的時間不多了。掘墓人像往常壹樣來擡屍體，但邁克爾發現那是壹張熟悉的臉！原來，蘇克雷留下來幫忙，他在無人知曉的情況下，用分解屍體的化學物質腐蝕索納監獄內壁的鐵絲網。
5:
夜幕降臨，索納壹片死寂。在黑暗的角落裏，邁克爾正在偵察高墻內的情況:壹只老鼠爬過廣場，發出哢嗒哢嗒的聲音。狙擊手打得漂亮，只留下壹具血肉模糊的屍體。邁克爾打了個寒顫:看來夜間行動的計劃已經告吹了。
越獄時間快截止了。林肯再次見到了邁克爾。邁克爾坦白了他白天越獄的計劃，並再次詢問莎拉。林肯編造了壹個謊言，但是邁克爾看起來很可疑。然而，越獄在即，兩人不得不把孩子的事情放在壹邊。
林肯返回酒店，惠斯勒的女友索菲亞正忙著為邁克爾的越獄做準備。事情沒有預想的那麽順利。蘇克雷的掘墓人身份引起了壹些神秘人的註意。在金錢的誘惑下，Sucre答應為他們把包裹送到監獄。
為了贏得盧西亞諾的信任，“背包”忍受了不同尋常的侮辱和虐待。最讓他痛苦的是，盧西亞諾總能隨心所欲地玩弄女人，卻只能理解欲望的折磨。
邁克爾終於找到了守衛的弱點。他試圖利用電器產生的電磁脈沖幹擾警衛的電視信號，從而分散他們的註意力。當壹切按邁克爾的計劃進行時，意外發生了。壹名警衛發現了邁克爾的狙擊步槍專用望遠鏡。
壹群警衛沖進索納監獄，詢問誰在使用望遠鏡。邁克爾承認他在監視他們。壹把槍立刻觸到了邁克爾的額頭。他怎麽能說出觀察衛兵的原因呢？突然，惠斯勒站起來大喊他在用望遠鏡觀察候鳥，並拿出壹本鳥類指南進行解釋。警衛信以為真，沒收了望遠鏡。邁克爾此刻呼出了壹口大氣。逃跑計劃越來越難了。
林肯和索菲亞發現穿過森林去索納的路走不通，只好改變海岸線，結果發現可以走到索納的邊緣。他們不知道邁克爾的逃跑計劃有被腰斬的危險。然而，馬宏的意外發現重新點燃了邁克爾的希望。
還有不到24小時，原定的逃亡計劃就要開始了……壹切都還是未知數。
6:
新出獄的犯人聲稱見過惠斯勒，但惠斯勒口口聲聲說從未見過這個人。這壹舉動引起了邁克爾的懷疑。越獄前三個小時，邁克爾打電話給林肯，讓他在獄警的咖啡裏下藥。再次詢問莎拉的近況，邁克爾要求看莎拉的照片，或者取消逃亡計劃。林肯路過，心裏卻更加忐忑不安。
邁克爾在監獄裏尋找最適合逃跑的房間，卻發現這是普通犯人的“禁地”——那是盧西亞諾的忠實仆人薩米的房間。在探路的時候，薩米回來了。危急時刻，邁克爾冷靜地從側門離開，逃過壹劫。
馬宏在美國聯邦調查局的朋友來到門前，希望將他轉移出索納監獄。作為交換，馬宏必須在法庭上放棄他所知道的關於公司的壹切。馬宏考慮了壹下，接受了。
可憐的新囚犯被謀殺了，盧西亞諾發誓要抓住兇手。矛頭立刻指向了惠斯勒。此時，狡猾的“背包”已經贏得了盧西亞諾的信任，他正計劃鏟除眼中釘——薩米。
在準備哥哥的逃跑計劃時，Lincoln正忙著向Susan索要照片，並確保LJ的安全。換咖啡的計劃壹波三折。無奈之下，惠斯勒的女友索菲亞巧妙地搭上了獄警的順風車，成功地用事先被下藥的咖啡替換了他的咖啡。我不希望獄警有性心。索菲亞聲稱自己是盧西亞諾的女人，並最終拯救了世界。
“背包”偷走了薩米的戒指，給了邁克爾，暗示如果惠斯勒要安全，就必須犧牲壹個無辜的人。邁克爾聽了背包的話，把薩米的戒指扔進了血泊中。然而出乎意料的是，他在馬宏的房間裏發現了壹把帶血的刀。邁克爾找到了盧西亞諾，在準備他的理論時，盧西亞諾刺傷了他的壹名手下，告訴邁克爾他已經找到了兇手。在天意之下，惠斯勒救了他壹命。
蘇珊帶給林肯莎拉的照片還是最後壹張。林肯認為紙是包不住火的，他把莎拉的死訊詳細告訴了邁克爾。
邁克爾悄悄地離開了。他找到惠斯勒，把壹切都歸咎於他，然後開始歇斯底裏地咒罵。壹怒之下，他扔下壹只雞爪，向惠斯勒挑戰。惠斯勒驚呆了。盧西亞諾給了他們15分鐘的準備時間。正當惠斯勒焦慮和困惑的時候，邁克爾悄悄地出現了。
原來剛才那壹幕只是前戲，用決鬥來分散犯人的註意力。真正的逃亡行動即將開始...
7:
決戰在即。邁克爾和惠斯勒約好在薩米的房間秘密會面，為計劃中的越獄做準備。在路上，邁克爾遇到了巴裏克。他似乎對莎拉的死感到非常驚訝和悲傷。邁克爾忘記了那麽多，他的心懸在那根可以幫助他們逃離索納的繩子上。
根據事先精確計算的時間，兩名獄警中有壹人喝完咖啡暈倒，而另壹人在陽光的反射下，並沒有看著面前的索納。這兩個逃脫的薩米斯金出人意料地回到了自己的房間，並開始越獄。
人不如天，壹片烏雲飄來遮住自己的“盾牌”。眼看獄警很快就要恢復對索納的監視，已經翻墻的兩人只好爬回自己的房間。逃跑計劃失敗了。
但是，兩者的對決是不可避免的。騷動中，邁克爾和惠斯勒扭打起來。兩個人都知道這場決鬥的結果——不是妳死就是我亡。惠斯勒領先了。他撿起壹塊石頭，準備朝邁克爾的頭扔去…
正在猶豫的時候，警報響了。原來獄警發現他的同伴被下藥，看到窗戶上掛著繩子，現在正帶著壹群獄警進來解決問題。獄警將此事歸咎於和薩米住在壹起的送奶工，壹槍打死了他，並嚴厲警告盧西洛要照顧好監獄裏的囚犯。盧西亞諾充滿了慍怒。他看著邁克爾，似乎想起了什麽。
雖然馬宏被從索納帶走了，但他隱約覺得有些不對勁。聽證會再次被推遲，馬宏勃然大怒，斷然拒絕了美國聯邦調查局提出的所有要求。顯然，這個結果不是對方所期望的，馬宏又被戴上了手銬。
逃跑計劃的失敗意味著蘇珊必須除掉LJ。幸運的是，林肯有壹個計劃。他派蘇克雷監視蘇珊的壹舉壹動，並及時趕到現場，用槍威脅蘇珊。蘇珊的壹個手下現在正帶著LJ。僵局最終被林肯打破。他妥協了，發誓要策劃另壹次越獄，救出惠斯勒。
盧西亞諾下令逮捕邁克爾，邁克爾知道他的生活很艱難。然而，盧西亞諾私下告訴邁克爾，他已經知道了邁克爾的逃跑計劃，並要求邁克爾如果想保命就帶他出去。
惠斯勒有訪客。這個人原來是蘇珊。兩人考慮了壹會兒，似乎對逃跑計劃還是有希望的。殊不知，此刻邁克爾在黑暗中什麽都看不見。
8:
越獄失敗後，林肯再次拜訪邁克爾，希望他能再次策劃越獄。這時，蘇珊也遇到了惠斯勒。從蘇珊的口中，惠斯勒得知了壹個驚人的消息:蘇珊想私自將惠斯勒帶出監獄，並要求他除掉邁克爾。原來，這位神秘的將軍已經威脅蘇珊要盡快營救惠斯勒。蘇珊這樣做是為了挽救她的生命。
蘇珊的組織正忙於策劃惠斯勒營救行動。從這點來看，他們會出動壹批尖端武器，不到手是不會罷休的。索菲亞突然接到壹個神秘電話，自稱是惠斯勒的房東，讓索菲亞去惠斯勒的私人公寓。索菲婭想知道這部電話已經被蘇珊的工作組監聽了。
聽證會前夕，馬宏終於向他的前工作夥伴——壹名黑人女特工坦白了自己吸毒的原因。原來，馬洪經常被自己非法殺害罪犯的噩夢所困擾。為了安定下來，他染上了毒癮。女偵探暗示她可以給馬宏弄些藥片。
邁克爾從他的背包裏收到了盧西亞諾的壹封信，信上標有盧西亞諾房間秘密通道的密碼。所以邁克爾把惠斯勒帶到了這裏。惠斯勒想起了蘇珊的話，隨身帶了壹把匕首。原來，這條秘道原本是壹條通往索納和外界的隧道。索納暴亂後，獄警炸了地道。三個人小心翼翼地琢磨著如何清除隧道裏的泥土。薩米突然把盧西亞諾叫走了。惠斯勒和邁克爾獨處時，惠斯勒出了壹身冷汗。原來他有幽閉恐懼癥。喊著要出去。
索菲亞根據地址找到了惠斯勒的私人公寓，並找到了壹系列有效文件。沒想到被早已埋伏好的蘇珊搶走了。林肯和蘇克雷也制定了計劃。林肯給邁克爾打電話的時候，從來沒有想到手機是盧西亞諾的，電話是薩米監聽的。他開始懷疑。
索菲亞立即找到林肯和蘇克雷，壹起講述了事情的經過。沒想到，蘇珊早已設下殺手鐧。混亂中，蘇珊的人劫持了索菲婭。在這壹點上，林肯並不膽怯。他開槍打死了兇手，救了索菲婭。
聽證會上，馬洪的話閃爍其詞，含糊不清。原來那個女特工並沒有給他真的藥丸。由於沒有立案的線索，美國聯邦調查局必須把可憐的馬宏再次送到索納監獄。
把惠斯勒帶到頂樓換氣的邁克爾，從來沒有想到惠斯勒是有預謀的。然而，在與林肯短暫的電話溝通後，他終於明白了這壹系列事情的緣由:公司想幫助惠斯勒越獄，而他已經失去了利用價值。此刻，惠斯勒已經跳上了索納的屋頂，等待蘇珊部署的直升機前來救援。經過激烈的戰鬥，邁克爾阻止了惠斯勒的逃跑，索納拉響了警報。蘇珊見計劃失敗，趕緊指揮從直升機上轉移。
所有囚犯都被集中了。索納監獄長打了邁克爾。他似乎已經註意到邁克爾與最近的越獄事件有關，並決定轉移邁克爾。這是好是壞還是未知…